Avantazhet , disavantazhet dhe perdorimi i ketyre teknikave

1. TEMA
“Krahasimi i teknikave AFLP, SSR dhe ADN
microarray ne efikasitetin e vleresimit te
diversitetit gjenetik”
Master Profesional Bioteknologji
Lenda: Metoda analitike te vleresimit te
gjendjes ne mjedis
Punoi : Klea Medini

2.  Percaktimi i diversitetit gjenetik mund te bazohet ne
informacion morfologjik, biokimik dhe molekular.
 Megjithate markerat molekulare kane avantazhe
mbi llojet e tjera kur tregojne ndryshimet gjenetike
ne nje nivel me te detajuar pa nderhyrje nga
faktoret mjedisore, dhe kur perfshijne teknika qe
japin rezultate te shpejta duke detajuar diversitetin
gjenetik.

3. SIMPLE SEQUENCE REPEATS (SSR)
 Quhen ndryshe dhe mikrosatelite, markerat SSR jane
perseritje te sekuencave te shkurtra nukleotide,
zakonisht te gjata sa 6 baza ose me pak, dhe
variojne ne numer. Ato po behen markerat me te
rendesishem molekulare si ne kafshe edhe ne bime.
 SSR ka shtrirje 1-6 njesi nukleotide te perseritura dhe
te perhapura rastesisht ne gjenome eukariote, ato
jane shume polimorfike.
 Polimorfizma te tille ne gjatesi mund te detektohen
lehte ne xhel me rezolucion te larte. Mendohet se
variacioni ose polimorfizimi I SSR-ve eshte rezultat I
rreshkitjes se polimerazes gjate replikimit te AND-se
ose rossing over-it te pabarabarte.

4. SSR-TE KANË DISA AVANTAZHE MBI MARKERË
MOLEKULARE.
 Mikrosatelitet të lejojne identifikimin e shumë aleleve në një
lokus të vetem. Mikrosatelitet mund të ofrojnë informacion më
të detajuar të gjenetikes se popullates sese mitokondria e
trasheguar maternale (mtDNA), per shkak te mutacionit të lartë
dhe trashëgimiase bi-prindërore ata janë co-dominant, shumë
polimorfike dhe specifike .
 Si metode eshte shumë e pershtatshme, me pak kosto dhe e
lehte per tu realizuar, duhet një sasi e vogël e ADN-së cilësisë
së mesme dhe analiza mund të semiautomatizohet dhe kryhet
pa nevojën e radioaktivitetit.
 Ne dy dekadat e fundit keto kane qene markerat me te
preferuar ne kerkimet me gjenetiken e popullates. Kerkimet e
databazes te EST per mikrosatelitet qe permbajne sekuenca
kane qene te dobishme per nje numer te madh speciesh duke
perfshire dhe njeriun, mustakun, orizin, dhe elbin.

5.  Rendesia e tyre është demonstruar në studime të
diversitetit gjeneti , sistemet e ciftimit, biologjia e
pllenimit, dhe ngritjen e fidanëve .
 SSR është përdorur edhe për identifikimin hibrid në
misër ,fingerprinting i ADN-së te gjenotipeve grurit në
lidhje me RAPD .
 Megjithatë, pak studime janë kryer duke përdorur
mikrosatelitet në analizën e strukturës së popullsisë së
specieve poliploide
sepse poliploidia
komplikon rezultatet
e SSR-se, kjo per
shkak te ndryshimeve
ne gjenomen parentale
te poliploideve.

6. AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH
POLYMORPHISMS (AFLP)
 Eshte nje teknike qe perdoret per te detektuar polimorfizmin e
ADN, e bazuar ne reaksionin zinxhir te polimerazave.
 AFLP eshte perdorur gjeresisht per te percaktuar diversitetin
gjenetik dhe lidhjen filogjenetike mes gjenotipeve te aferta,
ajo kombinon metoden e RFLP dhe PCR e bazuar ne
fingerprinting.
 Markerat e AFLP-se jane pergjithesisht dominante dhe nuk
kane nevoje per njohje te meparshme te kompozimit
gjenomik, ato prodhohen ne numer te madh, dhe aplikohen
ne te gjitha speciet duke dhene rezultate produktive.
 Eshte perdorur ne popullimin mikrobial , ne studimin e
diversitetit gjenetik te bakterit patogjenik tek njeriu, ne
taksonomi mikrobiale etj.
 Ne bimet e larta AFLP eshte perdorur ne ekzaminimin gjenetik
te lidhjes mes specieve, investigimin e struktures gjenetike te
gene pool*, dhe vleresimin e diferencimit gjenetik midis
popullates.

7. AVANTAZHET ,DISAVANTAZHET
 Disavantazhet e kesaj teknike jane qe alelet nuk jane te
dallueshme lehtesisht, ka riprodhueshmeri mesatar, kerkon pune
intensive dhe kosto te larta zhvillimi.
 Gjithashtu AFLP kerkon njohuri mbi sekuencen gjenomike per te
dizenjuar primera me baza selektive specifike.
 Avantazhet jane :
 a)nuk ka nevoje per njojuri
te meparshme te asnje informacioni
mbi sekuencat,
 b)per cdo eksperiment prodhohen
banda te shumefishta
o c)keto banda prodhohen nga gjithe
gjenoma,
 d)teknika eshte e riprodhueshme,
 e)data mund te ruhet ne databaza si
AmpliBASE MT per qellime krahasimi.

8. ADN-MICROARRAY
 Nje mikroarray ka mijera fragmente
Adn-je ose oligonukleotidesh nga
sekuenca te njohura, brennda nje
chipi.
 Adn microarray eshte nje mjet
qe perdoret per te percaktuar nqs
adn-ja e nje individi te caktuar permban mutacione ne
gjene si BRCA1 dhe BRCA2.
 Me kete teknike shkencetaret vazhdojne te bejne
studime te medha per popullatat, per shembull sa
shpesh individet me nje mutacion te caktuar mund te
zhvillojne kancer gjiri etj.
 Testet e microarray kane konsto me te ulet se
sekuenimi. jane shume te dobishme per gjenomat kur
niveli I polimorfizimit eshte i ulet.

9.  Mikroarray ka treguar nje fuqi te ndjeshme per analizat
wide te gjenomit per shprehjen e gjeneve. Se fundmi ka
revolucionarizuar analizat gjenetike duke vecuar
popullatat duke gjenotipizuar mijera loci ne nje vezhgim
te vetem.
 Edhe pse genotying i bazuar ne
microarray ka qene i aplikuar
me sukses ne maja dhe specie
bimore inbride te ndryshme,
fuqia e kesaj teknike nuk eshte
provuar ne nje specie
outcrossing me diversitet te gjere
gjenetik.
 Pritet qe ato te luajne rol te
rendesishem ne permiresimin
me prerje dhe do perdoren per
nje varietet studimesh si hartat me densitet te larte
molekular per studime evolucioni.

10.  Konkluzione- Tipe te ndryshme markerash kane perdorim te
ndryshem ne studimin e diversitetit gjenetik.Markerat qe
ndryshojne shpejt mund te perdoren per te studiuar specie
me lidhje te aferta.
 SSR-ja eshte markeri me i zgjedhur i ketyre dekadave
sidomos para zbulimit te SNP-se te cilat jane me te
qendrueshme dhe me te thjeshta se SSR.
 ALFP ka fuqi dekriminalizuese te madhe , riprodhim te
mesem dhe alele qe nuk njihej lehtesisht.
 Nga ana tjeter zhvillimi i metodave te bazuar te teknologjine
microarray , si SFP, Dart dhe RAD, kane meritat e SNP se pa
patur nevoje te bejne sekuencimin.
Referencat: https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-
Microarray-Technology ,
file:///C:/Users/User/Downloads/28889.pdf ,
https://www.researchgate.net/post/What_are_the_differences_between_AFLP_
and_SSR , http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-
47572004000400019 .