Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
Aplikimi i metodave molekulare te vleresimit te patogjeneve ne mjedise te ndryshme
1. TEMA
“Aplikimi i metodave molekulare te vleresimit te
patogjeneve ne mjedise te ndryshme”
Master Profesional Bioteknologji
Lenda: Metoda analitike te vleresimit te
gjendjes ne mjedis
Punoi : Klea Medini
2. Testimi dhe zbulimi i shpejtë i organizmave patogjenë është një
protokoll thelbësor në parandalimin dhe identifikimin e krizave në
lidhje me shëndetin, sigurinë dhe mirëqenien.
Zbulimi i patogjenit është bërë një nga aspektet më sfiduese në
industrinë e ushqimit dhe ujit, për shkak të përhapjes së shpejtë të
sëmundjeve që rrjedhin nga uji dhe ushqimi në komunitet dhe me
kosto të konsiderueshme.
Përkundër nevojës dhe kërkesës për një testim të shpejtë analitik,
vlerësimet konvencionale dhe standarde të zbulimit të baktereve
mund të zgjasin deri në 7 ditë për të dhënë një rezultat.
3. Zbulimi i saktë i patogjenëve në matricat mjedisore, të
tilla si sedimenti, është thelbësore për të kuptuar fatin
dhe sjelljen patogjene në mjedis.
Do te shohim nje studim per përdorimin e metodave
molekulare ne toke dhe ne uje.
Figura 1. Përfaqësimi skematik i metodologjive dhe
mostrave mjedisore të përdorura në studim.
4. Mbledhja e mostrave:
(i) Tokë. Kampionimi i tokës është kryer gjatë sezonit të thatë
në një thelbi orizi.
Mostrat u mblodhën nga dy thellësi (30 cm dhe 60 cm) në
50 pika të rastësishme .
Mostrat u vendosën në qese plastike sterile, të cilat
vendoseshin në një kuti të izoluar që mbahej në hije dhe
mbaheshin në temperaturën e ambientit gjatë transportit
dhe manipulimeve të mëvonshme.
(ii) Uji. Mostrat e Ujit u mblodhën gjatë rrjedhës së lumit
Sedone.
Temperatura, 26.3 ° C; pH mesatar, 7.1.
Gjashtë shembuj uji u filtruan nga çdo vend
U përdorën një pompë manuale dhe një copë vakumi qelqi
1 litër me një gyp çeliku të pandryshkshëm, dhe
mbështetësit e membranës u sterilizuan me 70% etanol
midis filtrimeve.
MATERIALE DHE METODA
5. DETEKTIMI MOLEKULAR
PCR sasior në kohë reale (qPCR) ndjek parimin e
përgjithshëm të PCR, por tiparet e tij janë që
(i) ADN-ja e amplifikuar zbulohet si progres reagimesh në
kohë reale dhe
(ii) një prob ADN specifike për sekuencën e përbërë nga
oligonukleotide të etiketuara me një reporteri fluoreshent
lejon një specifikim të veçantë.
Në rastin e zbulimit të ARN-së (d.m.th. viruset), një hap i
transkriptimit të kundërt mund të shtohet para amplifikimit
(RT-qPCR)
. (RT) -qPCR mund të jetë një nga metodat më të ndjeshme,
efikase, të shpejtë dhe të riprodhueshme për zbulimin,
identifikimin dhe përcaktimin e patogjenëve.
Në fushën e monitorimit të ujit, janë të disponueshme
komplete të ndryshme zbulimi (të dedikuara ose jo për pajisje
specifike) që synojnë patogjenët që mbartin ujin.
6.
7. Imuno-PCR (IPCR)
IPCR kombinon (ELISA) me
fuqinë e amplifikimit dhe
ndjeshmërinë e PCR ose qPCR
(qIPCR). Pengesa më e spikatur e
IPCR është sinjalet me sfond të
lartë që shpesh ndalojnë rezultate
domethënëse.
Kjo shpesh mund të tejkalohet
duke thjesht holluar matricën duke
përdorur tampon të përshtatshëm,
pa ulur ndjeshëm ndjeshmërinë
në provën e përgjithshme.
Shumica e vlerësimeve të
diagnostikimit të raportuara në
diagnostifikim mund të përshtaten
në monitorimin e ujit.
8. Sekuencimi i ADN-së mund të ofrojë një alternative për të
bërë identifikime rutinore në nivelin e specieve, edhe pse
metodat e lidhura nuk janë sasiore.
Sekuencimi i ADN-së mund të merren lehtësisht dhe janë
shumë të sakta për të identifikuar patogjenët. Kërkesa e
lartë për sekuencimin me kosto të ulët ka nxitur zhvillimin e
teknologjive të renditjes së xhiros së lartë ose të
sekuencimi i gjeneratës tjetër (NGS) që
paralelizoni procesin e sekuencave, duke prodhuar mijëra
ose miliona sekuenca njëkohësisht.
Në monitorimin e mjedisit, teknologjitë NGS janë me
interes të madh dhe janë përdorur për të realizuar analiza
filogjenetike dhe metagjenomike. NGS është përdorur
gjithashtu për të përmirësuar barkodimin ose për të
vlerësuar biodiversitetin, veçanërisht në ujërat e ëmbël
9. Spektrometria masive
Metodat e ndryshme të spektrometrisë masive
ekzistojnë dhe kombinime të ndryshme të
analizuesve të masave mund të mblidhen.
Tandem MS (LC-MS / MS) është një metodë
alternative e bazuar në proteomikë që është përdorur
për të identifikuar bakteret, përfshirë Biosigurinë
Niveli 3 (BSL-3) agjentë të zgjedhur .
Për më tepër, kromatografia e lëngshme nanoskale e
shoqëruar me MS / MS (nano LC-MS / MS) është
bërë një mjet thelbësor në fushën e proteomikës.
Në fakt, ndjeshmëria e tij ka avantazhe ndaj LC-MS /
MS konvencionale që lejojnë analizën e përzierjeve
peptidike në situata me kampione te kufizuar.
10. Në mikroarray te ADN-së, probet molekulare janë acidi
nukleik me një fije të shkurtër (ADN ose ARN) ose
oligonukleotidet me sekuenca të njohura ndërsa molekulat
e synuara zakonisht përgatiten nga amplifikimi PCR i
ekstrakteve gjenomike.
Teknologjia mikroarray me përdorim të lartë është aplikuar
tashmë në studimet e bashkësive mikrobiale komplekse në
mjedise të ndryshme duke përdorur lloje të ndryshme të
sondave mikroarray, siç janë oligonukleotidet, cDNA dhe
gjenomet mikrobiale.
Heet al. zhvilloi një mikroarray gjithëpërfshirëse të quajtur
GeoChip - një grup funksional gjenesh që përfshin më
shumë se 24 000 probesh oligonukleotide që synojnë
mijëra gjenet funksionale .
GeoChip është aplikuar në analiza e bashkësive
funksionale të mikrobeve në burimet hidrotermale në det të
thellë.
Avantazhi kryesor i mikrokarreve të ADN-së është
kapaciteti multiplex i cili është veçanërisht interesant për
mostrat komplekse.
11.
12. KONKLUZIONE
Pak pajisje mund të zbulojnë mikroorganizmat në mënyrë të
vazhdueshme dhe ato që janë në dispozicion zakonisht nuk
kryejnë identifikimin e specieve (llojet patogjene ndaj llojeve
jo patogjene).
Metodat sasiore të PCR kanë specifikë dhe ndjeshmëri të
lartë dhe kërkojnë një kohë mjaft të shkurtër për zbulimin.
Fatkeqësisht, metodat PCR mund të jenë të kufizuara për
analiza mjedisore se ne te aplikohen vëllime shumë të vogla
të mostrave.
Nga ana tjetër, qasjet e reja të sekuencave janë premtuese
por sfidat ani është zhvendosur nga sekuencat e ADN-së në
menaxhimin dhe kuptimin e masës së jashtëzakonshme të të
dhënave që prodhohen nga secila sekuencë e ADN-së.
Teknologjia e spektrometrisë së masës është gjithashtu me
interes, por një nga sfidat kryesore të saj është zbulimi i
patogjenëve nga mostrat komplekse.
Kështu, në ditët e sotme, zgjidhja për zbulimin e patogjenëve
nuk mbështetet në një metodë të vetme, por në kombinimin e
të paktën dy prej tyre.
