STC_manual_ver1.0

432 views

Published on

Published in: Education
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
432
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
3
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

STC_manual_ver1.0

  1. 1. 130112 version 1.0 STC(Structure Thermodynamic Calculation)Protein-Protein & Protein-DNA interactionの熱力学特性 (Gibbs エネルギー ΔG、エンタルピー変化 ΔH、エントロピー変化 ΔS、埋没露出表面積 ΔASA)を経験的に算出することができる。 Protein-Ligand interactionにも適応可能だが、 ΔASA で説明できるかは懐疑的である。Provided by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University
  2. 2. Case 1: Protein-Protein interaction (PDB ID: 1HQO)1. PDB file(text)のダウンロード Dimer Protein: yeast prion proteinURL: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1HQO2. PyMOLによるPDB fileの変更・ MSE (セレノメチオニン) & 全水分子(300-399)の削除・ 水素原子の付加 (Action → hydrogens → add)・ PDB fileとして再保存(file → save molecule)3. テキストエディタによるPDB fileの変更・ ファイルのChain AとBの間に”TER”を挿入する (Chain A: リガンド、B: タンパク質として認識される)・ 最後の行に、”TER”を挿入する・ その他のTER行を削除する ( 例えば、TER 1864 PRO A 225 などの行を削除)・ Chain名が全体を通してズレていないことを確認する
  3. 3. 4. STCの操作手順(System Type: binding)A. Output directoryの設定 (保存場所は任意)B. Calc ASAの設定  B-1. Bound complex pdb file (ligand first)のみ選択  (Optionalの設定は、エラーの原因!!)  B-2. Calculate → Done calculations, no errorsなら、O.K.  B-3. DismissC. Thermodynamics  C-1. sbb & Sex->uの設定 ΔASAのヒストグラム  C-2. Calculate  C-3. Histograms解析
  4. 4. Case 2: Protein-ligand interaction (PDB ID: 1CBS)1. PDB file(text)のダウンロード Protein: Cellular retinoic acid binding proteins Ligand: Retinoic acidURL: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1CBS2. PyMOLによるPDB fileの変更 ・ 全水分子(300-399)の削除(Action → remove atoms) ・ 水素原子の付加 (Action → hydrogens → add) ・ PDB fileとして再保存(file → save molecule)
  5. 5. 3. テキストエディタによるPDB fileの変更・ ”REMARK”だけの行を先頭に2行挿入する(入れなくても良い!!)・ リガンドの行を最初に挿入する・ リガンドの文頭にある”HETATM”を” ATOM”に変更する(変更不要?)・ リガンドの三文字表記をamino.def内の形式に変更する(ADD など)・ リガンド情報の最後に、”TER”を挿入する・ リガンドの原子名に通し番号がある場合は、削除する (C、O、あるいはHに変更する)・ CONECT 行の削除・ Chain名が全体を通してズレていないことを確認する・ 原子の番号は前後していても問題ない!!・ 最後の行に”TER”を挿入する
  6. 6. 4. STCの操作手順(System Type: binding)A. Output directoryの設定 (保存場所は任意)B. Calc ASAの設定  B-1. Bound complex pdb file (ligand first)のみ選択  (Optionalの設定は、エラーの原因!!)  B-2. Calculate → Done calculations, no errorsなら、O.K.  B-3. DismissC. Thermodynamics  C-1. sbb & Sex->uの設定 ΔASAのヒストグラム  C-2. Calculate  C-3. Histograms解析

×