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Gephi Quick Start (Japanese)
 

Gephi Quick Start (Japanese)

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    Gephi Quick Start (Japanese) Gephi Quick Start (Japanese) Presentation Transcript

    • チュートリアル クイックスタート* はじめに Gephi チュートリアル* ファイルのインポート* 可視化 クイックスタート* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス 入門チュートリアルへようこそ!このチュートリアルでは、Gephi におけるネットワークの可視化と* ランキング (サイズ) 操作の基本的な手順について説明しています。* もう一度レイアウト* ラベルの表示 このチュートリアルの作成には Gephi version 0.7alpha2 を使用しました。* コミュニティ検出* パーティション Gephi をダウンロードする* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ 最終更新: 2010 年 3 月 5 日
    • チュートリアル クイックスタート グラフファイルを開く* はじめに • ファイルをダウンロードします。 LesMiserables.gexf* ファイルのインポート* 可視化 • [File] メニューの [Open] をクリックします。* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ グラフの形式 - GEXF - Tulip TLP - GraphML - CSV - Pajek NET - Compressed ZIP - GDF - GML
    • チュートリアル クイックスタート インポートレポート* はじめに • ファイルを開くと、見つかったデータと問題がレポートに表示されます。* ファイルのインポート - ノード数* 可視化 - エッジ数* レイアウト - グラフのタイプ* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ • 表示された内容でよければ [OK] をクリックし、グラフを表示します。
    • チュートリアル クイックスタート グラフが表示されるはずです。* はじめに インポートしたのは “Les Miserables” データセット1 です。Victor Hugo の* ファイルのインポート 『レ・ミゼラブル(ああ無情)』の登場人物を重み付けして表示しています。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート ノードの位置は最初はランダムなので、表示のされ方は図とは少し異なるかもしれません。* 保存* まとめ 1 D. E. Knuth, The Stanford GraphBase: A Platform for Combinatorial Computing, Addison-Wesley, Reading, MA (1993).
    • チュートリアル クイックスタート グラフの可視化* はじめに • グラフを移動したり、縮小・拡大したりするにはマウスを使います。* ファイルのインポート - ズーム: マウスホイール* 可視化 - パン: 右ボタンでドラッグ* レイアウト ズーム* ランキング (色) • ウィンドウ下部に [Edge Thickness] スライダがあります。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出 ドラッグ* パーティション • グラフが見えなくなったら、位置をリセットしてください。* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート グラフのレイアウト* はじめに レイアウトアルゴリズムはグラフの形状を設定するもので、最も重要な操作です。* ファイルのインポート* 可視化 • 左パネルに [Layout] モジュールがあります。* レイアウト* ランキング (色) • [Force Atlas] を選択します。* メトリクス* ランキング (サイズ) 下にレイアウトのプロパティが表示されますが、デフォルト値の ままにしておきます。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出 • をクリックしてアルゴリズムを実行します。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ レイアウトアルゴリズム グラフは一般に「力指向」アルゴリズム ("Force-based" algorithms) でレイアウトされます。 このアルゴリズムの原則は単純で、つながりのあるノード同士は互いに引き合い、 つながりのないノード同士は互いに斥け合うというものです。
    • チュートリアル クイックスタート レイアウトのコントロール* はじめに レイアウトのプロパティが用意されているのは、選択したアルゴリズムをコントロールして* ファイルのインポート 美的に優れた表現が得られるようにするためです。* 可視化* レイアウト • [Repulsion strengh] を 10 000 に設定して* ランキング (色) グラフを拡大します。* メトリクス* ランキング (サイズ) • [Enter] キーを押して変更した値を確定します。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー • では、 をクリックしてアルゴリズムを停止してください。* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート 次のようなレイアウトのグラフが表示されるはずです。* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート ランキング (色)* はじめに [Ranking] モジュールでは、ノードの色とサイズを設定できます。* ファイルのインポート* 可視化 • ウィンドウの左上部に [Ranking] モジュールがあります。* レイアウト* ランキング (色) • ランクパラメータとして [Degree] を選択します。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 次のような設定パネルが表示されます。* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ • をクリックして結果を表示します。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート 色の設定* はじめに* ファイルのインポート • グラデーションコンポーネントをマウスでポイントします。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス • 三角の上でダブルクリックして色を設定します。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ パレット パレットを使用するにはパネルを右クリックします。
    • チュートリアル クイックスタート ランキングの結果テーブル* はじめに 結果テーブルを有効にするとランクの値を表示できます。Valjean には 36 のリンクがあり、* ファイルのインポート ネットワークの中で最も接続の多い登場人物です。* 可視化* レイアウト • ツールバー下部にある結果テーブルを表示するための* ランキング (色) コントロールをオンにします。* メトリクス* ランキング (サイズ) • もう一度 をクリックします。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート メトリクス* はじめに ここでは、ネットワークの平均パス長 (average path length) を計算します。考えられるすべての* ファイルのインポート ノードのペアのパス長を計算し、ノード間の距離に関する情報を取得します。* 可視化* レイアウト* ランキング (色) • 右パネルに [Statistics] モジュールがあります。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 • [Average Path Length] の横にある をクリックします。* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ 利用可能なメトリクス - Diameter (直径) - Betweeness Centrality (媒介中心性) - Average Path Length (平均パス長) - Closeness Centrality (近接中心性) - Clustering Coefficient (クラスタリング係数) - Eccentricity (離心性) - PageRank (ページランク) - Community Detection (コミュニティ検出) - HITS (Hyperlink-Induced Topic Search) (モジュラリティ)
    • チュートリアル クイックスタート メトリクスの設定* はじめに 設定パネルが表示されます。* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ • [Directed] をクリックし、[OK] をクリックしてメトリクスを計算します。
    • チュートリアル クイックスタート メトリクスの結果* はじめに 計算が終わると、* ファイルのインポート 目的のメトリクスが* 可視化 レポートに 表示されます。* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート ランキング (サイズ)* はじめに メトリクスは、全体に関するレポートを生成するだけでなく、各ノードの結果も示します。* ファイルのインポート 直前に実行した "Average Path Length" アルゴリズムによって次の 3 つの新しい値が 作成されたのもそのためです。* 可視化 - Betweeness Centrality (媒介中心性)* レイアウト - Closeness Centrality (近接中心性)* ランキング (色) - Eccentricity (離心性)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 • [Ranking] モジュールに戻ります。* コミュニティ検出* パーティション • リストから [Betweeness Centrality] を選択します。* フィルタ このメトリクスは、値の高さでノードの影響力を* プレビュー 示します。* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート ランキング (サイズ)* はじめに ここではノードのサイズを設定します。色は [Degree] インジケータで設定した色のままです。* ファイルのインポート* 可視化 • ツールバーにあるサイズ用のダイヤモンドアイコンを* レイアウト クリックします。* ランキング (色) • [min size] を 10 に、[Max size] を 50 に設定します。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー • をクリックして結果を表示します。* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート 次のような色とサイズのグラフが表示されるはずです。* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ 色: [Degree] サイズ: [Betweeness Centrality] メトリクス
    • チュートリアル クイックスタート もう一度レイアウト* はじめに 現在のレイアウトは必ずしも最適なものとはいえません。大きなノードが小さなノードを 覆い隠しているからです。* ファイルのインポート* 可視化 [Force Atlas] アルゴリズムには、レイアウト時にノードのサイズを考慮するオプションがあります。* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス • [Layout] パネルに戻ります。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト • [Adjust by Sizes] オプションをオンにし、* ラベルの表示 しばらくアルゴリズムを実行します。* コミュニティ検出* パーティション • 以前とは異なり、ノードはオーバーラップせずに* フィルタ 表示されます。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート ラベルの表示* はじめに 色とサイズで中心となるノードを表示していますが、ネットワークをもっと詳しく* ファイルのインポート 見てみましょう。* 可視化* レイアウト • ノードのラベルを表示します。* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 • ノードのサイズに比例するように* コミュニティ検出 ラベルのサイズを設定します。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存 • ラベルのサイズをスケールスライダで 設定します。* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート コミュニティ検出* はじめに コミュニティを検出して調査する機能は、ネットワーク分析では不可欠です。ここでは、* ファイルのインポート 例に含まれているクラスタに色を付けてみましょう。* 可視化* レイアウト Gephi は Louvain メソッド1を実装しており、 [Statistics] パネルから利用できます。* ランキング (色) [Modularity] の横にある をクリックします。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト • [Randomize] をオンにします。* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ • [OK] をクリックして検出を開始します。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ 1 Blondel V, Guillaume J, Lambiotte R, Mech E (2008) Fast unfolding of communities in large net- works. J Stat Mech: Theory Exp 2008:P10008. (http://findcommunities.googlepages.com)
    • チュートリアル クイックスタート パーティション* はじめに コミュニティ検出アルゴリズムによって、各ノードの "Modularity Class" の値が作成されました。* ファイルのインポート* 可視化 パーティションモジュールでは、この新しいデータを使ってコミュニティに色を付けることができます。* レイアウト* ランキング (色) • 左パネルに [Partition] モジュールがあります。* メトリクス • すぐに [Refresh] ボタンをクリックして* ランキング (サイズ) パーティションリストを取得します。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ ノードとエッジの列を見るには ノードとエッジの列とその値は、[Data Table] ビューで参照できます。 [Data Laboratory] タブをクリックし、[Nodes] をクリックすると、テーブルが更新されます。
    • チュートリアル クイックスタート パーティション* はじめに • パーティションリストで [Modularity Class] を選択します。* ファイルのインポート* 可視化 9 つのコミュニティが見つかったと表示されます* レイアウト (環境によって値は異なります)。各コミュニティを識別する 色はランダムに設定されます。* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ) • をクリックしてノードに色を付けます。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート パネルを右クリックして [Randomize colors] をクリックすると、 色を変更できます。* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート ネットワークはおよそ次のように表示されているはずです。* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート フィルタ 最後の操作として、フィルタリングを取り上げましょう。フィルタを作成すると、ネットワーク上の* はじめに 一部のノードとエッジを隠すことができます。ここでは、リーフ、すなわち、エッジが 1 つだけの* ファイルのインポート ノードを除外するフィルタを作成します。* 可視化* レイアウト • 右パネルに [Filters] モジュールがあります。* ランキング (色)* メトリクス • [Topology] カテゴリの [Degree Range] を選択します。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション • [Degree Range] を [Queries] にドラッグし、* フィルタ [Drag filter here] にドロップします。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ ドラッグ
    • チュートリアル クイックスタート フィルタ* はじめに • [Degree Range] をクリックしてフィルタをアクティベートします。* ファイルのインポート パラメータパネルが表示されます。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス パネルには、レンジスライダと、データ (ここでは次数分布) を表す図が表示されます。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト • スライダを移動して、下限を 2 にします。* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション • ボタンをクリックしてフィルタリングを有効にします。* フィルタ* プレビュー* エクスポート 次数が 2 未満のノードが表示されなくなります。* 保存* まとめ ヒント 値の数字の上をダブルクリックすると、範囲を手動で編集できます。
    • チュートリアル クイックスタート フィルタリングされたネットワーク* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ これで操作については終わりです。次はレンダリングをプレビューし、エクスポートの準備をします。
    • チュートリアル クイックスタート プレビュー* はじめに • 作成したグラフを SVG または PDF ファイルとしてエクスポートする前に、* ファイルのインポート 以下の目的でプレビューを行います。* 可視化 - グラフがどのように表示されるかを正確に把握する。* レイアウト - 最後の微調整を行う。* ランキング (色) • バナーの [Preview] タブを選択します。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出 • [Refresh] をクリックしてプレビューを表示します。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ ヒント グラフが大きい場合は、[Preview ratio] スライダで 50% または 25% に値を下げるとグラフを小さく 表示できます。
    • チュートリアル クイックスタート プレビュー* はじめに • [Node] のプロパティの中から [Show Labels]* ファイルのインポート オプションを探してオンにします。* 可視化* レイアウト • をクリックします。* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト プレビューの設定ではプリセットを使用できます。* ラベルの表示 プリセットリストを使ってさまざまな設定を* コミュニティ検出 試してみてください。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート プレビュー中のグラフ* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート SVG としてエクスポート* はじめに [Preview] で、[Export] の横にある [SVG] を* ファイルのインポート クリックします。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス SVG ファイルは、PDF 同様、ベクターグラフィックです。画像はさまざまなサイズにスムーズに* ランキング (サイズ) 縮小・拡大することができ、高解像度での印刷やほかのデータへの組み込みが可能です。* もう一度レイアウト* ラベルの表示 SVG ファイルの変更や操作には、Inkscape や Adobe Illustrator を使ってください。* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ 高解像度のスクリーンショット 必要なものが高解像度の PNG スクリーンショットだけの場合は、可視化タブの下部の可視化プロパティバー にある アイコンを使ってください。
    • チュートリアル クイックスタート プロジェクトの保存* はじめに プロジェクトを保存すると、すべてのデータと結果が単一の* ファイルのインポート セッションファイルにカプセル化されます。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ) いくつか手順をやり忘れたときは、次のところからセッションを* もう一度レイアウト ダウンロードできます。* ラベルの表示 LesMiserables.gephi* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ
    • チュートリアル クイックスタート まとめ* はじめに このチュートリアルでは、Gephi の基本操作、すなわちネットワークファイルのオープン、* ファイルのインポート 可視化、操作、レンダリングの方法について学びました。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー このあとは、次のものを参照してください。* エクスポート • Gephi Web サイト • Gephi Wiki* 保存 • Gephi フォーラム* まとめ