Gephi Quick Start (Japanese)

チュートリアルクイックスタート* はじめに Gephi チュートリアル* ファイルのインポート* 可視化クイックスタート* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス入門チュートリアルへようこそ！このチュートリアルでは、Gephi におけるネットワークの可視化と* ランキング (サイズ) 操作の基本的な手順について説明しています。* もう一度レイアウト* ラベルの表示このチュートリアルの作成には Gephi version 0.7alpha2 を使用しました。* コミュニティ検出* パーティション Gephi をダウンロードする* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ最終更新: 2010 年 3 月 5 日

チュートリアルクイックスタートグラフファイルを開く* はじめに • ファイルをダウンロードします。 LesMiserables.gexf* ファイルのインポート* 可視化 • [File] メニューの [Open] をクリックします。* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめグラフの形式 - GEXF - Tulip TLP - GraphML - CSV - Pajek NET - Compressed ZIP - GDF - GML

チュートリアルクイックスタートインポートレポート* はじめに • ファイルを開くと、見つかったデータと問題がレポートに表示されます。* ファイルのインポート - ノード数* 可視化 - エッジ数* レイアウト - グラフのタイプ* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ • 表示された内容でよければ [OK] をクリックし、グラフを表示します。

チュートリアルクイックスタートグラフが表示されるはずです。* はじめにインポートしたのは “Les Miserables” データセット1 です。Victor Hugo の* ファイルのインポート『レ・ミゼラブル（ああ無情）』の登場人物を重み付けして表示しています。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポートノードの位置は最初はランダムなので、表示のされ方は図とは少し異なるかもしれません。* 保存* まとめ 1 D. E. Knuth, The Stanford GraphBase: A Platform for Combinatorial Computing, Addison-Wesley, Reading, MA (1993).

チュートリアルクイックスタートグラフの可視化* はじめに • グラフを移動したり、縮小・拡大したりするにはマウスを使います。* ファイルのインポート - ズーム: マウスホイール* 可視化 - パン: 右ボタンでドラッグ* レイアウトズーム* ランキング (色) • ウィンドウ下部に [Edge Thickness] スライダがあります。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出ドラッグ* パーティション • グラフが見えなくなったら、位置をリセットしてください。* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートグラフのレイアウト* はじめにレイアウトアルゴリズムはグラフの形状を設定するもので、最も重要な操作です。* ファイルのインポート* 可視化 • 左パネルに [Layout] モジュールがあります。* レイアウト* ランキング (色) • [Force Atlas] を選択します。* メトリクス* ランキング (サイズ) 下にレイアウトのプロパティが表示されますが、デフォルト値のままにしておきます。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出 • をクリックしてアルゴリズムを実行します。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめレイアウトアルゴリズムグラフは一般に「力指向」アルゴリズム ("Force-based" algorithms) でレイアウトされます。このアルゴリズムの原則は単純で、つながりのあるノード同士は互いに引き合い、つながりのないノード同士は互いに斥け合うというものです。

チュートリアルクイックスタートレイアウトのコントロール* はじめにレイアウトのプロパティが用意されているのは、選択したアルゴリズムをコントロールして* ファイルのインポート美的に優れた表現が得られるようにするためです。* 可視化* レイアウト • [Repulsion strengh] を 10 000 に設定して* ランキング (色) グラフを拡大します。* メトリクス* ランキング (サイズ) • [Enter] キーを押して変更した値を確定します。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー • では、をクリックしてアルゴリズムを停止してください。* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタート次のようなレイアウトのグラフが表示されるはずです。* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートランキング (色)* はじめに [Ranking] モジュールでは、ノードの色とサイズを設定できます。* ファイルのインポート* 可視化 • ウィンドウの左上部に [Ranking] モジュールがあります。* レイアウト* ランキング (色) • ランクパラメータとして [Degree] を選択します。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示次のような設定パネルが表示されます。* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ • をクリックして結果を表示します。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタート色の設定* はじめに* ファイルのインポート • グラデーションコンポーネントをマウスでポイントします。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス • 三角の上でダブルクリックして色を設定します。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめパレットパレットを使用するにはパネルを右クリックします。

チュートリアルクイックスタートランキングの結果テーブル* はじめに結果テーブルを有効にするとランクの値を表示できます。Valjean には 36 のリンクがあり、* ファイルのインポートネットワークの中で最も接続の多い登場人物です。* 可視化* レイアウト • ツールバー下部にある結果テーブルを表示するための* ランキング (色) コントロールをオンにします。* メトリクス* ランキング (サイズ) • もう一度をクリックします。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートメトリクス* はじめにここでは、ネットワークの平均パス長 (average path length) を計算します。考えられるすべての* ファイルのインポートノードのペアのパス長を計算し、ノード間の距離に関する情報を取得します。* 可視化* レイアウト* ランキング (色) • 右パネルに [Statistics] モジュールがあります。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 • [Average Path Length] の横にあるをクリックします。* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ利用可能なメトリクス - Diameter (直径) - Betweeness Centrality (媒介中心性) - Average Path Length (平均パス長) - Closeness Centrality (近接中心性) - Clustering Coefficient (クラスタリング係数) - Eccentricity (離心性) - PageRank (ページランク) - Community Detection (コミュニティ検出) - HITS (Hyperlink-Induced Topic Search) (モジュラリティ)

チュートリアルクイックスタートメトリクスの設定* はじめに設定パネルが表示されます。* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ • [Directed] をクリックし、[OK] をクリックしてメトリクスを計算します。

チュートリアルクイックスタートメトリクスの結果* はじめに計算が終わると、* ファイルのインポート目的のメトリクスが* 可視化レポートに表示されます。* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートランキング (サイズ)* はじめにメトリクスは、全体に関するレポートを生成するだけでなく、各ノードの結果も示します。* ファイルのインポート直前に実行した "Average Path Length" アルゴリズムによって次の 3 つの新しい値が作成されたのもそのためです。* 可視化 - Betweeness Centrality (媒介中心性)* レイアウト - Closeness Centrality (近接中心性)* ランキング (色) - Eccentricity (離心性)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 • [Ranking] モジュールに戻ります。* コミュニティ検出* パーティション • リストから [Betweeness Centrality] を選択します。* フィルタこのメトリクスは、値の高さでノードの影響力を* プレビュー示します。* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートランキング (サイズ)* はじめにここではノードのサイズを設定します。色は [Degree] インジケータで設定した色のままです。* ファイルのインポート* 可視化 • ツールバーにあるサイズ用のダイヤモンドアイコンを* レイアウトクリックします。* ランキング (色) • [min size] を 10 に、[Max size] を 50 に設定します。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー • をクリックして結果を表示します。* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタート次のような色とサイズのグラフが表示されるはずです。* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ色: [Degree] サイズ: [Betweeness Centrality] メトリクス

チュートリアルクイックスタートもう一度レイアウト* はじめに現在のレイアウトは必ずしも最適なものとはいえません。大きなノードが小さなノードを覆い隠しているからです。* ファイルのインポート* 可視化 [Force Atlas] アルゴリズムには、レイアウト時にノードのサイズを考慮するオプションがあります。* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス • [Layout] パネルに戻ります。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト • [Adjust by Sizes] オプションをオンにし、* ラベルの表示しばらくアルゴリズムを実行します。* コミュニティ検出* パーティション • 以前とは異なり、ノードはオーバーラップせずに* フィルタ表示されます。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートラベルの表示* はじめに色とサイズで中心となるノードを表示していますが、ネットワークをもっと詳しく* ファイルのインポート見てみましょう。* 可視化* レイアウト • ノードのラベルを表示します。* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示 • ノードのサイズに比例するように* コミュニティ検出ラベルのサイズを設定します。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存 • ラベルのサイズをスケールスライダで設定します。* まとめ

チュートリアルクイックスタートコミュニティ検出* はじめにコミュニティを検出して調査する機能は、ネットワーク分析では不可欠です。ここでは、* ファイルのインポート例に含まれているクラスタに色を付けてみましょう。* 可視化* レイアウト Gephi は Louvain メソッド1を実装しており、 [Statistics] パネルから利用できます。* ランキング (色) [Modularity] の横にあるをクリックします。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト • [Randomize] をオンにします。* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ • [OK] をクリックして検出を開始します。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ 1 Blondel V, Guillaume J, Lambiotte R, Mech E (2008) Fast unfolding of communities in large net- works. J Stat Mech: Theory Exp 2008:P10008. (http://findcommunities.googlepages.com)

チュートリアルクイックスタートパーティション* はじめにコミュニティ検出アルゴリズムによって、各ノードの "Modularity Class" の値が作成されました。* ファイルのインポート* 可視化パーティションモジュールでは、この新しいデータを使ってコミュニティに色を付けることができます。* レイアウト* ランキング (色) • 左パネルに [Partition] モジュールがあります。* メトリクス • すぐに [Refresh] ボタンをクリックして* ランキング (サイズ) パーティションリストを取得します。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめノードとエッジの列を見るにはノードとエッジの列とその値は、[Data Table] ビューで参照できます。 [Data Laboratory] タブをクリックし、[Nodes] をクリックすると、テーブルが更新されます。

チュートリアルクイックスタートパーティション* はじめに • パーティションリストで [Modularity Class] を選択します。* ファイルのインポート* 可視化 9 つのコミュニティが見つかったと表示されます* レイアウト (環境によって値は異なります)。各コミュニティを識別する色はランダムに設定されます。* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ) • をクリックしてノードに色を付けます。* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポートパネルを右クリックして [Randomize colors] をクリックすると、色を変更できます。* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートネットワークはおよそ次のように表示されているはずです。* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートフィルタ最後の操作として、フィルタリングを取り上げましょう。フィルタを作成すると、ネットワーク上の* はじめに一部のノードとエッジを隠すことができます。ここでは、リーフ、すなわち、エッジが 1 つだけの* ファイルのインポートノードを除外するフィルタを作成します。* 可視化* レイアウト • 右パネルに [Filters] モジュールがあります。* ランキング (色)* メトリクス • [Topology] カテゴリの [Degree Range] を選択します。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション • [Degree Range] を [Queries] にドラッグし、* フィルタ [Drag filter here] にドロップします。* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめドラッグ

チュートリアルクイックスタートフィルタ* はじめに • [Degree Range] をクリックしてフィルタをアクティベートします。* ファイルのインポートパラメータパネルが表示されます。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクスパネルには、レンジスライダと、データ (ここでは次数分布) を表す図が表示されます。* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト • スライダを移動して、下限を 2 にします。* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション • ボタンをクリックしてフィルタリングを有効にします。* フィルタ* プレビュー* エクスポート次数が 2 未満のノードが表示されなくなります。* 保存* まとめヒント値の数字の上をダブルクリックすると、範囲を手動で編集できます。

チュートリアルクイックスタートフィルタリングされたネットワーク* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめこれで操作については終わりです。次はレンダリングをプレビューし、エクスポートの準備をします。

チュートリアルクイックスタートプレビュー* はじめに • 作成したグラフを SVG または PDF ファイルとしてエクスポートする前に、* ファイルのインポート以下の目的でプレビューを行います。* 可視化 - グラフがどのように表示されるかを正確に把握する。* レイアウト - 最後の微調整を行う。* ランキング (色) • バナーの [Preview] タブを選択します。* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出 • [Refresh] をクリックしてプレビューを表示します。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめヒントグラフが大きい場合は、[Preview ratio] スライダで 50% または 25% に値を下げるとグラフを小さく表示できます。

チュートリアルクイックスタートプレビュー* はじめに • [Node] のプロパティの中から [Show Labels]* ファイルのインポートオプションを探してオンにします。* 可視化* レイアウト • をクリックします。* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウトプレビューの設定ではプリセットを使用できます。* ラベルの表示プリセットリストを使ってさまざまな設定を* コミュニティ検出試してみてください。* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートプレビュー中のグラフ* はじめに* ファイルのインポート* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタート SVG としてエクスポート* はじめに [Preview] で、[Export] の横にある [SVG] を* ファイルのインポートクリックします。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス SVG ファイルは、PDF 同様、ベクターグラフィックです。画像はさまざまなサイズにスムーズに* ランキング (サイズ) 縮小・拡大することができ、高解像度での印刷やほかのデータへの組み込みが可能です。* もう一度レイアウト* ラベルの表示 SVG ファイルの変更や操作には、Inkscape や Adobe Illustrator を使ってください。* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ高解像度のスクリーンショット必要なものが高解像度の PNG スクリーンショットだけの場合は、可視化タブの下部の可視化プロパティバーにあるアイコンを使ってください。

チュートリアルクイックスタートプロジェクトの保存* はじめにプロジェクトを保存すると、すべてのデータと結果が単一の* ファイルのインポートセッションファイルにカプセル化されます。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ) いくつか手順をやり忘れたときは、次のところからセッションを* もう一度レイアウトダウンロードできます。* ラベルの表示 LesMiserables.gephi* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビュー* エクスポート* 保存* まとめ

チュートリアルクイックスタートまとめ* はじめにこのチュートリアルでは、Gephi の基本操作、すなわちネットワークファイルのオープン、* ファイルのインポート可視化、操作、レンダリングの方法について学びました。* 可視化* レイアウト* ランキング (色)* メトリクス* ランキング (サイズ)* もう一度レイアウト* ラベルの表示* コミュニティ検出* パーティション* フィルタ* プレビューこのあとは、次のものを参照してください。* エクスポート • Gephi Web サイト • Gephi Wiki* 保存 • Gephi フォーラム* まとめ

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Gephi Quick Start (Japanese)

by あしたのオープンソース研究所　 on Jul 02, 2011

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