Пример формирования концепта проекта. Урезанная версия

1. ООО «Тонкие системные технологии»
www.fine-systems.tech
г. Москва
2018 г.
Это урезанная версия. Для формирования общего
представления о предоставляемых услугах
Формат презентации не для демонстраций. Это просто
форма подачи материала

2. ООО «Тонкие системные технологии»
www.fine-systems.tech
г. Москва
2018 г.
Система работы с данными секвенирования и базами
данных нуклеотидных последовательностей

3. 3
Общее описание проекта
Версия 1.1

4. 4
Общее описание проекта
Проект направлен на создание системы работы с данными,
полученными методами высокопроизводительного секвенирования
и базами данных нуклеотидных последовательностей
Версия 1.1
Система предназначена для решения двух основных задач:
1. Идентификации нуклеотидных последовательностей,
полученных с помощью секвенирования. Определение
принадлежности этих нуклеотидных последовательностей к
определенным группам, по заранее заданным параметрам
2. Ведения базы данных маркеров нуклеотидных
последовательностей, организованных по какой-либо
иерархии. Например, по одной из таксономий

5. 5
Общее описание проекта
Зачем
Система предназначена для идентификации различных
заболеваний человека, животных и растений:
- Бактериальной природы;
- Вирусной природы;
- Грибковой природы;
- Болезней, вызываемых простейшими;
- Генов токсинов;
- Различных генетических заболеваний;
- Маркеров токсинов;
- Онкологических заболеваний
Версия 1.1

6. 6
Общее описание проекта
Где
- Медицинская диагностика;
- Разработка лекарственных препаратов;
- Сельское хозяйство и животноводство;
- Пищевая промышленность
Версия 1.1

7. 7
Общее описание проекта
Конкурентное окружение
Как таковые базы нуклеотидных последовательностей существуют
в нескольких вариантах и часто представлены в открытом
доступе
Программы для работы с данными нуклеотидных
последовательностей (программное обеспечение для
биоинформатики) аналогично представлено как открытыми, так и
проприетарными решениями
Отсутствуют общие системы работы одновременно с наборами
программ для работы с нуклеотидными последовательностями
(pipe line) и базами данных, включая пополняемые
пользователями
Версия 1.1

8. 8
Общая схема

9. 9
Общее схема
Data Base Pipe Line
Administrator
Interface
User Interface
Administrator User
Service System

10. 10
Общее схема
Data Base Pipe Line
Administrator
Interface
User Interface
Administrator User
Data Base
Data Base
Возможные множественные объекты
Pipe Line
Pipe Line
User Interface
User Interface
Administrator
InterfaceAdministrator
Interface
User
User
Administrator
Administrator
Service System

11. 11
User

12. 12
User
Пользователь (User)
Пользователь (User) – пользователь системы с правами
получения информации из базы данных, отправки файлов с
нуклеотидными последовательностями на обработку и получение
результатов обработки
Пользователей может быть несколько

13. 13
User
Пользователь (User)
Пользователь может:
- Входить в систему под своим логином и паролем;
- Регистрироваться в системе;
- Отправлять запросы и получать ответы из базы данных (Data
Base - DB);
- Загружать файлы с нуклеотидными последовательностями из
DB
- Загружать файлы с нуклеотидными последовательностями для
отправки в систему;
- Заполнять метаданные для файлов с нуклеотидной
последовательностью;
- Отправлять файлы на обработку в систему;
- Получать результаты обработки файлов с нуклеотидными
последовательностями из системы;
- Задавать параметры обработки файлов с нуклеотидными
последовательностями;
- Получать доступ к ранее загруженным и обработанным
данным;
- Удалять ранее загруженные данные

14. 14
User Interface

15. 15
User Interface
User Interface
Модуль работы с пользовательским интерфейсом ответственен за
взаимодействие пользователя с системой в целом
Это получение пользователем доступа в систему, отправка
данных, установка настроек, получение отчетов и т.д.

16. 16
User Interface
User Interface
User Interface (UI) ответственен за:
- Авторизацию пользователя;
- Доступ пользователя к Data Base;
- Доступ пользователя к интерфейсу загрузки данных в
систему;
- Доступ пользователя к получению файла с результатами
обработки;
- Доступ к сохраненным данным;
- Получению информации о процессе обработки данных;
- Работу с личными данными пользователя

17. 17
User Interface
User Interface
Подсистема авторизации пользователей
Подсистема работы с DB
Подсистема Отправки данных в PL
Подсистема работы с сохраненными
данными
Подсистемы User Interface
- Подсистема авторизации пользователей;
- Подсистема регистрации пользователей;
- Подсистема работы с личными данными
пользователя
- Подсистема работы с Data Base;
- Подсистема отправки данных в Pipe Line;
- Подсистема работы с сохраненными данными;
- Подсистема справочных данных
Подсистема регистрации пользователей
Подсистема работы с личными данными
пользователя
Подсистема справочных данных

18. 18
User Interface
Сценарий для подсистемы авторизации пользователей
Подсистема авторизации пользователей предназначена для входа
пользователей в систему под своими логинами и паролями.
- Пользователь заходит по адресу системы в сети;
- Появляется форма для авторизации;
- Пользователь вводит логин;
- Пользователь вводит пароль;
- Система авторизует пользователя

19. 19
User Interface
Сценарий для подсистемы регистрации пользователей
Подсистема регистрации пользователей предназначена для
регистрации новых пользователей в системе
- Пользователь заходит по адресу системы в сети;
- Пользователь кликает на «Регистрация пользователей»;
- Пользователь придумывает логин;
- Пользователь придумывает пароль для входа в систему;
- Пользователь вводи адрес электронной почты;
- При необходимости вводит код доступа в систему;
- При отсутствии кода доступа делает запрос на
предоставление кода доступа;
- Пользователь на указанный электронный адрес получает код
доступа. В дальнейшем вход в систему осуществляется через
логин и пароль
Код доступа может предоставляться как на организацию
(некоторый список), так и получить его по запросу.
Процедуру запроса необходимо проработать дополнительно

20. 20
User Interface
Что видит пользователь в браузере
Вход в систему
Ввод логина
Забыли пароль?
Ввод пароля
Регистрация нового пользователя

21. 21
User Interface
Что видит пользователь в браузере
Основной вид
Работа с Data Base
Настройки
Ввод данных в Pipe Line
Сохраненные данные
Справка
Статус запросов

22. 22
User Interface
Что видит пользователь в браузере
Работа с сохраненными данными
Сохраненные данные
Сохраненные данные
Стандартный проводник для доступа к папкам с данными. Отображаются даты
загрузки, даты обработки, имя запросов, статус обработки (нельзя изменять
если в работе) и т.д. Можно выделять только отдельные папки. Групповой
удаление запрещено.
Удалить выбранное
Загрузить выбранное

23. 23
User Interface
Что видит пользователь в браузере
Работа с настройками
Работа с настройками
Личные данные пользователя
Сведения об организации
(случай при работе от
организации)
Настройки безопасности
(логин и пароль)
Отображаются такие параметры как ФИО,
должность, организация, место работы,
контактные данные, текущий проект и т.д.

24. 24
User Interface
Что видит пользователь в браузере
Работа со справкой
Работа со справкой
Инструкция
ЧАВО
Контакты службы поддержки

25. 25
User Interface
Что видит пользователь в браузере
Регистрация пользователя
Регистрация пользователя
Логин
Пароль
Адрес электронной почты
Код доступа необходим для доступа регистрации
пользователей с рабочими целями
Без кода доступа пользователь может иметь
доступ только к базе данных и справке.
Код доступа
Запрос на предоставление
кода доступа

26. 26
User Interface
Метаданные
Перечень метаданных может включать:
- Название;
- Дату и время;
- Место получения;
- Прибор;
- Комментарии в свободной форме

27. 27
User Interface
Параметры обработки файлов в Pipe Line, доступные пользователю
В зависимости от квалификации пользователя
параметры обработки файлов с нуклеотидными
последовательностями могут содержать списки с
изменяемыми параметрами
Это могут быть как отдельные профили:
- Различные варианты профилей по умолчанию;
- Различные варианты пользовательских
профилей
Так и просто переключаемые режимы обработки
данных по 1-2 параметрам

28. 28
Pipe Line

29. 29
Pipe Line
Pipe Line
Система для обработки данных секвенирования – «Pipe Line»
Система Pipe Line представляет собой набор программного
обеспечения для работы с нуклеотидными последовательностями.
Каждая отдельная программа работает по своим параметрам, это
требования к входящей информации, внутренние настройки,
требования к исходящей информации.
Взаимодействие между отдельными программами (передача
информации), принятие решений в зависимости от результатов и
типа информации осуществляют интегрирующие подсистемы.
Интегрирующие и обслуживающие подсистемы отвечают за прием
внешних файлов, отправку их на обработку встроенным
программам по определенной схеме, принятие решений по
результатам обработки информации в отдельных программах,
формирование итогового отчета.

30. 30
Pipe Line
Pipe Line
Pipe Line (PL) ответственен за:
- Получение файлов с нуклеотидными последовательностями;
- Обработку файлов с нуклеотидными последовательностями по
заданной схеме;
- Проверку правильности обработки и соответствия их
определенным критериям на промежуточных стадиях;
- Поиск соответствия в загруженной Data Base;
- Проверку результатов;
- Формирование отчета с результатами обработки;
- Информирование Service System о состоянии

31. 31
Pipe Line
Подсистема работы с внешними данными
Подсистемы Pipe Line
- Подсистема работы с внешними данными;
- Подсистема работы со схемами PL;
- Подсистема работы с Data Base;
- Подсистема работы с программами схемы;
- Подсистема программ PL
- Подсистема проверки промежуточных
результатов;
- Подсистема формирования отчёта;
- Подсистема состояния работы
Pipe Line
Подсистема работы с Data Base
Подсистема работы со схемами PL
Подсистема работы с программами схемы
Подсистема проверки промежуточных
результатов
Подсистема формирования отчёта
Подсистема состояния работы
Подсистема программ PL

32. 32
Pipe Line
Функции подсистемы работы с внешними данными
Подсистема работы с внешними данными предназначена для
работы с загруженными данными.
- Service System загружает в подсистему работы с внешними
данными файл с нуклеотидными последовательностями, файл с
настройками обработки;
- Проводится проверка данных, определяется их тип;
- Данным присваивается определенный тип для обработки по
определенной схеме

33. 33
Administrator

34. 34
Administrator
Администратор (Administrator)
Администратор – пользователь системы с расширенными правами
доступа к системе. Такой пользователь может вносить
изменения в систему, управлять правами других пользователей.
Занимается обслуживанием системы. Администраторов может быть
несколько с разными правами доступа

35. 35
Administrator
Администратор (Administrator)
Администратор может:
- Входить в систему под своим логином и паролем;
- Регистрироваться в системе;
- Работать с правами доступа пользователей;
- Работать с сохраненными данными пользователей;
- Работать с правами пользователей других администраторов;
- Настраивать Data Base;
- Настраивать Pipe Line;
- Настраивать Service System;
- Проводить архивирование;
- Проводить восстановление;
- Проводить обновления

36. 36
Data Base

37. 37
Data Base
«База данных» (Data Base)
База данных нуклеотидных последовательностей – «база данных»
«База данных» представляет собой базу данных файлов с
нуклеотидными последовательностями, организованных по
определенной иерархии (например, NCBI). Например, по одной
из таксономий
Она может содержать нуклеотидные последовательности
организмов как целиком, так и в виде отдельных частей
Баз данных может быть несколько.
Базы данных для разных типов данных могут различаться. Это
могут быть как реляционные, иерархические, так и объектные и
другие типы баз данных

38. 38
Data Base
Data Base
Data Base (DB) ответственна за:
- Хранение баз данных;
- Хранение файлов нуклеотидных последовательностей;
- Хранение списков хранимых баз данных

39. 39
Data Base
Подсистема хранения баз данных
Подсистемы Data Base
- Подсистема хранения баз данных;
- Подсистема хранения списков баз данных;
- Подсистема хранения данных для создания
интерфейса
Data Base
Подсистема хранения списков баз
данных
Подсистема хранения данных для
создания интерфейса

40. 40
Service System

41. 41
Service System
Сервисная система (Service System, SS)
Service System предназначена для обслуживания системы в
целом
Эта система обеспечивает взаимодействия Data Base, Pipe
Line, администраторов и пользователей
В общем виде эта подсистема необходима для:
- Поддержания работоспособности всей системы;
- Управления доступом;
- Распределением нагрузки;
- Управлением последовательностью выполнения задач;
- Масштабирования;
- Хранением данных и управлением архивами;
- Создание и отправка сообщений по определенным триггерам;
- Работу с правами доступа

42. 42
Service System
Подсистема работы с загруженными
данными
Подсистемы Service System
- Подсистема работы с загруженными данными;
- Подсистема управления очередью обработки
данных;
- Подсистема работы с Pipe Line;
- Подсистема работы с Data Base;
- Подсистема СУБД;
- Подсистема работы с пользователями;
- Подсистема работы с администраторами;
- Подсистема архивирования и
восстановления;
- Подсистема управления нагрузкой;
- Подсистема оповещений
Service System
Подсистема работы с Pipe Line
Подсистема работы c Data Base
Подсистема СУБД
Подсистема управления очередью
обработки данных
Подсистема работы с пользователями
Подсистема работы с администраторами
Подсистема оповещений
Подсистема архивирования и
восстановления
Подсистема управления нагрузкой

43. 43
Service System
Функции подсистемы загруженных данных
Подсистема загруженных данных предназначена для работы с
загруженными пользователями в систему данными
- При регистрации пользователя ему выделяется дисковое
пространство для хранения его данных;
- Обеспечение хранения загруженных данных;
- Обеспечение загрузки данных с ПК пользователя в систему;
- Обеспечение удаление пользователем данных;
- Оповещение подсистемы управления очередью обработки о
получении новых файлов для обработки;
- Обеспечение отправки данных пользователю

44. 44
Service System
Функции подсистемы управления очередью обработки
Подсистема управления очередью обработки предназначена для
управления очередностью обработки данных
- Получение сообщений от подсистемы загруженных данных о
запросе на обработку данных;
- Опрос доступных Pipe Line;
- Постановка запроса в очередь на обработку;
- Ведение очереди на обработку;
- Отправка файлов на обработку по мере прохождения очереди;
- Получение файлов с результатом обработки;
- Отправка файла с результатами обработки по месту хранения
исходных данных;
- Информирование о текущем состоянии процесса обработки
данных

45. 45
Administrator
Interface

46. 46
Administrator Interface
Интерфейс администратора (Administrator Interface)
Модуль работы с интерфейсом администратора предназначен для
управления системой в целом со стороны администраторов
Предполагается что администраторов может быть несколько и с
разными правами доступа
Предполагается возможность удаленного администрирования
системой

47. 47
Administrator Interface
Administrator Interface (AdI) ответственен за:
- Регистрацию администраторов в системе
- Авторизацию администраторов;
- Доступ администраторов к Service System;
- Доступ администраторов к Pipe Line;
- Доступ администраторов к Data Base
- Работу с данными пользователей;
- Работу с данными администраторов

48. 48
Подсистема авторизации
администраторов
Подсистемы User Interface
- Подсистема авторизации администраторов;
- Подсистема регистрации администраторов;
- Подсистему работы с Service System;
- Подсистему работы с Pipe Line;
- Подсистема работы с Data Base;
- Подсистема работы с данными
администраторов;
- Подсистема работа с данными
пользователей;
- Подсистема справочных данных
Administrator
Interface
Подсистема регистрации
администраторов
Подсистема работы с Service System
Подсистему работы с Pipe Line
Подсистему работы с Data Base
Подсистему работы с данными
администраторов
Подсистема работы с данными
пользователей
Подсистема справочных данных
Administrator Interface

49. 49
Сценарий работы с подсистемой авторизации администраторов
Подсистема работы с авторизаций администраторов
предназначена для авторизации пользователей в системе
- Администратор заходит по адресу системы в сети;
- Появляется форма для авторизации;
- Администратор вводит логин;
- Администратор вводит пароль;
- Система авторизует администратора
Administrator Interface

50. 50
Сценарий работы с подсистемой регистрации администраторов
Подсистема регистрации администраторов предназначена для
регистрации новых администраторов в системе
- Администратор переходит по адресу системы в сети;
- Администратор кликает на «Регистрация администратора;
- Вводит предоставленные логин и пароль;
- Вводит адрес электронной почты
Administrator Interface

51. 51
Обновления

52. 52
Обновления
Обновления
Обновления необходимы для:
- Баз данных в Data Base;
- Программ Pipe Line;
- Настроек всех подсистем;
- Отдельных подсистем
Обновления отдельных частей должны затрагивать только
зависимые от них подсистемы
При обновлении базы данных не должны быть затронуты
пользовательские версии баз данных
При обновлении удаленно должен отсутствовать доступ к
пользовательским базам данных

53. 53
ООО «Тонкие системные технологии»
г. Москва
2018 г.
Контакты:
ООО «Тонкие системные технологии
Владислав Трошин (CEO)
+7 929 509 44 89
troshin@fine-systems.tech
www.fine-systems.tech