Презентация с семинара "ГИС и заповедные территории - 2015" http://pzf.gis.kh.ua Working with international online resources on biodiversity (GBIF www.gbif.org)

1. Работа с международными он-лайн
ресурсами по биоразнообразию
Яцюк И.И.
Кафедра микологии и
фитоиммунологии
ХНУ им. В.Н. Каразина

2. Что такое GBIF
Global Biodiversity Information Facility (Глобальный центр
сбора информации о биоразнообразии)
Международная структура по сбору данных о
разнообразии с открытым доступом, создана в 2001 году
-Данные доступны всем желающим бесплатно,
-Позволяет организациям публиковать данные
стандартизованным образом,
-Обобщенные данные о биоразнообразии дают базу для
масштабных исследований и решений о сохранении
биоразнообразия и рациональном его использовании

3. Успешность GBIF
Доступны данные о находках более 1, 5 млн видов, собранные за 3
столетия, переданные сотнями организаций-участников
Виды представлены более чем 500 миллионами находок
GBIF как источник данных уже цитируется в более 1000 индексируемых
публикаций

4. Как устроен GBIF
Международная сеть участников, чаще всего стран или крупных
организаций. Каждая страна-участник обеспечивает создание и
работу своего «узла сбора данных» со своим персоналом.
“Узлы” осуществляют сбор, обработку и хранение данных из
институтов, заповедных территорий, музеев и т.д.
Работа узла, как правило, финансируется государством-участником.
Украины среди стран-участников нет.

5. Как получить доступ к данным?
Достаточно зарегистрироваться

6. Доступные данные в GBIF
1) Данные о находках - информация о находках видов (наблюдения в
природе, гербарные образцы, коллекции и т.д. )
2) Данные о видах – систематическое положение, ассоциированные виды
3) Наборы данных – чеклисты, коллекции отдельных гербариев и т.д.
Пример: коллекция Siphonaptera Zoologisches Forschungsinstitut und
Museum Alexander Koenig
4) Данные по странам – облегчает поиск и обработку данных в рамках
выбранной страны

7. Как работать с данными о
находках?
Необходимо оформить запрос с помощью существующих фильтров.
Некоторые из них:
Scientific name – научное название вида
Location – позволяет указать на карте полигон, данные для которого нас
интересуют
Country – выбор страны, в которой сделаны находки
Publishing country – страна, которая внесла данные в GBIF
Collector – автор находки
Record number – номер находки (гербарный номер образца)
Basis of record – тип сбора данных (наблюдение, образец и т.д.)
Dataset – выбираем набор данных
Year – выбираем находки за определенный год или диапазон лет
Month - месяц или диапазон месяцев
Collection code – код гербария (коллекции)
Type status – позволяет найти типовые образцы (изотипы, лектотипы,
неотипы и др.)

8. Как работать с данными о
находках?
После обработки запроса база выдаст таблицу с данными о находках.
Выбор полей таблицы можно настроить.

9. Как работать с данными о
находках?
Выбранные таким образом данные и метаданные к ним можно скачать.
Мы получаем zip-архив, в котором содержатся разделенные табуляцией .txt
файлы и .xml файлы.
В .txt файлах содержится информация о находках, способе их цитирования,
авторских правах. Открываются в Excel или OpenOfficeCalc, импортируются в
другие программы
.xml файлы содержат информацию о структуре набора данных.

10. Как работать с данными о
видах?
В строку поиска вводим научное название вида.
Справа выбираем наборы данных, которыми мы будем пользоваться.

11. Как работать с данными о
видах?
Открывается информация о виде (таксономическое положение, синонимы,
народное название, описание, изображение, ссылки и т.д.). Также открывается
настраиваемая карта находок с геопривязкой.

12. Как работать с наборами
данных?
Как и в предыдущем случае, показывается информация о наборе данных и карта
находок, содержащихся в нем. Также, во вкладках “stats” и “activity”, можно
посмотреть активность скачивания датасета и распределение находок по
таксонам и способу получения данных.

13. Примеры
Оценить распространение вешенки покрытой
(P.calyptratus) в Западной Европе с привязкой к
местности. Также нужно оценить встречаемость этого
вида в Германии с 2008 по 2014 годы.

14. Примеры
Есть ли данные по находкам грибов в Украине, предоставленные
другими странами? Сколько видов грибов для Украины содержится в
GBIF?

15. Как публиковать данные?
Система работает с тремя типами данных:
-данные о находках
-чеклисты
-метаданные
GBIF предлагает набор инструментов для сбора и передачи данных
Данные подаются и хранятся в виде стандартизованного формата –
Darwin Core Archive (DwC-A)

16. Как публиковать данные?
Внести данные через организацию-участник GBIF
Украина не является страной-участником GBIF, ни одна из организаций
в нашей стране не является публикующей организацией (publisher
institution).
Предлагается возможность подавать данные через ближайшие страны-
участники и их узлы.
Инструмент Nodes Portal Toolkit (NPT) Startup разработан для стран с
ограниченным веб-присутствием. Предназначен для разработки порталов
по биоразнообразию для отдельных стран или по отдельным тематикам.

17. Другие ресурсы:
Encyclopedia of Life – ресурс, ориентированный на хранение описаний,
фото, видео и звукозаписей. Позволяет загружать материалы из Flickr,
Youtube, Inaturalist и др. Используются карты из GBIF и Discoverlife.
Научные материалы подаются также в формате DWC-A
DiscoverLife – ресурс, также предоставляющий карты находок с
геоданными. Используются данные в основном американских проектов
по отдельным группам организмов.
- возможность компоновать персональные коллекции из имеющихся
находок
- создание сообществ
- возможность упрощенно создавать определительные ключи для
отдельных территорий