刘芝华：肿瘤实验方法介绍

1. 肿瘤实验方法介绍 刘 芝 华 中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所 liuzh@cicams.ac.cn 2011-9-14 武汉

3. 临床中的实际问题用基础的研究方法解决

5. 个体化治疗、靶向治疗

6. 生物治疗（基因治疗、细胞治疗等）

7. 肿瘤预后预测

9. 需要“因人而异、量体裁衣”似的个体化治疗；

10. 肿瘤细胞信号传导通路及其调节网络存在个体化差异；

11. 这种个体癌细胞分子水平的差异决定了治疗效果的差异，所以根据肿瘤个体分子表型的特征选择治疗方案可能是个体化治疗的一个方向；

19. 花费大，mRNA易降解，不易操作

22. 宿主在药物吸收转运代谢和DNA修复方面的遗传变异使对化疗药不敏感

23. 宿主遗传变异对化疗药副作用敏感性增高而使化疗失败宿主基因组 肿瘤基因组 影响抗癌药在肿 瘤的生物利用率 影响肿瘤细胞对抗癌药的敏感性 影响抗癌药的毒副作用 基因组变异对肿瘤化疗的影响

25. 5’非翻译区

26. 编码区

28. 常见变异

30. ABI 3730全基因双向测序分析

32. 全基因组药物遗传学研究（agnostic genome-wide approach） 基于连锁不平衡原理，同时选择几十万乃至上百万个SNP代表全基因组范围内的遗传变异，应用高通量基因分型技术进行检测， 全面分析遗传变异与表型(疗效 或毒副作用)的关系。

34. Affymetrix 5.0 SNP 芯片( ~50万个SNPs)检测

36. ■ 从960,703个SNP中找到近50个与食管癌关联(P<10-7)，选择29个在四个独立大样本的病例-对照队列中进行验证

37. Special Issue Aug 2005, Proteomics, “Exploring the Human Plasma Proteome” 28 papers—collaborative analyses and annotations, plus lab-specific analyses Publicly-accessible datasets: www.bioinformatics.med.umich.edu/hupo/ppp [UM]; www.ebi.ac.uk/pride [EBI]; www.peptideatlas.org/repository [ISB] Human Plasma Proteome Project, HPPP (2002-2005)

39. Shot-gun LC-MS/MS SDS-PAGE HDMS Trypsin Digest SDS-PAGE NanoLC-HDMS LC-MS/MS Normal pancreas secretome(246) Pancreatic cancer secretome(729) Pancreatic cancer specific secretome(570) Biomarker candidates Schemer: Secretome of Pancreatic Cancer Pancreatic cancer Normal pancreas Serum-free organ culture CM CM

40. Secretome Based Discovery of Pancreatic Cancer Markers Pancreatic cancer Normal pancreas Serum-free organ culture CM CM Shot-gun LC-MS/MS SDS-PAGE HDMS Trypsin Digest SDS-PAGE NanoLC-HDMS LC-MS/MS Normal pancreas secretome(246) Pancreatic cancer secretome(729) Pancreatic cancer specific secretome(570) Biomarker candidates

41. TNC AVDIPGLEAATPYR HDMS质谱鉴定的几个高可信度蛋白的二级质谱图

42. Cathepsin D preproprotein TMSEVGGSVEDLIAK HDMS质谱鉴定的几个高可信度蛋白的二级质谱图

43. 组学方法与传统方法 各有利弊，取长补短 视具体情况而定 传统研究方法仍大有作为

46. CEP 8 CEP10 癌细胞

47. cDNA array analysis 34,176 The meaning of R/G changed with different experiment design. Cancer Classification Chen-Kung Chou, 2003

48. 食管癌变与钙离子及细胞分化密切相关 转移相关基因 分化相关基因 分化相关基因 Luo et al. Oncogene. 2004, 23(6): 1291-1299．

49. I. Stefin A 在食管癌变中的作用

50. Stefin A 与迁移及侵袭的关系

51. 3个月后的肿瘤大小和重量 （*，P < 0.05；n.s.d.，无统计学差异）

53. Stefin A转染的裸鼠肿瘤易于坏死 N：坏死

54. Stefin A转染抑制了裸鼠体内肿瘤的血管生成 微血管密度分析 VIII因子的免疫组织化学分析 （*，P < 0.05； n.s.d.，无统计学差异） Li W et al. Clinical Cancer Research, 2005

56. S100A14与肿瘤转移 1.癌旁组织 2.高分化食管癌 3.中分化食管癌 4.低分化食管癌 200对标本的组织芯片及统计分析表明S100A14在食管癌中存在明显的表达下调，而且其表达与分化程度密切相关，在高、中、低分化组，其表达差异具有统计学意义(P<0.05)。Western Blot得到同样的结果。

57. S100A14在食管癌中的表达下调与淋巴结转移负相关

58. Phalloidin 染色(F-Actin)观察S100A14对细胞形态的影响 Non-sense siRNA MOCK A-12 A-13 S100A14表达降低后，细胞变圆（上图） S100A14表达升高后，细胞伸展（下图）

60. Migfilin, a Mig-2- and filamin-binding focal adhesion protein

66. Thank You !