Hubungan perdagangan antara Indonesia dan Jepang tetap kuat meskipun dihadang pandemi. Nilai perdagangan bilateral mencapai USD24,3 miliar pada 2020, dengan Jepang sebagai mitra dagang ketiga terbesar Indonesia. Ekspor Indonesia ke Jepang mencapai USD13,6 miliar pada 2020 dan USD7,9 miliar pada paruh pertama 2021.