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R MarkdownとBeamerでプレゼンテーション資料作成
- 1. R MarkdownとBeamerで プレゼンテーション資料作成 SappoRo.R #8 @ 北海学園大学 伊東宏樹 2018-02-24
- 2. 自己紹介 森林の研究をしています。 Twitter: @monotropastrum researchmap: https://researchmap.jp/read0208767/ GitHub: https://github.com/ito4303 この発表資料のファイル一式 https://github.com/ito4303/SappoRoR8
- 3. かかわっているプロジェクト “Bayesian Population Analysis using WinBUGS” の Stan 移植 https://github.com/stan-dev/example-models/tree/master/BPA 原本の日本語訳:『BUGS で学ぶ階層モデリング入門—個体群のベイ ズ解析』（飯島勇人・伊東宏樹・深谷肇一・正木隆訳, 共立出版） Stan マニュアルの日本語への翻訳プロジェクト https://github.com/stan-ja/stan-ja
- 4. ありがとうぞうさん SappoRo.R #6: R Markdown によるスライド生成（前田さん） http://kazutan.github.io/SappoRoR6/rmd_slide.html
- 7. その後 revealjs をためてしてみた。 なかなかよかった。 次は R Markdown + Beamer でやってみよう。
- 8. Beamer とは LATEX でプレゼンテーションファイル (PDF) を作 成するパッケージ
- 9. R Markdown + Beamer RStudio で，R Markdown を新規に作成するときに，Beamer で プレゼンテーションファイルを作成するオプションあり。
- 10. なぜ R Markdown + Beamer RStudioだけで，数式も，Rコードも， グラフもすべて完結。
- 11. 用意したもの RStudio TeXLive 2017 (MacTeX 2017)
- 12. 使用方法 ふつうに R Markdown RStudio で，下のようにかいていく。 # タイトル 内容 内容 :
- 13. yaml ヘッダの設定 title: | | R MarkdownとBeamerで | プレゼンテー ション資料作成 subtitle: "SappoRo.R #8 @ 北海学園大学" author: "伊東宏樹" date: "2018-02-24" output: beamer_presentation: theme: default # テーマ latex_engine: lualatex # lualatexを使用 keep_tex: true # texソースをのこす includes: in_header: header.tex # header.texをよみこむ fig_caption: false title 中の改行は ‘|’ をいれる。(https://stackoverflow.com/questions/ 28895109/how-can-i-force-a-line-break-in-rmarkdowns-title)
- 14. 欧文フォントの設定 in_header で指定したファイルで設定。 usefonttheme[onlymath]{serif} usepackage[T1]{fontenc} usepackage{textcomp} usepackage[scale=1.0]{tgheros} % Sans serif font usepackage[scaled]{beramono} % Monospace font fontenc パッケージを使用するようにした。 luatex 使用の場合，デフォルトの beamer テンプレートで fontspec パッ ケージが呼ばれるが，そうすると upquote パッケージが有効にならず， コードチャンク中の二重引用符が「"」ではなく「”」になってしまうよ うだ。
- 16. luatexja の設定 luatexja の公式ドキュメントがくわしい（当然）。 コマンドラインから texdoc luatexja または http://mirrors.ctan.org/macros/luatex/generic/luatexja/doc/ luatexja-ja.pdf
- 17. fragile 関係のエラー fancyvrb パッケージの Verbatim 環境や，listings パッケージの lstlisting 環境をつかうと， ! Illegal parameter number in definition of beamer@doifinframe. ! Missing endcsname inserted. といったエラーが出る場合がある。 解決法: タイトルのあとに{.fragile}をつける。 # タイトル{.fragile} 内容 内容
- 18. 数式 LaTeX なので，数式は問題なし。RStudio ではプレビューも表示 される。 [ Pr(x mid mu, sigma) = frac{1}{sqrt{2pi}sigma} expleft(-frac{(x - mu)^2}{2sigma^2}right) ] Pr(x | µ, σ) = 1 √ 2πσ exp − (x − µ)2 2σ2
- 19. R でグラフ R なので，グラフも。 しかし，デフォルトでは はみでる。 p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, colour = Species)) + geom_point() print(p) 3.0 3.5 4.0 4.5 Sepal.Width Species setosa versicolor virginica
- 20. チャンクでのオプション指定 ドキュメントをみる。 knitr > Chunk options and package options (Yihui Xie さん) https://yihui.name/knitr/options/#plots
- 21. サイズ調整 チャンクオプションで fig.width=4,fig.height=2.5 と out.height="5cm"を指定した。 print(p) 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5 6 7 8 Sepal.Length Sepal.Width Species setosa versicolor virginica
- 22. グラフの日本語フォント チャンクオプションで，dev="cairo_pdf"を指定すると，日本語 フォントの 表示ができる。 spc <- c("ヒオウギアヤメ", "イリス・ウェルシコロル", "イリス・ヴァージニカ") p + labs(x = "萼の長さ (cm)", y = "萼の幅 (cm)") + scale_colour_discrete(name = "種", labels = spc) + theme_grey(base_family = "NotoSansCJKjp-Regular") 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5 6 7 8 萼の長さ(cm) 萼の幅(cm) 種 ヒオウギアヤメ イリス・ウェルシコロル イリス・ヴァージニカ