Teknik pewarnaan bakteri digunakan untuk menentukan sifat dan morfologi bakteri. Terdapat beberapa teknik seperti pewarnaan positif sederhana, Gram, kapsul, spora, dan BTA serta BTTA yang melibatkan penggunaan zat pewarna dan pemberian perlakuan seperti pemanasan. Hasil amatan bakteri di bawah mikroskop dapat menunjukkan struktur sel dan sifat bakteri.