Modul ini berisi beberapa objektif yang akan dianalisis

1. i
PENUNTUN PRAKTIKUM
ANALISIS JAMINAN PRODUK
HALAL
PENYUSUN :
DARTINI, M.Si
MELYSA PUTRI, M. Si
PROGRAM STUDI ANALISIS KIMIA
POLITEKNIK ATI PADANG
PADANG
2024

3. i
TATA TERTIB PRAKTIKUM DI LABORATORIUM
1. Patuhi aturan keselamatan laboratorium.
2. Keterlambatan hanya 10 menit untuk praktikum siang dan 15 menit untuk
praktikum pagi.
3. Persentase penilaian praktikum adalah
a. 50 % nilai praktikum
b. 30 % nilai ujian akhir
c. 20 % nilai laporan dan response
4. Tidak dibenarkan keluar masuk laboratorium selama praktikum berlangsung.
5. Tidak dibenarkan bermain-main dan meribut selama praktikum berlangsung.
6. Tidak dibenarkan menggunakan handpone selama praktikum berlangsung.
7. Bagi praktikan yang berhalangan hadir harus disertai dengan surat izin.
8. Bagi praktikan yang berhalangan hadir karena sakit harus disertai dengan surat
keterangan dokter.
9. Praktikan harus melapor kepada analis laboratorium untuk penggantian
praktikum.
10. Bagi yang tidak mengikuti praktikum 3x berturut-turut (dengan alasan yang tidak
jelas) maka tidak diizinkan lagi mengikuti praktikum dan nilainya langsung E.
11. Bagi yang melanggar tata tertib praktikum maka tidak diizinkan mengikuti
praktikum.

4. ii
ATURAN KESELAMATAN DI LABORATORIUM
Laboratorium bisa merupakan suatu tempat berbahaya. Tetapi dengan perhatian yang
seksama dan teknik-teknik tertentu, laboratorium tidak lebih dari suatu ruangan kuliah
biasa. Kebanyakan tindakan keselamatan hanyalah berupa praktek akal sehat belaka.
Berikut adalah ketentuan-ketentuan yang harus diperhatikan sebelum melakukan
praktikum di laboratorium.
1. Pakai kacamata pengaman selama bekerja di laboratorium.
2. Selalu memakai sepatu dan jas laboratorium. Pakai sepatu yang tidak tembus
cairan. Sandal, sepatu canvas dan sepatu tinggi tidak dibenarkan.
3. Dilarang makan, minum dan merokok di laboratorium.
4. Harus tahu dimana dan bagaimana menggunakan peralatan pertolongan pertama
dan pemadam api.
5. Anggap semua bahan kimia berbahaya, kecuali yang sudah diberitahu.
6. Bila kulit atau mata kena bahan kimia cuci segera dengan air yang banyak,
kemudian laporkan ke asisten/dosen.
7. Jangan mencicipi, membaui secara langsung atau menyentuh bahan kimia tanpa
ada petunjuk khusus. Bila diperlukan mencium sesuatu, kibaskan sedikit uap
dengan telapak tangan ke hidung.
8. Reaksi kimia yang berbahaya atau menimbulkan bau tidak sedap harus dilakukan
dalam lemari asam.
9. Jangan mengarahkan mulut tabung reaksi yang sedang dipanaskan ke orang lain
atau anda sendiri.
10. Bila mengencerkan asam, asam yang harus dituangkan ke dalam air, bukan air ke
dalam asam karena panas pencampuran dapat mendidihkan air dan asam
memercik keluar.
11. Bila memasukkan tabung gelas atau termometer ke dalam tutup karet basahi dulu
tabung dan lobang karet dengan air atau gliserol. Pegang kaca dengan kain handuk
sedekat mungkin ke arah karet dan putar sedikit demi sedikit sambil mendorong
masuk.
12. Bersihkan pecahan kaca dengan segera.
13. Kebanyakan bahan kimia seperti alkohol, aseton dan eter sangat mudah terbakar.
Jangan digunakan dekat api.
14. Jangan sekali-kali melakukan percobaan yang tidak disuruh.
15. Perhatikan aturan keselamatan yang disebutkan pada Tugas Sebelum Praktikum
disetiap percobaan.
16. Laporkan pada asisten dengan segera bila terjadi kecelakaan.

5. iii

6. iv

7. v

8. 1
ANALISIS KANDUNGAN PROTEIN BABI DALAM KUAS KUE
TUJUAN PRAKTIKUM
1. Mengetahui kandungan protein pada sampel kuas roti.
2. Mengetahui kuas roti yang mengandung bulu babi.
WAKTU PELAKSANAAN PRAKTIKUM
2 x pertemuan ( 2 x 120 menit x 2 sks)
DASAR TEORI
Kuas gambar merupakan alat yang paling sering digunakan dalam proses
produksi makanan, khususnya digunakan untuk mengoleskan penyedap rasa sebagai
topping roti. Berbagai jenis material dapat digunakan untuk membuat kuas, salah
satunya adalah bulu babi. Berdasarkan aspek kehalalan, bahan kuas roti yang berasal
dari bulu babi adalah haram sekaligus najis, baik dalam bentuk kering ataupun basah.
Bulu mengandung keratin. Keratin merupakan protein yang terdapat dalam
bulu, sutera alam, rambut, kulit, kuku, dan sebagainya. Struktur keratin hampir
seluruhnya terdiri atas rantai polipeptida yang berbentuk alfa heliks. Untuk menguji
keberadaan protein babi dalam kuas tersebut dapat digunakan metode Porcine
Detection Kit. Porcine Detection Kit adalah teknik deteksi protein babi dengan teknologi
immunocromatography assay. Teknik ini dikenal lebih mudah dan praktis untuk
mendeteksi keberadaan cemaran babi dalam waktu singkat. Uji ninhidrin digunakan
untuk analisis kualitatif protein hasil isolasi dari kuas roti.

9. 2
METODOLOGI
ALAT
BAHAN
No. Bahan Spesifikasi Kebutuhan
1 Sodium Dodecyl Sulfate pH 7,8 2 %/Merck 25 mL
2 Asam sulfat, H2SO4 10 %/Merck
100 mL
3 Ammonium bikarbonat, NH4HCO3 50 %/Merck 50 mL
4 Ninhidrin 5 %/Merck 2 mL
5 Etanol, C2H5OH 60 %/Merck 250 mL
6 Phosphate Buffer Saline pH 7,8 25 mL
7 Tembaga sulfat pentahidrat, CuSO4. 5H2O Merck 2 mL
8 Aquabidest 300 mL
9 Es batu
10 Kuas 0,2 gram
PROSEDUR PRAKTIKUM
I. ISOLASI PROTEIN
1. Potong masing-masing kuas menjadi bagian kecil dan tempatkan pada wadah bersih
No. Alat Spesifikasi
Kebutuhan
(buah)
1 Gelas piala 250 mL 1
2 Pipet takar 10 mL 1
3 Gelas ukur 100 mL 1
4 Lumpang 1
5 Alu 1
6 Erlenmeyer 250 mL 2
7 Waterbath 1
8 Pipet tetes 1
9 Tabung reaksi 20 mL 1
10 Neraca analitik 1
11 Kaca Arloji 1

10. 3
yang telah diberi label.
2. Timbang sampel sebanyak 0,2 gram, kemudian masukkan ke dalam gelas piala.
3. Tambahkan sejumlah 25 mL SDS 2 % untuk melunakkan sampel. Diamkan selama 30
menit.
4. Hancurkan sampel menggunakan lumpang dan alu, kemudian masukkan ke dalam
Erlenmeyer.
5. Tambahkan 25 mL PBS pH 7,8 dan inkubasi selama 18 jam pada temperatur 65oC.
6. Setelah proses inkubasi, sampel dihomogenkan dengan cara diaduk selama 1 jam
pada temperatur ruang.
7. Pisahkan supernatant dengan pellet. Supernatant yang diperoleh, dimasukkan ke
dalam erlenmeyer 250 mL.
8. Tambahkan asam sulfat 10 % sejumlah supernatant yang diperoleh untuk proses
digestion protein. Sampel dipanaskan dalam waterbath pada temperature 40oC
selama 60 menit sambil dikocok setiap 5 menit.
9. Sampel ditambahkan 50 mL amonium bikarbonat 50% pada suhu rendah dengan
bantuan es batu sambil dikocok hingga busanya hilang.
10. Untuk uji ninhydrin, tambahkan 5 tetes ninhydrin 5% ke dalam 5 mL sampel. Uji
positif ditandai dengan terbentuknya cinicin ungu.
11. Untuk uji protein babi dideteksi dengan menggunakan Porcine detection kit. Garis
dua yang terbentuk menunjukkan bahwa kuas mengandung protein babi.
TUGAS SEBELUM PRAKTIKUM
1. Jelaskan apa yang dimasukkan dengan protein!
2. Jelaskan klasifikasi protein berdasarkan fungsinya!
3. Jelaskan fungsi buffer dalam isolasi protein!
4. Kenapa pada saat penambahan ammonium karbonat harus dilakukan pada suhu
rendah (dengan bantuan es batu)?
DAFTAR PUSTAKA
Admantin, Christina Yuli. 2013. Identifikasi Pemalsuan Produk Bakso Sapi Dengan Daging
Babi dan Daging Ayamn Menggunakan Porcine Detection Kit dan Multiplex
Polymerase Chain Reaction. Thesis, Universitas Gadjah Mada.
Rafi, Muhamad, et all. 2016. Potensi Spektroskopi FTIR-ATR dan Kemometrik Untuk
Membedakan Rambut Babi, kambing, dan Sapi. Research Report, Institut Pertanian
Bogor.
Sudarmaji. 1996. Teknik Analisa Biokimia Edisi Pertama. Libery, Yogyakarta

11. 4
ANALISIS CEMARAN GELATIN BABI PADA PERMEN JELLY DENGAN METODE
SDS-PAGE
TUJUAN
Untuk mengetahui adanya cemaran gelatin babi dalam permen jelly.
WAKTU PELAKSANAAN PRAKTIKUM
2 x pertemuan ( 2 x 120 menit x 2 sks)
DASAR TEORI
Gelatin merupakan polipeptida yang diperoleh dari hidrolisis parsial kolagen yang
diekstraksi dari jaringan ikat hewan. Gelatin memiliki sifat yang unik yakni dapat
membentuk gel sehingga digunakan secara luas dalam makanan, industri kosmetik dan
farmasi. Dalam industri makanan, gelatin dapat ditemukan dalam produk seperti jelly,
produk susu seperti yoghurt, es krim, ataupun marshmallow. Industri farmasi menggunakan
gelatin sebagai kapsul (cangkang obat), dalam bentuk spons untuk mengobati luka, dan
sebagai koloid untuk menambah plasma pada luka yang kehilangan banyak darah.
Menurut data perusahaan gelatin multinasional, aplikasi penggunaan gelatin dalam
industri pangan sebesar 60% dan non pangan 40%, dikontribusikan oleh gelatin yang
bersumber dari babi sebanyak 40% dan sapi (termasuk tulang dan kulit) sebesar 60%.
Identifikasi dan karakterisasi perbedaan sumber gelatin dapat dilakukan dengan
menggunakan metode SDS-PAGE. Metode SDS-PAGE merupakan salah satu metode yang
mampu untuk melihat perbedaan gelatin sapi dengan gelatin babi dengan teknik pemisahan
komponen atau molekul berdasarkan tingkat migrasinya, selain SDS-PAGE terdapat juga
beberapa metode yang mampu menganalisi gelatin babi dan gelatin sapi seperti FTIR,
HPLC, LC-MS, ELISA. Kelebihan yang dimiliki SDS-PAGE dalam menganalisis profil
protein yaitu metode ini dapat memberikan informasi tentang berat molekul protein,
struktur subunit protein dan tingkat kemurnian protein, metode ini juga relatif mudah
digunakan dan reprodusible.

12. 5
METODOLOGI
ALAT
No. Alat Spesifikasi
Kebutuhan
(buah)
1 Kulkas 1
2 Pipet tetes 2
3 Batang pengaduk 1
4 Kaca arloji 1
5 Gelas piala 250 mL 2
6 Gelas ukur 100 mL 1
7 Waterbath shaker 1
8 Macrosentrifuge 1
9 Tabung Reaksi 5
10 Neraca analitik 1
11 Rak tabung reaksi 1
12 Cawan penguap 1
13 Spatula 1
14 Oven 1
15 Tabung eppendorf 2 mL 10
16 Pipet mikro 10-100 L 2
17 Tip pipet 100 L 5
18 Tatakan tabung eppendorf 6
19 Pipet mikro 1000 L 2
20 Tip pipet 1000 L 5
21 Seperangkat alat elektroforesis
protein
3
22 Pipet mikro 10 L 2
23 Tip pipet 10 L 15
24 Vortex 1
BAHAN
No. Bahan Spesifikasi Kebutuhan
1 Gelatin sapi
2 Gelatin babi
3 Permen jelly
4 Akrilamide 29,2 g
5 N’N’ –bis-methylene-acrylamide 0,8 mL
6 Kertas saring 1

13. 6
7 Sodium Dodecyl Sulfate 10 g
8 Asam Klorida 6 N 50 mL
9 Basa Tris 25 g
10 Stacking buffer for PAGE 5 mL
11 Gliserol 2,5 mL
12 Bromphenol blue 0,5% w/v 0,2 mL
13 Ammonium persulfate for
electroforesis
10 % 10 g
14 Aquadest 500 mL
15 Aseton 50 mL
16 Aluminium foil
17 Buffer asetat 0,1 N, pH 4,5 5 mL
18 Enzim pepsin 3 g
19 Natrium Hidroksida 0,01 M 200 L
21 Marker protein (gelatin murni) 10 L
22 Comassie blue R-250 0,05 % w/v 0,05 mL
23 Metanol 15 % v/v 15 mL
24 Asam asetat 5 % v/v 5 mL
25 Metanol 40 % v/v 40 mL
26 Asam asetat 7,5 % v/v 7,5 mL
27 Air deionisasi 420 mL
PROSEDUR PRAKTIKUM
A. PEMBUATAN REAGEN
1. Larutan Stok Acrylamide/ Bis (30%%T;2,67%C)
29,2 g akrilamide dilarutkan dalam 100 ml air deionisasi, kemudian ditambahkan 0,8
ml N’N’ –bis-methylene-acrylamide ke dalam larutan aduk hingga larut dengan
stirer, kemudian larutan disaring dan disimpan pada suhu 4°C ditempat yang
terhindar dari cahaya.
2. SDS 10% (w/v)
10 g SDS dilaritkan dalam 90 ml air deionisasi diaduk dengan hati- hati kemudia pH
disesuaikan hingga 8,8 dengan penambahan 6 N HCL. Kemudian air deionisasi
ditambahkan pada larutan hingga 100 ml, larutan disimpan pada suhu 4°C.
3. Resolving Gel (1,5 M Tris-HCl;pH 8,8)

14. 7
18, g Basa Tris dilarutkan dalam 60 ml air deionisasi diaduk dengan hati-hati
kemudian pH disesuaikan hingga 8,8 dengan penambahan 6 N HCl. Kemudian
ditambahkan air deionisasi hingga 100 ml larutan disimpan pada suhu ruang.
4. Sample Buffer
6 g basa tris dilarutkan dalam 60 ml air deionisasi diaduk dengan hati-hati kemudian
pH disesuaikan hingga 6,8 dengan penambahan 6 N HCl. Kemudian ditambahkan air
deionisasi hingga 100 ml. Larutan disimpan pada suhu 4°C.
5. Running Buffer
1,25 ml stacking buffer; 2,5 ml gliserol, 2 ml 10% SDS; dan 0,2 ml 0,5% (w/v)
bromphenol blue ditambahkan dalam 3,5 ml air deionisasi. Air deionisasi
ditambahkan hingga volume ditambahkan hingga volume total 9,5 ml, larutan
disimpan pada suhu ruang.
6. Penyiapan Gel Elektroforesis
Gel elektroforesis dibuat dengan konsentrasi stacking gel 4% dan resolving gel 12%
dengan formulasi seperti tabel.
% Gel Air Deionisasi
(mL)
Akrilamid/bis
(mL)
Gel Buffer *
(mL)
10% w/v SDS
(mL)
4 6,1 1,3 2,5 0,1
12 3,4 4 2,5 0,1
*Resolving Gel Buffer – 1,5M tris-HCL; pH 8,8
*Stacking Gel Buffer – 0,5 M tris-HCL; pH6,6
B. EKSTRAKSI GELATIN
Sebanyak 10 g masing-masing sampel ditimbang dan ditambahkan 50 mL aquadest
dalam tabung reaksi kemudian dipanaskan dalam waterbath pada suhu 60°C.
Setelah larut kemudian sampel disentrifuge pada 6000 rpm selama 30 menit.
Supernatant yang sudah jernih dipipet dan dipindahkan pada tabung reaksi baru dan
ditambahkan aseton dengan perbandingan 1:4 (v: v), gelatin praktis tidak larut
dalam aseton, supernatan akan menggumpal dengan penambahan aseton.
Kemudian sampel yang telah ditambahkan aseton disentrifuge kembali pada 6000
rpm selama 30 menit. Gumpalan gelatin yang terbentuk diambil dan disimpan dalam
cawan penguap dengan label dan ditutup alumunium foil, kemudian dioven pada
suhu 50 °C selama 1 jam. Endapan kering kemudian ditimbang dan disimpan dalam
suhu ruang.

15. 8
C. HIDROLISIS GELATIN
Gelatin yang didapat dari masing- masing hasil ekstraksi ditimbang sebanyak 100 mg
secara akurat dan dimasukkan ke dalam centrifuge tube 50 mL dan ditambahkan 5
mL buffer asetat 0,1 N pH 4,5 gelatin dilarutkan. Kemudian dibuat larutan pepsin, 3
mg enzim pepsin ditimbang dan dilarutkan dalam 1 mL buffer dalam tabung reaksi.
Sebanyak 1 mL masing-masing gelatin sampel yang telah ditambahkan buffer asetat
dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 2 mL, kemudian masing-masing tabung
ditambahkan 20 μL larutan pepsin. Sebagai kontrol digunakan larutan gelatin
standar tanpa penambahan enzim. Selanjutnya masing-masing tube diinkubasi pada
suhu 60oC selama 1 jam. Setelah diinkubasi kemudian gelatin sampel didinginkan
pada suhu ruang dan ditambahkan NaOH 0,01 M sebanyak 200 μL pada masing-
masing sampel. Sampel siap untuk dielektroforesis.
D. ELEKTROFORESIS
Running buffer dimasukkan ke dalam wadah elektroforesis. Pada saat penambahan
running buffer dilakukan secara hati-hati untuk mencegah terbentuknya gelembung
udara. Running Buffer ditambahkan sampai melebihi batas atas sumuran. Larutan
sampel yang telah dihidrolisis masing-masing dipipet menggunakan mikropipet f10
sebanyak 10 μL dan dimasukkan ke dalam tabung effendorf. Ke dalam masing-
masing tabung ditambahkan buffer sample sebanyak 10 μL, tabung kemudian
dipanaskan dalam waterbath pada suhu 60°C selama 5 menit, kemudian dipipet
menggunakan mikropipet f10 sebanyak 10 μL dan dimasukkan ke dalam sumuran gel
elektroforesis.
Urutan kolom gel eletroforesis adalah sebagai berikut kolom 1 marker protein, kolom
2 standar gelatin sapi, kolom 3 standar gelatin babi, kolom 4 permen jelly gelatin
sapi, kolom 5 permen jelly gelatin babi, dan kolom 6 standar gelatin sapi tanpa
hidrolisis enzim.
Peralatan elektroforesis disambungkan pada power pack. Anoda (kutub positif)
dihubungkan dengan reservoir atas dan katoda (kutub negatif) dihubungkan dengan
reservoir bawah, elektroforesis pada 200 volt, 15mA. Running dilakukan sampai
batas gel, 1 cm dari batas bawah resolving gel. Proses elektroforesis berlangsung
selama 60 menit.
Setelah proses elektroforesis selesai gel diwarnai dengan 0,05% (w/v) comassie blue
R-250 dalam methanol 15% (v/v) dan asam asetat 5% (v/v) pewarnaan dilakukan
diatas shaker selama 1 jam, gel kemudian diangkat dan direndam dalam campuran
methanol 40%, asam asetat 7,5% dan aquadest 52% di dalam wadah. Proses
perendaman dilakukan diatas shaker selama 10 jam. Gel kemudian diangkat dan
dilakukan identifikasi pita-pita yang terbentuk

16. 9
E. ANALISIS PROFIL GELATIN HASIL SDS PAGE
Gelatin yang telah dielektroforesis kemudian di scan. Pita-pita yang terbentuk pada gel
elektroforesis diamati dan dibandingkan dengan tandar marker protein standar dari
BioRad. Perhitungan dilakukan dengan mengukur jarak tracking dari stacking gel
sampai separating gel (a) dan mengukur jarak tracking dari stacking gel ke masing-
masing pita protein yang terbentuk (b), kemudian ditentukkan nilai retardation factor
(Rf) dengan cara membagi jarak masing-masing pita dengan jarak tracking total (b/a)
𝑅𝑓 =
𝐽𝑎𝑟𝑎𝑘 𝑝𝑒𝑟𝑔𝑒𝑟𝑎𝑘𝑎𝑛 𝑝𝑖𝑡𝑎 𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑖𝑛 𝑑𝑎𝑟𝑖 𝑡𝑒𝑚𝑝𝑎𝑡 𝑎𝑤𝑎𝑙
𝐽𝑎𝑟𝑎𝑘 𝑝𝑒𝑟𝑔𝑒𝑟𝑎𝑘𝑎𝑛 𝑤𝑎𝑟𝑛𝑎 𝑑𝑎𝑟𝑖 𝑡𝑒𝑚𝑝𝑎𝑡 𝑎𝑤𝑎𝑙
selanjutnya dihitung nilai log BM dari masing-masing BM pita marker protein. BM
pita sampel dan dimulasi dihotung menggunakan persamaan linear {Y = a + bX}
dimana nila Rf sebagai sumbu X dan log BM sebagai sumbu Y. Kemudian nilai Rf
dimasukkan dalam persamaan regresi linear dengan rumus y = a + bx
TUGAS SEBELUM PRAKTIKUM
1. Jelaskan prinsip kerja elektroforesis dengan metode SDS-PAGE!
2. Jelaskan fungsi dari masing-masing reagen yang akan dibuat!
3. Apa yang dimaksud dengan denaturasi protein?
DAFTAR PUSTAKA
Balti, Rafik., J. Mourad, A. Sila, N. Souissi, N. Nedjar-Arroume, D. Guillochon, M. Nasri.
2010. Extraction and Functional Properties of Gelatin From The Skin of Cuttlefish
(Sepia Officinalis) using Smooth Hound Crude Acid Protease-Aided Process. Article in
Press Food Hydrocolloids xxx.
Garfin, David E. 2003. Gel Electrophoresis of Protein. Oxford University Press. Oxford UK.
LPPOM MUI. 2010. Gelatin Halal, Gelatin Haram. Download dari
www.halalguide.info/2010/02/02/gelatin-halal-gelatin-haram/#more-766. Diakses 29
Maret 2014.

17. 10
DETEKSI DNA BABI PADA PRODUK MIE INSTANT IMPOR DENGAN METODE
REAL TIME-POLYMERASE CHAIN REACTION
TUJUAN
Untuk mengetahui apakah terdapat DNA babi pada mie instan import menggunakan RT-
PCR.
WAKTU PELAKSANAAN PRAKTIKUM
2 x pertemuan ( 2 x 120 menit x 2 sks)
DASAR TEORI
Mie instan merupakan produk makanan yang sering dikonsumsi oleh masyarakat
Indonesia. Menurut data World Instant Noodles Asosiation, konsumsi mie instan di tanah
air pada 2021 mencapai 13,27 miliar bungkus. Angka ini meningkat 0,95% dibanding
tahun sebelumnya pada tahun 2020 dengan jumlah konsumsi 12,64 miliar bungkus.
Terdapat mie instan import yang beredar di pasaran yang tidak mencantumkan label halal.
Kontaminasi babi dalam produk makanan menjadi permasalahan bagi umat islam yang
dilarang mengkonsumsi babi karena merupakan bahan non-halal.
Lemak babi pada makanan berfungsi sebagai pengantar panas, menambah cita
rasa, mengempukan dan memperbaiki tekstur makanan. Salah satu jenis metode yang
digunakan untuk mendeteksi DNA babi yaitu menggunakan metode Real Time
Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). RT-PCR merupakan metode analisis berbasis
DNA yang handal, efektif, dan terpercaya. Metode ini memiliki kelebihan dapat
mengidentifikasi dengan sampel yang sedikit, tidak harus melakukan visualisasi, resiko
kontaminasi yang kecil, dan dapat melakukan pemeriksaan sampel dengan jumlah banyak
sekaligus.

18. 11
METODOLOGI
ALAT
No. Bahan Spesifikasi Kebutuhan
1 Spektrofotometer Nano DropTM
2000/2000c (Thermo)
1
2 RT-PCR detection (Bio-Rad
Cfx96)
1
3 Lumpang dan alu 1
4 Microcentrifuge tube 1,5 mL 3
5 Microcentrifuge 1
6 Vortex 1
7 Pipet mikro 10-100 L 2
8 Tip pipet 100 L 3
9 Tatakan tabung eppendorf 6
10 Pipet mikro 1000 L 2
11 Tip pipet 1000 L 5
12 Pipet mikro 10 L 2
13 Tip pipet 10 L 20
14 Microcentrifuge spin down 1
15 Eppendorf 2 mL 5
16 Gelas piala 250 mL 2
17 Gelas ukur 50 mL 1
18 Neraca analitik 1

19. 12
BAHAN
No. Bahan Spesifikasi Kebutuhan
1 Mie instant import 200 mg
2 Daging babi (control positif)
3 Thermo Scientific GeneJET
Genomic DNA Purification
kit
4 Etanol absolut
5 Aquabidest
6 Sensifast SYBR No-Rox
7 Primer cytochrome b
(Forward dan Reverse)
PROSEDUR PRAKTIKUM
A. ISOLASI DNA
Ditimbang sebanyak 200 mg sampel mie kemudian gerus di dalam lumpang setelah itu
masukkan ke dalam 1,5 mL microcentrifuge tube, tambahkan digestion solution 180 μl
dan proteinase K 20 μl vortex. Template DNA hasil isolasi dicampurkan dengan komponen
PCR dalam mastermix yang berisi SYBR Green, primer forward, primer reverse dan DNA
template. Mastermix dibuat dengan volume total 10 μL yang terdiri dari 4 μL DNA
template, 0,5 μL primer reverse, 0,5 μL primer forward dan 5 μL SYBR® No-Rox (enzim Taq
DNA Polymerase, SYBR Green, dNTP dan 6,4 mM MgCl2). Kemudian campurkan kedalam
tube lalu di spindown. Kemudian tabung ditempatkan ke dalam mesin RT-PCR dan atur
program RT-PCR, denaturasi awal pada suhu 95oC selama 2 menit, diikuti 40 siklus terdiri
atas denaturasi 95oC selama 5 detik, annealing 60oC selama 15 detik, dan extention 65oC
selama 5 detik.
B. PENGUJIAN KUANTITAS DAN KUALITAS DNA
Pengecekan kuantitas dan kemurnian DNA sampel dilakukan dengan Spektrofotometer
nano drop. Kemurnian DNA dapat terlihat dari perbandingan absorbansi A260/A280.
C. AMPLIFIKASI DNA DENGAN RT-PCR
Amplifikasi DNA menggunakan pewarnaan SYBR Green dilakukan dengan cara sebagai
berikut. SYBR green mastermix dibuat dengan volume total 10 μl yang terdiri dari 1 μl DNA
yang diuji, 3 μl Nuclease-free water, 0,5 μl primer forward 10 μM, 0,5 μL primer reverse 10
μM, dan 5 μl SensiFast SYBR No-Rox. Sebanyak 1 μl DNA yang akan diuji dan 10 μl SYBR
Green Mastermix dimasukkan ke dalam multiwell. Homogenkan selanjutnya, RT-PCR

20. 13
dinyalakan, dilakukan pengaturan program, dan alat dijalankan sesuai dengan tabel
berikut :
Tabel Pengaturan Program PCR Pada Instrumen RT-PCR
No. Tahap PCR Suhu (oC) Durasi Siklus
1 Denaturasi awal 95 2 menit 40
2 Denaturasi lanjutan 95 5 detik
3 Annealing 60 15 detik
4 Extention 72 30 detik
5 Melting curve analysisi 95 5 detik
65 5 detik
D. ANALISIS DATA
Analisis kurva amplifikasi dilihat melalui kenaikan kurva dan nilai Ct (cycle threshold) pada
kurva amplifikasi. Spesifisitas hasil amplifikasi dapat dilihat melalui nilai Tm pada melt
curve dengan perbandingan perbedaan nilai Tm tidak lebih dari 2oC.
TUGAS SEBELUM PRAKTIKUM
1. Sebutkan fungsi dari masing-masing zat yang terdapat dalam master mix isolasi DNA
dan PCR!
2. Jelaskan prinsip RT-PCR!
3. Jelaskan tahapan yanag terjadi dalam proses RT-PCR!
DAFTAR PUSTAKA
Irlanda, P. 2020. Pengaruh Konsentrasi n- Heksana & Waktu Maserasi Terhadap Sifat
Fisikokimia Lemak Babi Yang Terdapat Pada Bolu Gulung . (Skripsi). Universitas
Muhammadiyah Sumatra Utara, Medan.
Rahmania, Y.L., Widayat., Agustini, T.W., Suzery,M., Albaari, A.N. 2021. Pengukuran
Kandungan Dna Babi Dalam Berbagai Produk Pangan Dengan Metode Real Time-
Polymerase Chain Reaction (RT- PCR). Indonesia Journal of Halal, 3(2), pp.129-133.
Ryandita, I. 2018. Deteksi Kontaminasi Babi dalam Produk Mie Instan Import Menggunakan
Spektrokopi Fourier Transform Infrared (FTIR) dan Kemometrik. (Skripsi). Purwokerto:
Universitas Muhammadiyah Purwokerto.
Zilhadia, Zilhadia, Afifah Nurul Izzah, & Ofa Suzanti Betha. 2017. Perbandingan Metode
SYBR Green Dan Hydrolysis Probe Dalam Analisis DNA Gelatin Sapi Dan Gelatin Babi
Menggunakan RT-PCR. Jurnal Sains Farmasi & Klinis, 4(1),16.

21. 14
IDENTIFIKASI SPESIES BABI PADA PRODUK PANGAN ASAL HEWAN DENGAN
METODE PCR
TUJUAN
Untuk memastikan bahwa produk olahan yang beredar aman, sehat, utuh, dan halal.
WAKTU PELAKSANAAN PRAKTIKUM
2 x pertemuan ( 2 x 120 menit x 2 sks)
DASAR TEORI
Produk asal hewan merupakan sumber makanan yang tinggi protein dan banyak diolah
dalam berbagai bentuk produk olahan, seperti bakso, sosis, nugget, kerupuk kulit, dan
lain-lain. Beberapa pelaku produsen dan penjual produk olahan nakal sering melakukan
pemalsuan spesies, dengan mencampur daging yang halal dengan yang tidak halal (misal:
babi) dan juga daging lain yang tidak layak konsumsi (tikus, biawak, dan lain-lain) demi
keuntungan ekonomi. Maraknya pemburuan babi juga menyebabkan banyaknya
penjualan daging babi secara ilegal sehingga tidak terpantau distribusinya.
Meningkatnya jumlah penduduk diiringi oleh perkembangan pesat usaha di
bidang pangan. Pemerintah kesulitan di dalam penjaminan kehalalan semua produk
pangan yang beredar. Hal ini menyebabkan masih ditemukannya kasus pengoplosan
daging babi dengan daging sapi, daging ayam dan produk halal lainnya. Kandungan
daging babi pada produk olahan seperti bakso, nugget, burger,sosis menjadi sulit
diamati, karena tidak dapat dibedakan secara makroskopis. Oleh karena itu, terdapat
beberapa metode pengujian yang dapat dilakukan untuk menguji adanya kontaminasi
kandungan babi pada produk, antara lain dengan identifikasi protein dengan teknik
elektroforesis, liquid chromatography dan immunoassays.
Namun metode ini memiliki kelemahan, karena protein akan kehilangan aktivitas
biologinya setelah hewan mati, ditambah sifat protein yang labil dalam kondisi panas.
metode polymerase chain reaction (PCR) adalah pilihan teknik yang digunakan untuk
identifikasi jenis ternak tertentu. Metodologi berbasis PCR merupakan teknik yang
berhasil dalam pengidentifikasian kontaminasi babi.
METODOLOGI
ALAT
No. Alat Spesifikasi
Kebutuhan
(buah)
1 Laminar Air Flow 1
2 Bisafety cabinet 1

22. 15
3 Thermocycler Bio-Rad 1
4 Gel doc Bio-Rad 1
5 Seperangkat alat elektroforesis
DNA
1
6 Microcentrifuge tube 2 mL 20
7 Microcentrifuge 1
8 Vortex 1
9 Pipet mikro 10-100 L 3
10 Tip pipet 100 L 10
11 Tatakan tabung eppendorf 1
12 Pipet mikro 1000 L 3
13 Tip pipet 1000 L 10
14 Pipet mikro 10 L 2
15 Tip pipet 10 L 20
16 Microcentrifuge spin down 1
17 Eppendorf 2 mL 5
18 Gelas piala 250 mL 2
19 Gelas ukur 50 mL 1
20 Neraca analitik 1
21 Stomacher bag berfilter 3
22 Kaca arloji 2
23 Tabung reaksi steril 3
24 Waterbath 1
25 Spiral spin column 5
BAHAN
No. Bahan Spesifikasi Kebutuhan
1 Purelink Viral RNA/DNA Mini Kit Invitrogen 1 pack
2 Primer forward dan reverse untuk
babi
Invitrogen 1
3 Platinum blue supermix Invitrogen 1 mL
4 Etanol absolut Merck 100 mL
5 Agarose 1 % 100 mL
6 100bp DNA Ladder 1
7 Ethidium Bromide 250 L
8 TAE buffer 1x 150 mL
9 Aquadest steril 20 mL

23. 16
PROSEDUR PRAKTIKUM
A. PERSIAPAAN SAMPEL
Sampel ditimbang sebanyak 5 gram dimasukkan ke dalam stomacher bag berfilter,
ditambahkan 5 mL aquades steril, kemudian distomacher selama 1 menit. Pipet hasil
ekstrak, pindahkan kedalam tabung reaksi steril (sampel arsip). Sebanyak 1,5 ml ekstrak
sampel dipindahkan ke dalam mikrotube 2 mL, sebagai sampel yang akan di uji. Kontrol
positif dikerjakan dengan prosedur yang sama, menggunakan kornet babi kaleng,
sedangkan kontrol negatif menggunakan RNA free water steril.
B. ISOLASI DNA
Isolasi DNA dilakukan dengan melakukan ekstraksi sampel menggunakan Purelink® Viral
RNA/DNA Mini Kit (Invitrogen), dengan prosedur sesuai manual book. Untuk persiapan
lysate, ke dalam tabung mikrosentrifuge steril (1,5 ml) ditambahkan 25 µl Proteinase K,
200 µl sampel dan 200 µl lysis buffer, divortex selama 15 detik dan diinkubasi didalam
waterbath suhu 56˚C selama 15 menit. Kemudian ditambahkan 250 µl Ethanol Absolute,
vortex 15 detik dan diinkubasi di suhu kamar selama 5 menit. Prosedur selanjutnya
adalah purifikasi, semua lysate dipindahkan ke dalam Viral Spin Column, kemudian di
centrifuge 8000 rpm selama 1 menit, kemudian buang supernatan. Tabung koleksi
diganti, tambahkan 500 µl Wash Buffer (W5), centrifuge 8000 rpm selama 1 menit,
supernatan dibuang. Tambahkan 500 µl Wash Buffer (W5), centrifuge 8000 rpm selama 1
menit, buang supernatan. Pindahkan spin column ke dalam tabung koleksi baru,
centrifuge 8000 rpm selama 1 menit. Ganti spin column ke dalam mikrotube steril
(recovery tube) 1,5 ml, kemudian tambahkan 50 µl RNAse-Free-Water (E3) tepat dibagian
tengah spin column. Inkubasi disuhu ruang selama 1 menit. Centrifuge 12.000 rpm
selama 1 menit. Buang spin column, dan DNA yang dihasilkan disimpan pada suhu -20˚C
dan dapat dilanjutkan ke tahap pengujian selanjutnya.
C. MASTER MIX PCR
Mastermix PCR dalam pengujian ini menggunakan kit komersial “ready to use” Platinum
Blue Kit®Invitrogen 21 μl, primer spesifik Pork (®Invitrogen) Reverse dan Forward masing
masing 1 μl (konsentrasi 20 pmol). Sekuen primer yang digunakan adalah Primer Pork
Forward: 5’-CTTGCAAATCCTAACAGGCCTG-3’ dan Primer Pork Reverse: 5-
CGTTTGCATGTAGATAGCGAATAAC–3’. Penambahan template DNA sampel sebanyak 2 μl,
dengan volume akhir 25 μl.
D. AMPLIFIKASI PCR
Amplifikasi dilakukan dengan program sebagai berikut: pre denaturasi (suhu 95 ̊C selama
5 menit); denaturasi (suhu 95 ̊C selama 30 detik); annealing (suhu 60 ̊C selama 45 detik);
ekstensi (suhu 72 ̊C selama 1 menit) sebanyak 35 siklus. Proses amplifikasi pada pengujian
ini menggunakan thermocycler (Biorad).

24. 17
E. ELEKTROFORESIS
Elektroforesis DNA dilakukan pada gel agarose 1 % dengan pewarnaan Ethidium Bromide
2 μl dalam larutan TAE buffer 1 x, dengan pengaturan 125 VA, 400 mA selama 30 menit.
F. VISUALISASI
Gel produk amplifikasi PCR divisualisasikan di dalam Gel Doc dan hasilnya
didokumentasikan dengan kamera. Analisis hasil amplifikasi berdasarkan ukuran dari
masing-masing fragmen atau pita DNA dibandingkan dengan posisi pita dari marker dan
kontrol positif. Visualisasi sampel yang teridentifikasi mengandung babi ditunjukkan
dengan pita yang sejajar dengan kontrol positif babi yang berasal dari kornet babi.
TUGAS SEBELUM PRAKTIKUM
1. Jelaskan perbedaan PCR konvensional dengan RT-PCR!
2. Jelaskan fungsi dari masing-masing reagent dalam master mix PCR!
3. Aturan keselamatan mana yang harus diperhatikan dalam percobaan ini?
DAFTAR PUSTAKA
Ashoor SH, WC Monte and PG Stiles. 1998. Liquid chromatographic identification of meats. J
Assoc Off Anal Chem. 71, 397-403.
Clspedes A, T Garcia, E Cerrera, I Gonzales, A Fernandez, PE Hernandez and R Martin. 1999.
Identification of sole (Solea solca) and Greenland halibut (Reinhardtius
hippoglossoides) by PCR amplification of the 5S rDNA gene. J Agric Food Chem. 47,
1046-1050.
Farouk A, MF Batcha, R Griner, HM Salleh, MR Salleh and AR Sirajudin. 2006. The use of a
molecular technique for the detection of porcine ingredients in the Malaysian food
market. Saudi Med J. 27, 447-450.
Jones SI and RLS Paterson. 1985. Double antibody ELISA for detection of trace amounts of
pig meat in raw meat mixtures. Meat Sci. 15, 1-13.
Kim H and LA Shelef. 1986. Characterization and identification of raw beef, pork, chicken
and turkey meats by electrophoretic patterns of their sarcoplasmis protein. J Food Sci.
51, 731-741.

25. 18