В статье рассматривается вопросы современного состояния российского высшего образования, обсуждаются примеры инновационных преобразований в национальных исследовательских университетах (НИУ) в части совершенствования содержания образовательных программ и образовательных технологий, научно-инновационной деятельности, управления качеством, институционального развития, стратегических партнерств с реальным производством. Перечислены основные проблемы развития сети национальных исследовательских университетов, связанные с: недостаточной публикационной активностью авторов в изданиях, индексированных зарубежными организациями; отсутствием открытого доступа к учебно-методическим разработкам университетов; недостаточной активностью университетов в подготовке научно-педагогических кадров и в межвузовском взаимодействии. Сформулированы рекомендации для отечественных вузов, реализация которых позволит обеспечить инновационность и современный уровень высшего образования. В частности, отмечается необходимость вовлечения студентов, аспирантов и научно-педагогических работников в активную научно-исследовательскую и реальную инновационную деятельность.