異分野融合型の科学データ公開サイト
            LinkData.org
           http://linkdata.org/
            (独)理化学研究所    下山 紗代子,      豊田 哲郎
2012/5/24          第3回LinkedData勉強会
RDF公開プラットフォームの必要性


 RDF (Resource Description Framework)
  はWeb上でデータを共有するための標準形式

 幅広い分野で活躍する研究者や多くの人々が
  RDFでデータを公開していける場が必要

 そのためにLinkDataでは、
      誰でも簡単に使えるRDF変換ツールを提供
      サーバを持たない人にRDF公開の場を提供
      Web上でRDF教育の場を提供
            RDFとは何かを分かりやすく学べる
            自分のデータに最適なRDFモデルをデザインできる
2012/5/24           第3回LinkedData勉強会    2
データをRDF作品として公開できる




データ                            簡単に公開!




            第3回LinkedData勉強会
2012/5/24                          3
3ステップでRDFを公開できる




            テーブルデータ        RDF形式へ
               作成            変換

              ステップ         ステップ                ステップ




             テーブルデータの     ステップ1で作成した         公開されたRDF作品を
            ひな形ファイルを作成     テーブルデータの            ダウンロード
                         ファイルをアップロード

             ひな形ファイルに                        世界中の人が利用し、
            あなたのデータを入力                       あなたの貢献を高く
                                                 評価
2012/5/24                 第3回LinkedData勉強会                 4
入力形式は扱いやすいテーブルで


            データモデル             RDFモデル                 テーブルモデル

                                               • 人が直感的に理解し
                     • データ間の関係をリ
                                                 やすい
                       ンクで明確に表現で
            メリット       きる
                                               • 行単位でテキスト処
                                                 理できて簡単に扱え
                     • webとの相性が良い
                                                 る
                                               • データ間の関係を表
                     • 人がデータ構造の全
                                                 すための意味論が不
                       体像を把握しにくい
                                                 明確になりやすい
            デメリット
                     • 扱うには専門知識が
                                               • 機械的に解釈させに
                       必要
                                                 くい


                           Property                         Property
            モデルの図示   Subject          Object
                                                  Subject    Object




2012/5/24                      第3回LinkedData勉強会                        5
テーブルデータとRDFの対応例


     元のテーブ           電話番号                           電話番号
                                                           045-111-
                                            中央図書館
     ルデータ                                                    1111
             中央図書館 045-111-1111


                                                電話番号       045-111-
                     電話番号         蔵書数                        1111
      列を追加                                  中央図書館
             中央図書館 045-111-1111 154,265                    154,265
                                                蔵書数


      行を追加                                      電話番号       045-111-
                     電話番号         蔵書数                        1111
                                            中央図書館
                                                           154,265
                                                蔵書数
             中央図書館 045-111-1111   154,265
                                                電話番号       045-222-
                                                             2222
                                            西区図書館
                                                           65,489
             西区図書館 045-222-2222   65,489        蔵書数

                                                電話番号       045-333-
                                                             3333
             南区図書館 045-333-3333   98,548    南区図書館
                                                           98,548
2012/5/24                                       蔵書数                   6
異分野融合型プラットフォーム




   地域、行政、学術、経済等、様々な分野のデータ
    → サイエンス分野以外にも広がる利用と教育
                            7
分野融合的であることの重要性


 分野融合的な研究者の交流を促進

 新しい融合研究領域の創造

 科学データを扱う技術を科学以外の分野へと波及

 Linked dataに関する教育効果
      分野を制限せず、好きなデータでRDF技術を学べる



2012/5/24      第3回LinkedData勉強会   8
LinkData の機能一覧


1. スキーマ定義の支援機能
2. 標準プロパティのサジェスト機能
3. URIの自動生成機能
4. テーブルとRDFの対比機能
5. RDFへの変換・公開機能
6. データのつながりの可視化機能
7. アプリケーション開発者支援機能


2012/5/24    第3回LinkedData勉強会   9
1. スキーマ定義の支援機能

            スキーマ定義のGUI
                                 スキーマ定義(入力データ
                                  のひな形)を簡単に作成で
                                  きる
                                 すでに公開されているRDF
                                  作品からスキーマ定義を再
                                  利用できる




                                     入力データのひな形
                                     (Excelファイル)




2012/5/24         第3回LinkedData勉強会                 10
2. 標準プロパティのサジェスト機能




                          使用するプロパティをリスト
                           (全385件)から選択できる
                          Dublin Core等の汎用的に用
                           いられるプロパティに加えて、
                           OBO (Open Biomedical
                           Ontologies) 等のライフサイ
                           エンス分野で用いられるプロ
                           パティも登録されている

2012/5/24   第3回LinkedData勉強会               11
3. URIの自動生成機能

                           サブジェクト・プロパティを
                            URLではなく、文字列で入力す
                            ることが可能

                           アップロード後に自動でLink
                            DataオリジナルのURIに変換

                               URIの形式            URIの生成例
                                                      s1
                         http://linkdata.org
             subject         /resource/        http://linkdata.or
                         [作品ID]#[文字列]             g/resource/
                                                  rdf1s1i#s1
                                                      p1
                         http://linkdata.org
            property         /property/        http://linkdata.or
                         [作品ID]#[文字列]             g/property/
                                                  rdf1s1i#p1
2012/5/24   第3回LinkedData勉強会                                12
4. RDFへの変換・公開機能

 アップロード形式:    Excel, Text
 ダウンロード形式:    Excel, Text, Turtle
               @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
               @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
               @prefix cc: <http://creativecommons.org/ns#> .
               @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
               <>
                  cc:attributionName "Sayoko_Shimoyama"@ja ;
                  cc:attributionURL <http://linkdata.org/user/Sayoko_Shimoyama> ;
                  cc:license <http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/> .

               <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number>
                  rdf:type rdf:Property ;
                  rdfs:label "phone_number"@ja .

               <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#central_library>
                  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "central_library"@ja, "中央図書館"@ja ;
                  <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://library.jp/central> ;
                  <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-111-1111"@ja .

               <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#west_library>
                  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "west_library"@ja, "西区図書館"@ja ;
                  <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://lib.com/west> ;
                  <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-222-2222"@ja .

               <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#south_library>
                  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "south_library"@ja, "南区図書館"@ja ;
                  <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://libraries/city/south> ;
                  <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-333-3333"@ja .

2012/5/24     第3回LinkedData勉強会                                                            13
5. テーブルとRDFの対比機能

             W3C RDF Validation Serviceに投
              げてグラフモデルで可視化




自分のテーブル
データと対比さ
 せることで、
RDFについて理
解を深められる
 ようサポート

2012/5/24    第3回LinkedData勉強会           14
6. データのつながりの可視化機能

 グリーン:              LODクラウドとして可視化
  RDF作品

 ブルー:
  外部ドメイン

 RDF作品の各ファ
  イル中のsubject,
  property, object
  に使われている
  URIのドメインと
  つなげている




2012/5/24                            15
7. アプリケーション開発者支援機能

 データ取得用APIを提供(LinkData側)

                                  外部アプリ
                                  (http://fukuno.jig.jp/2012/jp02)




2012/5/24     第3回LinkedData勉強会                               16
2012年3月:アプリ部門最優秀賞

  Linked Open Data チャレンジ Japan 2011




2012/5/24                   第3回LinkedData勉強会   17
2012年4月:WWW2012に出展




  LinkDataブースは大盛況!
5日間で200人を超える訪問者が!
2012/5/24    第3回LinkedData勉強会   18
TBL卿が LinkData を評価

                          Tim-Barners-Lee 卿




                                    LinkDataのシンプル性
                                    に対して ”Excellent!!”
                                       とのお言葉が!


2012/5/24
            ※ Tim-Barners-Lee 卿はWebの発明者として世界的な権威   19
国際的なネットワーク作りに成功




                           ローカルオーガナイザー:
                          LinkDataサイトを翻訳して、
                           その言語のコンテンツを管
                              理してくれる協力者




            17カ国からローカルオーガナイザーへのオファー
                日本を核に国際連携がスタート!!
2012/5/24           第3回LinkedData勉強会          20
LinkDataでアプリ開発

                                 LinkDataのデー
                 Sequence_test   タセットと連携し
                                 てアプリを作れる
                                  サイトを構築中

                       データ連携




2012/5/24                                 21
公開と利用のサイクルが回る


            データからアプリを作る




            アプリからデータを作る
2012/5/24      第3回LinkedData勉強会   22
LinkDataでゲノム設計


                               LinkDataのアプリ開発機能
                               を使って、プログラムでゲ
                               ノムを設計するコンテスト
                               「GenoCon」第2回大会を
                                     本年開催予定




2012/5/24   第3回LinkedData勉強会                  23
異分野のコミュニティを融合




            GenoCon community                      LOD community




     Linked Data links Communities!
2012/5/24                       第3回LinkedData勉強会                   24
皆様のご参加をお待ちしております




        ご清聴ありがとうございました!


        @Link_Data

        https://www.facebook.com/LinkData

2012/5/24            第3回LinkedData勉強会   25

異分野融合型の科学データ公開サイトLink data.org

  • 1.
    異分野融合型の科学データ公開サイト LinkData.org http://linkdata.org/ (独)理化学研究所 下山 紗代子, 豊田 哲郎 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会
  • 2.
    RDF公開プラットフォームの必要性  RDF (ResourceDescription Framework) はWeb上でデータを共有するための標準形式  幅広い分野で活躍する研究者や多くの人々が RDFでデータを公開していける場が必要  そのためにLinkDataでは、 誰でも簡単に使えるRDF変換ツールを提供 サーバを持たない人にRDF公開の場を提供 Web上でRDF教育の場を提供 RDFとは何かを分かりやすく学べる 自分のデータに最適なRDFモデルをデザインできる 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 2
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    データをRDF作品として公開できる データ 簡単に公開! 第3回LinkedData勉強会 2012/5/24 3
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    3ステップでRDFを公開できる テーブルデータ RDF形式へ 作成 変換 ステップ ステップ ステップ テーブルデータの ステップ1で作成した 公開されたRDF作品を ひな形ファイルを作成 テーブルデータの ダウンロード ファイルをアップロード ひな形ファイルに 世界中の人が利用し、 あなたのデータを入力 あなたの貢献を高く 評価 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 4
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    入力形式は扱いやすいテーブルで データモデル RDFモデル テーブルモデル • 人が直感的に理解し • データ間の関係をリ やすい ンクで明確に表現で メリット きる • 行単位でテキスト処 理できて簡単に扱え • webとの相性が良い る • データ間の関係を表 • 人がデータ構造の全 すための意味論が不 体像を把握しにくい 明確になりやすい デメリット • 扱うには専門知識が • 機械的に解釈させに 必要 くい Property Property モデルの図示 Subject Object Subject Object 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 5
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    テーブルデータとRDFの対応例 元のテーブ 電話番号 電話番号 045-111- 中央図書館 ルデータ 1111 中央図書館 045-111-1111 電話番号 045-111- 電話番号 蔵書数 1111 列を追加 中央図書館 中央図書館 045-111-1111 154,265 154,265 蔵書数 行を追加 電話番号 045-111- 電話番号 蔵書数 1111 中央図書館 154,265 蔵書数 中央図書館 045-111-1111 154,265 電話番号 045-222- 2222 西区図書館 65,489 西区図書館 045-222-2222 65,489 蔵書数 電話番号 045-333- 3333 南区図書館 045-333-3333 98,548 南区図書館 98,548 2012/5/24 蔵書数 6
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    異分野融合型プラットフォーム 地域、行政、学術、経済等、様々な分野のデータ → サイエンス分野以外にも広がる利用と教育 7
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    分野融合的であることの重要性  分野融合的な研究者の交流を促進  新しい融合研究領域の創造 科学データを扱う技術を科学以外の分野へと波及  Linked dataに関する教育効果  分野を制限せず、好きなデータでRDF技術を学べる 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 8
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    LinkData の機能一覧 1. スキーマ定義の支援機能 2.標準プロパティのサジェスト機能 3. URIの自動生成機能 4. テーブルとRDFの対比機能 5. RDFへの変換・公開機能 6. データのつながりの可視化機能 7. アプリケーション開発者支援機能 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 9
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    1. スキーマ定義の支援機能 スキーマ定義のGUI  スキーマ定義(入力データ のひな形)を簡単に作成で きる  すでに公開されているRDF 作品からスキーマ定義を再 利用できる 入力データのひな形 (Excelファイル) 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 10
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    2. 標準プロパティのサジェスト機能  使用するプロパティをリスト (全385件)から選択できる  Dublin Core等の汎用的に用 いられるプロパティに加えて、 OBO (Open Biomedical Ontologies) 等のライフサイ エンス分野で用いられるプロ パティも登録されている 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 11
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    3. URIの自動生成機能  サブジェクト・プロパティを URLではなく、文字列で入力す ることが可能  アップロード後に自動でLink DataオリジナルのURIに変換 URIの形式 URIの生成例 s1 http://linkdata.org subject /resource/ http://linkdata.or [作品ID]#[文字列] g/resource/ rdf1s1i#s1 p1 http://linkdata.org property /property/ http://linkdata.or [作品ID]#[文字列] g/property/ rdf1s1i#p1 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 12
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    4. RDFへの変換・公開機能  アップロード形式: Excel, Text  ダウンロード形式: Excel, Text, Turtle @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . @prefix cc: <http://creativecommons.org/ns#> . @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> . <> cc:attributionName "Sayoko_Shimoyama"@ja ; cc:attributionURL <http://linkdata.org/user/Sayoko_Shimoyama> ; cc:license <http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/> . <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> rdf:type rdf:Property ; rdfs:label "phone_number"@ja . <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#central_library> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "central_library"@ja, "中央図書館"@ja ; <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://library.jp/central> ; <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-111-1111"@ja . <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#west_library> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "west_library"@ja, "西区図書館"@ja ; <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://lib.com/west> ; <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-222-2222"@ja . <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#south_library> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "south_library"@ja, "南区図書館"@ja ; <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://libraries/city/south> ; <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-333-3333"@ja . 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 13
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    5. テーブルとRDFの対比機能  W3C RDF Validation Serviceに投 げてグラフモデルで可視化 自分のテーブル データと対比さ せることで、 RDFについて理 解を深められる ようサポート 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 14
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    6. データのつながりの可視化機能  グリーン: LODクラウドとして可視化 RDF作品  ブルー: 外部ドメイン  RDF作品の各ファ イル中のsubject, property, object に使われている URIのドメインと つなげている 2012/5/24 15
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    7. アプリケーション開発者支援機能  データ取得用APIを提供(LinkData側)  外部アプリ (http://fukuno.jig.jp/2012/jp02) 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 16
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    2012年3月:アプリ部門最優秀賞 LinkedOpen Data チャレンジ Japan 2011 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 17
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    TBL卿が LinkData を評価 Tim-Barners-Lee 卿 LinkDataのシンプル性 に対して ”Excellent!!” とのお言葉が! 2012/5/24 ※ Tim-Barners-Lee 卿はWebの発明者として世界的な権威 19
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    国際的なネットワーク作りに成功 ローカルオーガナイザー: LinkDataサイトを翻訳して、 その言語のコンテンツを管 理してくれる協力者 17カ国からローカルオーガナイザーへのオファー 日本を核に国際連携がスタート!! 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 20
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    LinkDataでアプリ開発 LinkDataのデー Sequence_test タセットと連携し てアプリを作れる サイトを構築中 データ連携 2012/5/24 21
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    公開と利用のサイクルが回る データからアプリを作る アプリからデータを作る 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 22
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    LinkDataでゲノム設計 LinkDataのアプリ開発機能 を使って、プログラムでゲ ノムを設計するコンテスト 「GenoCon」第2回大会を 本年開催予定 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 23
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    異分野のコミュニティを融合 GenoCon community LOD community Linked Data links Communities! 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 24
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    皆様のご参加をお待ちしております ご清聴ありがとうございました! @Link_Data https://www.facebook.com/LinkData 2012/5/24 第3回LinkedData勉強会 25