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Uploaded byTakami Sato
Data Science Bowl 2017 Winning Solutions Survey
社内勉強回用の資料ですが、変な点を指摘してもらうためにコチラで先行公開 I might make a English slide, if there are some requests.
![[DL輪読会]Diagnose like a Radiologist: Attention Guided Convolutional Neural Net...](https://cdn.slidesharecdn.com/ss_thumbnails/180413dlseminarchestxray-180413032701-thumbnail.jpg?width=640&height=640&fit=bounds)
Data Science Bowl 2017 Winning Solutions Survey
- 1. Data Science Bowl 2017 Winning Solutions Survey Takami Sato 17-4-18DSB2017 Solutions Survey 1
- 2. Data Science Bowl 2017とは 17-4-18DSB2017 Solutions Survey 2 CT画像（DICOM形式）からの肺がん検知 ⼀一⼈人当たり200スライスぐらいの画像があり、学習データは1,500⼈人ほど h"ps://docs.google.com/presenta3on/d/ 1t40mZHzCdogvV3XeuK48SnKrA9tGK5eoaYoeBDYqoHs/edit#slide=id.g1cd534afe0_0_34 有志が⾒見見つけた肺がんの例例 h"ps://www.kaggle.com/c/data-‐science-‐bowl-‐2017
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- 4. 2位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey4 環境 • Keras + windows 64bit • ⾃自前の可視化のツール 概要 • LIDCとLUNA16のデータを使⽤用 • 医者の診断とLUNA16のラベルを使⽤用 • 32*32*32の3d convnetで学習 • セグメント切切りはせず、画像全体を使⽤用 • 最⼤大腫瘍の場所から、癌がありそうなスライスを検知 • 疑わしいスライスを、U-‐‑‒Netで腫瘍の場所を検知 • 最後に当該スライスの疑わしい腫瘍の数と諸々特徴をxgboost • Public LBを信⽤用しない h"ps://www.kaggle.com/c/data-‐science-‐bowl-‐2017/discussion/31551
- 5. 2位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey5 • 前処理理 • 全てを1x1x1 mmにスケーリング（恐らく1 pixcel） • LUNAとDSBデータを全て同じ向きに変換 • LUNAとLIDCをあわせるために座標を全て０〜～１にスケール • 教師ラベル • LIDCの医者の診断は全て正とした。（診断医師が⼀一⼈人でも） • LUNA16のラベルも正例例として追加 • 負例例を増やすために、肺以外の画像も追加 • フォーラムの肺部分抽出⼿手法で、抽出されなかった部分を使⽤用 • 40,000データ • （100,000の肺以外画像、10,000の偽陽画像、2000のLIDC正例例） • 偽陽データは、腫瘍だけど悪性でないもの • モデルが出来上がった後、⽬目検して癌と偽陽部分にアノテーションを追加 • LUNA16では3cm以上の腫瘍が正例例になっていないので除外
- 6. 2位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey6 • 3d convnetでの肺腫瘍と癌のあるスライス検知 • 32x32x32 3D convnetを使⽤用 • バッチ版のC3Dの構成（VGGに似ている） • ネットワークのチューンには殆ど時間を使っていない • 腫瘍かどうかと悪性かどうかを、同時にマルチタスク学習 • この⽅方法は、Julianさんでは良良かったがDanielさんは2ステップ • データが不不均衡なので、1：20になるよう正例例をoversampling • 少しの正例例しか必要なかったのには驚きとのこと • 12m格⼦子のストライドと3種類のズームで癌の組織の場所を検知 • 最⼤大腫瘍とそのz座標（スライス位置）のみ後⼯工程で使⽤用 • 疑わしい腫瘍検知 • LUNAや過去のDSBから肺がん腫瘍の画像を収集 • ⼩小さいU-‐‑‒Netを使⽤用して、疑わしいスライスから怪しい腫瘍を抽出 • 全⾝身データや肺気腫のデータも⼊入れたが、⼤大きくは改善せず
- 7. 2位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey7 • 最終モデル • xgboostで学習 • ズームの種類、スライスの位置、怪しい組織の数をデータに学習 • min_̲child_̲weightを60にして、過学習を抑制 • ⼿手元CVスコアは0.39、最終スコアは0.40117 • Danielsさんとのアンサンブル • 彼は64x64x64のResnetライクなモデルを使⽤用 • 肺腫瘍検知と悪性腫瘍検知の2段階 • LIDCの腫瘍情報も使⽤用 • 2⼈人の予測を平均して、最終submit
- 8. 7位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey8 h"ps://www.kaggle.com/c/data-‐science-‐bowl-‐2017/discussion/31576 環境 • TensorFlow + Ubuntu 14.04 概要 • LUNAとLIDCの腫瘍アノテーションを信頼 • その後、DSBの悪性腫瘍ラベルを使⽤用 • 以下の3ステップで予測を実施 • ピクセル毎の腫瘍の存在確率率率計算 • 腫瘍領領域の検知 • 悪性腫瘍の検知 • モデルチューニングには多くの時間を割いていない
- 9. 7位の手法 • ピクセル毎の腫瘍の存在確率率率計算 – 128x128のU-‐‑‒Netを使⽤用 – LUNAとLIDCの腫瘍のアノテーションを使⽤用 – ランダムなスライスを作って学習 – 最終的には軸に沿ったスライスに予測し、3次元腫瘍存在確率率率テンソルを計算 • 各ピクセル3回計算されるので平均する • 腫瘍領領域の検知 – 以下の⼿手順で腫瘍の場所を特定 • ⼩小さい閾値を設定（0.2） • 閾値以上のpixcelの塊を列列挙 • 塊のサイズが⼀一定以上だった場合は、閾値を上げて再実⾏行行 – 腫瘍の中⼼心から64x64x64の領領域を切切り取る – 領領域の腫瘍存在確率率率の和が⼤大きい順に20領領域を選択 – LIDCの悪性腫瘍情報を使うべきだったとの事 17-4-18DSB2017 Solutions Survey 9
- 10. 7位の手法 • 悪性腫瘍の検知 – ⼀一⼈人当たり、20個の64x64x64のデータが存在 – 3D resnetを使⽤用 – 1チャネル⽬目にピクセルの値を⼊入れて、2チャネル⽬目に腫瘍存在確率率率を⼊入れた – （20, 64, 64, 64, 2）の5次元テンソルがラベルに紐紐づく – 3D resnet後は20個の予測が出揃い、そのmax値を取るのが最も良良かった • Noisy-‐‑‒ANDやNoisy-‐‑‒ORなども試したらしい • 解釈としても妥当 – ここに機械学習⼿手法を⽤用いたが、改善せず • 腫瘍存在確率率率の並び順は間違ってる家の姓があり、並び順に依存しないmax等が良良いとのこと 17-4-18DSB2017 Solutions Survey 10
- 11. 9位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey11 h"ps://www.kaggle.com/c/data-‐science-‐bowl-‐2017/discussion/31548 h"ps://eliasvansteenkiste.github.io/machine%20learning/lung-‐cancer-‐pred/ 環境 • 不不明 概要 • ブログ記事が詳細に書かれている • 予測は以下のステップで構成 • 腫瘍検知 • 良良性腫瘍の除外 • 悪性腫瘍確率率率の付与 • 最終モデル • LBがハックされて使い物にならず、モチベ低下した
- 12. 9位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey12 • 腫瘍検知 – LUNAデータのアノテーションで腫瘍の位置を学習 – 1 voxcelが1x1x1 mm cubeになるようにスケーリング – 学習にはU-‐‑‒Netベースのネットワークを使⽤用 – ⽬目的関数は、Dice類似度度を使⽤用 – LUNAのアノテーションは32x32x32だが、⼊入⼒力力は64x64x64にして 内部のアノテーションを回転したり歪ませたりして、データを増加 – 検知された領領域からDifference of Gaussian法で腫瘍を検知 – このままだと、⾮非常に多くの腫瘍が検知されるので、次に良良性腫瘍を除外する
- 13. 9位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey13 • 良良性腫瘍の除外 – 肺領領域の検知 • 肺領領域以外の腫瘍は、肺がんではないので除外 • 肺領領域の検知⽅方法は、カーネル上で議論論しているのを参考にした • 最終的には3Dで肺を含む凸包から、肺以外っぽい領領域を除外するアプローチ – 3D Resnetベースモデルでの良良性腫瘍の除外 • LUNAの偽陽性判定トラックのラベルを使⽤用 • 48x48x48サイズの⼊入⼒力力のネットワークを作成 • 詳細はブログを参照 • 悪性腫瘍の予測 – LIDCデータに腫瘍の悪性度度のデータがあることを、終了了2週前に発⾒見見 – FPRネットワークベースのモデルで各腫瘍に悪性度度を付与
- 14. 9位の手法 17-4-18DSB2017 Solutions Survey14 • 最終モデル – 腫瘍の悪性度度を、患者の癌ラベルに変換する – 2つのアプローチを使⽤用 • P(患者が肺がん) = 1 – （腫瘍iが良良性） – 直感的だが、ある腫瘍が悪性だとモデルが確信している場合、それ以上学習が進まない • Log Mean Exponet – ログをとって、⼩小さい確率率率は超⼩小さくした状態で平均取って戻すので、 ソフトバージョンのmax関数的に動く – モデルと共にFine-‐‑‒tuneできる – 上記⼿手法で30予測を作成し、アンサンブルして最終スコアを作成 • 最終の2 submitを以下で構成 • Defensive Ensemble – 各モデルの混合⽐比率率率をCVで決定 – ただし、結果的に最良良モデルの予測１つだけが選択された • Aggressive Ensemble – どのモデルを使うかをCVで学習して、選ばれたモデルの単純平均で構成
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