UN MINI-PROGETTO DI RICERCA: ALLA RICERCA DEI DETERMINANTI STRUTTURALI DELLA TOLLERANZA DELLE PROTEINE ALLA ALTE CONCENTRAZIONI DI SALE

1. PROGETTO LAUREE SCIENTIFICHE
STAGE PRESSO IL GRUPPO DI BIOSTRUTTURE DELL’
UNIVERSITA’ DEGLI STUDI DI NAPOLI FEDERICO II
UN MINI-PROGETTO DI RICERCA:
ALLA RICERCA DEI DETERMINANTI STRUTTURALI DELLA TOLLERANZA
DELLE PROTEINE ALLE ALTE CONCENTRAZIONI DI SALE
Tutor
Prof.
Antonello Merlino
Studenti
Pavlo Burda
Amedeo Ruggiero

2. Scopo dello stage
Analisi comparata delle sequenze e delle strutture
di un piccolo database costituito da:
• 15 strutture di proteine adattate a “condizioni
estreme di alta salinità” (proteine alofile)
• 15 strutture di proteine con la stessa funzione ed
elevata identità di sequenza con le proteine
alofile, ma adattate alla vita in condizioni non
estreme (proteine non-alofile)

3. Sequenza Proteine Alofile Sequenza Proteine Non-Alofile
Analisi comparata della sequenza amminoacidica
basici
acidi
polari
Non polari
altri
basici
acidi
polari
Non polari
altri
D
E
K
Asp
Glu
Ly
s

4. Analisi comparata della struttura secondaria*
Valori Medi
Proteine Proteine
alofile Non-alofile
α –eliche (%) 37,0±14,6 35,2±14,4
Valori Medi
Proteine Proteine
alofile Non-alofile
Foglietti β (%) 20,5±13,6 22,3±16,5
*dati ricavati dal Protein Data Bank (www.rcsb.org)

5. Proteine Alofile
SuperficieSuperficie
Interno
Proteine Non-Alofile
Interno
*dati ottenuti con GetArea, un programma che analizza le regioni della proteina esposte al solvente (superficie) e nascoste nel core
Analisi comparata della composizione amminoacidica delle superfici*

6. Analisi comparata della composizione amminoacidica delle
superfici
D
E
K

7. Conclusioni
• L’analisi delle sequenze delle coppie di proteine alofile/non-alofile
analizzate rivela che le proteine alofile hanno un numero
leggermente maggiore di residui acidi (D+E) rispetto alle proteine
non-alofile, in accordo con dati di letteratura.
• L’analisi delle strutture secondarie delle proteine analizzate non
rivela differenze significative. Si osserva invece una rilevante
differenza nella composizione amminoacidica dei residui disposti
sulla superficie.
• In particolare, i risultati del nostro lavoro suggeriscono che le
strutture di proteine alofile hanno un maggior contenuto di
residui carichi negativamente (D+E) esposti al solvente rispetto
alle corrispondenti non-alofile.