2. ‫ها‬‫تئين‬‫و‬‫پر‬‫بندي‬‫طبقه‬
‫از‬‫استفاده‬‫با‬
‫عصبي‬‫شبكه‬
‫مصنوعي‬

4. ‫پپتيد‬ ‫پيوندهاي‬ ‫توسط‬ ‫آمينه‬‫اسيدهاي‬ ‫پيوستن‬ ‫بهم‬‫از‬‫تئينها‬‫و‬‫پر‬‫يك‬ ‫ت‬‫ر‬‫صو‬‫به‬ ‫ي‬
‫آيند‬ ‫مي‬ ‫بوجود‬ ‫نجيره‬‫ز‬.
‫نجيره‬‫ز‬ ‫ل‬‫طو‬ ‫نظر‬‫از‬‫تئينها‬‫و‬‫پر‬
(‫از‬30‫از‬ ‫بيش‬ ‫تا‬000/30‫آمينه‬ ‫اسيد‬)‫اسيده‬ ‫گرفتن‬‫قرار‬ ‫ترتيب‬ ‫همچنين‬‫و‬‫اي‬
‫آمينه‬,‫هستند‬‫متفاوت‬ ‫هم‬ ‫با‬.
‫حيات‬‫ماشينهاي‬‫تئينها‬‫و‬‫پر‬
‫ر‬ ‫ها‬ ‫ارگانيسم‬‫در‬ ‫مهم‬‫اعمال‬‫تمام‬ ‫كه‬ ‫هستند‬ ‫ملكولهايي‬‫و‬‫ماكر‬ ‫تئينها‬‫و‬‫پر‬‫مي‬ ‫انجام‬‫ا‬
‫بيوشيميايي‬ ‫واكنشهاي‬ ‫انجام‬‫اعمال‬ ‫اين‬ ‫جمله‬ ‫از‬ ‫دهند‬،‫غذايي‬ ‫مواد‬‫انتقال‬‫و‬
‫ا‬‫پيامها‬‫انتقال‬ ‫و‬ ‫تشخيص‬‫س‬‫ت‬.

5. ‫د‬‫ر‬‫دا‬ ‫بستگي‬‫آنها‬‫فضايي‬‫ر‬‫ساختا‬ ‫به‬ ‫ها‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬ ‫عملكرد‬.‫آمين‬ ‫اسيدهاي‬‫با‬ ‫كه‬ ‫ه‬
‫گرفته‬‫قرار‬ ‫هم‬‫كنار‬ ‫خاص‬ ‫ترتيبي‬‫اند‬
(‫ل‬‫او‬‫ساختار‬)
‫تاب‬ ‫و‬ ‫پيچ‬ ‫با‬‫ند‬‫ز‬‫سا‬ ‫مي‬ ‫ا‬‫ر‬ ‫واحدهايي‬ ‫ير‬‫ز‬ ‫يكديگر‬‫كنار‬‫و‬‫و‬‫ر‬ ‫در‬ ‫دن‬‫ر‬‫خو‬(‫ساختار‬
‫دوم‬)
‫شود‬ ‫مي‬‫ساخته‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬ ‫فضايي‬‫ساختار‬ ‫آنها‬‫از‬‫استفاده‬‫با‬ ‫كه‬
(‫سوم‬‫ساختار‬)
‫عظ‬ ‫ساختمان‬ ‫خود‬ ‫هم‬‫كنار‬ ‫در‬ ‫گرفتن‬ ‫ار‬‫ر‬‫ق‬ ‫با‬ ‫اينچنيني‬ ‫واحد‬ ‫چند‬ ‫گاه‬ ‫حتي‬ ‫و‬‫يم‬
‫ي‬‫تر‬‫ند‬‫ر‬‫آو‬ ‫مي‬ ‫بوجود‬ ‫ا‬‫ر‬.
(‫م‬‫ر‬‫چها‬‫ساختمان‬)
‫تئينها‬‫و‬‫پر‬‫ساختار‬

6. ‫آلفا‬‫كالس‬
‫است‬‫تئينها‬‫و‬‫پر‬ ‫دوم‬‫ساختمان‬ ‫اصلي‬ ‫عناصر‬ ‫از‬ ‫يكي‬‫آلفا‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬.‫اتمهاي‬
‫پي‬ ‫يكديگر‬ ‫با‬‫آلفا‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫در‬ ‫اصلي‬ ‫نجيره‬‫ز‬ ‫ژن‬‫نيترو‬ ‫و‬ ‫ن‬‫اكسيژ‬‫ني‬‫ژ‬‫و‬‫هيدر‬ ‫وند‬
‫ند‬‫ر‬‫دا‬.

7. ‫آلفا‬‫كالس‬ ‫خصوصيات‬
‫استگرد‬‫ر‬ ‫اغلب‬ ‫شوند‬ ‫مي‬ ‫مشاهده‬‫ها‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬ ‫در‬ ‫كه‬‫آلفا‬‫هاي‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬‫هستند‬.
‫تمايل‬ ‫مختلف‬‫جانبي‬‫هاي‬ ‫نجيره‬‫ز‬ ‫كه‬ ‫است‬ ‫شده‬ ‫ديده‬‫ر‬‫حضو‬ ‫اي‬‫ر‬‫ب‬ ‫معيني‬‫اما‬ ‫ضعيف‬
‫ند‬‫ر‬‫دا‬ ‫آن‬‫در‬ ‫ر‬‫حضو‬ ‫عدم‬ ‫يا‬‫آلفا‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫در‬.
‫هاي‬ ‫دهنده‬ ‫تشكيل‬ ‫متيونين‬ ‫و‬ ‫لوسين‬ ،‫اسيد‬ ‫گلوتاميك‬ ،‫آالنين‬ ‫بنابراين‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫خوب‬
‫ب‬ ‫نظر‬ ‫اين‬‫از‬ ‫سرين‬ ‫و‬‫ين‬‫ز‬‫و‬‫تاير‬ ،‫گاليسين‬ ،‫لين‬‫و‬‫پر‬‫حاليكه‬ ‫در‬ ‫هستند‬‫آلفا‬‫ضعيف‬‫سيار‬
‫هستند‬.
‫ج‬‫ر‬‫خا‬ ‫سطح‬ ‫ل‬‫طو‬‫در‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬‫ساختمان‬ ‫در‬‫آلفا‬‫هاي‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫اي‬‫ر‬‫ب‬ ‫مكان‬ ‫ترين‬ ‫عمومي‬‫ي‬
‫آبگري‬ ‫طرف‬‫به‬ ‫ديگر‬ ‫سمت‬ ‫و‬ ‫حالل‬ ‫طرف‬‫به‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫از‬ ‫سمت‬ ‫يك‬ ‫كه‬ ‫است‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬‫داخلي‬ ‫ز‬
‫است‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬.

8. ‫بتا‬‫صفحات‬
‫صفحات‬ ‫ميشود‬ ‫پيدا‬ ‫ي‬‫و‬‫كر‬‫هاي‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬ ‫در‬‫كه‬ ‫اصلي‬‫ساختماني‬ ‫عنصر‬ ‫دومين‬‫بتا‬
‫هستند‬.
‫است‬ ‫شده‬‫ساخته‬ ‫پيوسته‬ ‫منطقه‬ ‫يك‬ ‫از‬ ‫كه‬‫آلفا‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫خالف‬ ‫بر‬‫س‬ ‫اين‬‫اختمان‬
‫پپتيدي‬ ‫پلي‬ ‫نجير‬‫ز‬ ‫منطقه‬ ‫چندين‬ ‫تركيب‬ ‫از‬‫تشكيل‬‫است‬ ‫شده‬.
‫بتا‬ ‫هاي‬‫شته‬‫ر‬
ً
‫معموال‬5‫تا‬10‫ند‬‫ر‬‫دا‬ ‫ل‬‫طو‬ ‫آمينه‬ ‫اسيد‬‫و‬‫ديف‬‫ر‬ ‫يكديگر‬ ‫ر‬‫مجاو‬ ‫در‬
‫ميشوند‬‫ي‬ ‫كربونيل‬‫هاي‬‫ه‬‫و‬‫گر‬ ‫بين‬ ‫ميتوانند‬‫ني‬‫ژ‬‫و‬‫هيدر‬‫هاي‬ ‫پيوند‬ ‫يكه‬‫ر‬‫بطو‬‫و‬‫بتا‬ ‫شته‬‫ر‬ ‫ك‬
‫شو‬ ‫تشكيل‬ ‫برعكس‬ ‫و‬ ‫ر‬‫مجاو‬‫شته‬‫ر‬ ‫ي‬‫و‬‫ر‬ ‫ي‬‫آمينو‬‫هاي‬‫ه‬‫و‬‫گر‬‫ن‬‫د‬.

9. ‫ر‬‫خو‬ ‫چين‬ ‫صفحات‬‫تشكيل‬ ‫اي‬‫ر‬‫ب‬ ‫ميتوانند‬ ‫طريق‬‫دو‬ ‫به‬‫بتا‬ ‫هاي‬‫شته‬‫ر‬‫هم‬‫با‬ ‫ده‬
‫باشند‬ ‫داشته‬ ‫ميانكنش‬:
‫بتا‬‫صفحات‬
‫ناهمسو‬ ‫ي‬‫مواز‬‫حالت‬ ‫به‬ ‫يا‬ ‫و‬
‫همسو‬ ‫ي‬‫مواز‬ ‫صفحه‬‫حالت‬ ‫به‬(‫شكل‬1)
(‫شكل‬2)

10. ‫تئينها‬‫و‬‫پر‬‫ساختماني‬ ‫مراتب‬‫سلسله‬
‫است‬ ‫شده‬‫ساخته‬‫آلفا‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫و‬‫بتا‬ ‫هاي‬‫شته‬‫ر‬ ‫از‬ ‫عمده‬ ‫ر‬‫بطو‬ ‫دوم‬‫ساختمان‬.
‫پلي‬ ‫نجيره‬‫ز‬ ‫از‬ ‫محلي‬ ‫منطقه‬ ‫يك‬ ‫در‬‫دوم‬‫ساختمان‬ ‫تشكيل‬‫ب‬ ‫حدي‬ ‫تا‬ ‫پپتيدي‬‫وسيله‬
‫مي‬ ‫تعيين‬‫ل‬‫او‬‫ساختمان‬‫شود‬.
‫موتيف‬ ‫شكل‬ ‫در‬ ‫ا‬‫ر‬ ‫خودشان‬
ً
‫معموال‬ ‫دوم‬ ‫ساختمان‬ ‫عناصر‬‫ايش‬‫ر‬‫آ‬ ‫ساده‬ ‫هاي‬
‫مي‬‫دهند‬.

11. ‫تئيني‬‫و‬‫پر‬‫ساختمانهاي‬ ‫بندي‬‫طبقه‬
‫موتيف‬ ‫اساس‬‫ر‬‫ب‬،‫بهم‬ ‫متصل‬ ‫هاي‬‫ساختمان‬‫ين‬ِ‫م‬‫دو‬‫طبقه‬ ‫اصلي‬ ‫ه‬‫و‬‫گر‬ ‫سه‬ ‫به‬‫ها‬‫بن‬‫دي‬
‫ميشود‬:
1-‫آلفا‬‫ها‬ ‫دومين‬:
‫در‬‫اين‬‫ساختما‬‫نها‬‫هسته‬،‫هاي‬‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬‫از‬‫ي‬‫انحصار‬ ‫ر‬‫بطو‬a‫اس‬ ‫شده‬‫ساخته‬‫ت‬.
2-‫بتا‬‫ها‬ ‫دومين‬:
‫در‬‫اين‬‫ساختمانها‬‫صفحات‬ ‫از‬ ‫هسته‬b‫دو‬
ً
‫معموال‬‫و‬‫يافته‬ ‫تشكيل‬ ‫ناهمسو‬ ‫ي‬‫مواز‬
‫صفحه‬b‫چفت‬ ‫يكديگر‬ ‫ي‬‫و‬‫ر‬‫بر‬‫اند‬‫شده‬.
3-‫آلفا‬/‫بتا‬‫ها‬ ‫دومين‬:
‫موتيف‬‫از‬ ‫تركيبي‬‫از‬‫هاي‬b-α-b‫صفحه‬ ‫يك‬ ‫كه‬b‫احاطه‬ ‫ي‬‫همسو‬
ً
‫غالبا‬ ‫ي‬‫مواز‬
‫پيچ‬‫ر‬‫ما‬ ‫بوسيلة‬ ‫شده‬‫هاي‬α‫مي‬ ‫تشكيل‬ ‫ا‬‫ر‬‫شوند‬ ‫مي‬‫ساخته‬ ‫دهد‬.

12. ‫شبكه‬‫مي‬ ‫ا‬‫ر‬ ‫عصبي‬ ‫هاي‬،‫ياد‬‫ز‬ ‫اغماض‬‫با‬ ‫توان‬
‫مدل‬‫انس‬ ‫مغز‬ ‫عصبي‬‫ساختار‬ ‫از‬ ‫الكترونيكي‬ ‫هاي‬‫ان‬
‫ناميد‬.
‫تج‬ ‫بر‬
ً
‫اساسا‬ ‫مغز‬ ‫ش‬‫ز‬‫آمو‬‫و‬ ‫ي‬‫اگير‬‫ر‬‫ف‬ ‫مكانيسم‬‫ربه‬
‫است‬ ‫استوار‬.‫مدل‬‫شبكه‬ ‫الكترونيكي‬ ‫هاي‬‫هاي‬
‫ش‬‫بنا‬ ‫الگو‬ ‫همين‬‫اساس‬ ‫بر‬ ‫نيز‬‫طبيعي‬ ‫عصبي‬‫ده‬‫و‬ ‫اند‬
‫مدل‬ ‫چنين‬ ‫د‬‫ر‬‫برخو‬ ‫ش‬‫و‬‫ر‬‫ش‬‫و‬‫ر‬‫با‬ ،‫مسائل‬‫با‬ ‫هايي‬‫ه‬‫اي‬
‫به‬ ‫كه‬ ‫محاسباتي‬‫سيستم‬ ‫توسط‬ ‫ل‬‫معمو‬ ‫ر‬‫طو‬‫ه‬‫اي‬
‫شده‬ ‫گرفته‬ ‫پيش‬ ‫در‬ ‫ي‬‫كامپيوتر‬‫د‬ ‫تفاوت‬ ،‫اند‬‫د‬‫ر‬‫ا‬.
‫عصبي‬‫هاي‬‫شبكه‬

13. ‫شبكه‬‫شبيه‬ ‫عصبي‬ ‫هاي‬‫ب‬ ‫تا‬‫ند‬‫ر‬‫قاد‬‫فقط‬ ،‫ي‬‫كامپيوتر‬‫يا‬ ‫شده‬ ‫ي‬‫ساز‬‫خش‬
‫ويژگي‬ ‫و‬ ‫خصوصيات‬ ‫از‬ ‫كوچكي‬‫شبكه‬ ‫هاي‬‫ا‬‫ر‬ ‫يك‬‫ژ‬‫بيولو‬ ‫عصبي‬‫هاي‬
‫شبيه‬‫كنند‬‫ي‬‫ساز‬.
‫نرم‬ ‫مهندس‬ ‫يك‬ ‫ديد‬ ‫از‬،‫حقيقت‬ ‫در‬‫عصب‬ ‫شبكه‬ ‫يك‬ ‫ايجاد‬‫از‬ ‫هدف‬،‫افزار‬‫ي‬
‫نرم‬‫شبيه‬ ‫آنكه‬‫از‬ ‫بيش‬ ،‫ي‬‫ار‬‫ز‬‫اف‬‫مكانيس‬ ‫ايجاد‬،‫باشد‬ ‫انسان‬ ‫مغز‬ ‫ي‬‫ساز‬‫م‬
‫شبكه‬‫ي‬‫فتار‬‫ر‬ ‫ي‬‫الگو‬‫از‬‫الهام‬‫با‬ ‫ي‬ ‫مهندس‬ ‫مسائل‬ ‫حل‬ ‫اي‬‫ر‬‫ب‬ ‫ي‬‫ديگر‬‫هاي‬
‫است‬‫يك‬‫ژ‬‫بيولو‬.
‫عصبي‬‫هاي‬‫شبكه‬

15. ‫مشخصه‬
‫ل‬‫متداو‬ ‫محاسباتي‬ ‫ش‬‫و‬‫ر‬‫عصبي‬ ‫هاي‬ ‫شبكه‬
‫مصنوعي‬
‫ش‬‫ز‬‫پردا‬ ‫ش‬‫و‬‫ر‬‫ترتيبي‬‫ي‬‫مواز‬
‫توابع‬(left brained)(right brained)
‫ي‬‫اگير‬‫ر‬‫ف‬ ‫ش‬‫و‬‫ر‬
‫قواعد‬ ‫كمك‬ ‫به‬
(didactically)
‫مثال‬ ‫با‬
(Socratic ally)
‫برد‬‫ر‬‫كا‬
‫ي‬‫پرداز‬‫ه‬‫ژ‬‫وا‬ ،‫ي‬‫حسابدار‬،
،‫ياضيات‬‫ر‬
‫ديجيتال‬‫تباطات‬‫ر‬‫ا‬
،‫حسگرها‬ ‫ش‬‫ز‬‫پردا‬
‫نوش‬،‫گفتار‬ ‫تشخيص‬،‫تار‬
‫الگو‬

16. ‫ه‬ ‫تئين‬‫و‬‫پر‬ ‫ي‬‫ساختار‬ ‫كالس‬ ‫تعيين‬ ‫جهت‬ ‫معيار‬ ‫انتخاب‬‫ا‬
‫ميگ‬ ‫ت‬‫ر‬‫صو‬ ‫آنها‬‫دوم‬‫ساختمان‬ ‫محتواي‬‫مبناي‬ ‫بر‬ ‫تئينها‬‫و‬‫پر‬ ‫بندي‬ ‫طبقه‬‫يرد‬.
‫از‬ ‫يكي‬‫ر‬‫معيا‬‫هاي‬‫د‬‫ر‬‫مو‬‫تئينهاي‬‫و‬‫پر‬‫ي‬‫ساختار‬ ‫كالس‬ ‫تعيين‬‫جهت‬ ‫انتخابي‬‫مطالعه‬،
‫بوسيله‬ ‫شده‬ ‫استفاده‬‫معيار‬Chou (1995)‫بيان‬ ‫ير‬‫ز‬ ‫ت‬‫ر‬‫صو‬‫به‬ ‫كه‬‫باشد‬ ‫مي‬
‫ش‬ ‫مي‬‫و‬‫د‬:
-‫كالس‬‫تئينهاي‬‫و‬‫پر‬a40%a ‫و‬5%b 
-‫كالس‬‫تئينهاي‬‫و‬‫پر‬b5%a ‫و‬40%b 
-‫كالس‬‫تئينهاي‬‫و‬‫پر‬b/a15%a ‫و‬15%b 
‫از‬ ‫بيش‬‫با‬60%‫صفحات‬b‫همسو‬ ‫ي‬‫مواز‬
-‫كالس‬‫تئينهاي‬‫و‬‫پر‬a+b15%a ‫و‬15%b 
‫از‬ ‫بيش‬ ‫با‬60%‫صفحات‬b‫ناهمسو‬ ‫ي‬‫مواز‬

17. ‫اطالعاتي‬ ‫هاي‬‫بانك‬
‫شد‬ ‫استفاده‬ ‫اطالعاتي‬‫بانك‬ ‫دو‬‫از‬،‫هش‬‫و‬‫پژ‬ ‫اين‬‫در‬.‫د‬ ‫بانك‬ ‫دو‬ ‫اين‬ ‫مشخصات‬‫ر‬
‫است‬ ‫آمده‬‫ير‬‫ز‬ ‫ل‬‫جدو‬:
‫پروتئينهاي‬ ‫تعداد‬
‫كالس‬ab
‫تعداد‬
‫پروتئينهاي‬‫كالس‬
ab
‫پروتئينهاي‬ ‫تعداد‬
‫كالس‬b
‫ك‬ ‫پروتئينهاي‬ ‫تعداد‬‫الس‬
a
30303030Bank 1
30303030Bank 2

18. ‫ي‬‫ساز‬ ‫شبيه‬‫نتيجه‬
‫ي‬‫ز‬ ‫ل‬‫جدو‬ ‫در‬ ‫ا‬‫ر‬ ‫هش‬‫و‬‫پژ‬ ‫اين‬‫از‬ ‫آمده‬ ‫بدست‬ ‫نتايج‬ ‫توان‬ ‫مي‬ ‫خالصه‬ ‫ر‬‫بطو‬‫ر‬
‫نمود‬ ‫مشاهده‬:
‫تئيني‬‫و‬‫پر‬‫كالسهاي‬‫ش‬‫و‬‫ر‬
‫عصبي‬ ‫شبكه‬
‫كالس‬a4/59%
‫كالس‬b25/81%
‫كالس‬a / b2/82%
‫پيشگويي‬ ‫كل‬‫دقت‬07/78%