البكتيريا المعوية تمثل بشكل أساسي ميكروبيوم معقد ومفهوم بشكل غير كامل.ومن يعتقد أن بعض الكائنات الحية تلعب دورًا في وجود أمراض التهابية في الأمعاء ، في حين تعتبر الكائنات الحية الأخرى واقية ، كل هذه المراجعات تستكشف العلاقة بين البكتيريا الموجودة في الجهاز الهضمي السبيل والمضيف.