الرسمية، ومن ثم عضواً في خلية طلاب الكتائب في الجامعة الأميركية، لينتقل مع بداية الحرب إلى النطاق العسكري حيث أصبح مسؤولا عن القوى النظامية في بشري أولاً، ومن ثم مسؤولاً عسكرياً عن منطقة الشمال ككل في خريف العام 1978. مع بداية العام 1983 وعلى أثر تدهور الأوضاع في الشوف وعاليه، طلب منه تحمل المسؤولية العسكرية في القطاع الأعلى من هاتين المنطقتين. بعدها تسلم رئاسة الأركان في القوات اللبنانية ككل في العام 1985.
في 15 كانون الثاني 1986، قاد سمير جعجع حركة ضد الاتفاق الثلاثي الذي رعته سوريا ليصبح بعدها قائدا للقوات اللبنانية بعد إطاحة ايلي حبيقة رئيس الهيئة التنفيذية آنذاك وأحد موقعي الاتفاق الثلاثي.
مع تسلمه قيادة القوات اللبنانية إنصرف سمير جعجع الى إطلاق ورشة عمل داخل القوات ممّا جعلها في غضون سنوات قليلة جداً رائدة على الصعد التنظيمية والسياسية والاعلامية والانمائية والاجتماعية.
إنخرط سمير جعجع في رهان السلم الأهلي وطي صفحة الحرب وبناء الدولة فوافق على إتفاق الطائف الموقع عام 1989 وقام طوعا بحلّ الجناح العسكري- الأمني للقوات اللبنانية لتتحول هذه الأخيرة الى العمل السياسي بكل ما للكلمة من معنى.
في 24 كانون الثاني 1990 عيّن سمير جعجع وزير دولة في حكومة الرئيس عمر كرامي، أول حكومة بعد نهاية الحرب، لكنه رفض المشاركة لاختلال التوازن في الحكومة وللونها السوري الفاقع.
في 16 ايار 1992 عيّن وزيرا في حكومة الرئيس رشيد الصلح، لكنه استقال فور صدور مرسوم تأليف الحكومة للأسباب عينها.
إزاء محاولات السوريين المتمادية والخطيرة لإنتهاك روح اتفاق الطائف ومضمونه، وعدم رضوخ سمير جعجع لها وإصراره على تطبيق اتفاق الطائف بحذافيره، خصوصاً في ما يتعلق بالتوازن الداخلي من جهة وفي موضوع اعادة التموضع السوري إلى البقاع من جهة أخرى، اشتدت حملة النظام الامني السوري اللبناني على القوات اللبنانية في محاولة للضغط عليها لتغيير موقفها، ولكن دون جدوى، مما دفع القيادة