文献検索, academic skills, PubMed, medical writing

1. 文献検索セミナー
PubMed編
神奈川県立こども医療センター
臨床研究所図書室 渡辺真希子
mwatanabe@kcmc.jp 2013/8/28

2. 本日の内容
1. PubMedの使い方
1.1 検索演習
1.2 MeSHの補足
1.3 検索の基礎知識
1.4 その他機能
2. 文献の収集と管理
3. Publication Ethics
2

3. こんな経験は
ありませんか？
3

4. 検索式に着目！
[All Fields]は,タグ付けされた
すべての検索項目を検索する
ことを意味するため, 本当に
検索したいもの以外も拾ってし
まいノイズの多い検索結果に
なってしまいます.
[All Fields]を減らして, 効率的
な検索をするには…
この時PubMed
は裏で何をして
いるの？
4

5. 若年層の食事とメディアの関係についてRCTの文献
を探そうと思ったら…
「急性中耳炎の予防にキシリトールが効果がある？」
という論文が出てきてしまった…orz
こんな経験は
ありませんか？
5

6. １. PubMedの使い方
検索演習

7. 1. PubMedの使い方
PubMedとは, NLM(米国国立医学図書館)内の,NCBI(国立生
物化学情報センター)が作成しているデータベース. 世界の
主要医学系雑誌等に掲載された文献を検索することができ
ます. なお, PubMedのベータソースは, MEDLINEとNon-
MEDLINEから構成されています.
収録分野 生物医学,ヘルス（医学, 看護学, 歯学, 獣医学, 薬学, 健康
科学,介護を含む）
収録誌 約5,900誌, 80か国以上30言語＊約90%英語
収録期間 1946-現在
データ更新 週5回（火～土） 1月-10月（2,000～4,000件/1日）
アクセス/1日平均 約300万件（Google経由で55万件）
日本語収録雑誌 約640誌（カレント162誌） （2010年）
1880-1961年の医学文献を検する場合
Index Cat http://www.nlm.nih.gov/hmd/indexcat/ichome.html
概要
7出典：岩下愛. 山下ユミ. 図解PubMedの使い方.第4版

8. Search box
PubMed 1 PubMedﾄｯﾌﾟ
My NCBI
Advanced search
使い方 ツール その他リソース
・ﾓﾊﾞｲﾙPubMed
・文献ﾃﾞｰﾀの確認検索
・複数論文の文献ﾃﾞｰﾀ
一括検索
・EBM検索
・特定主題検索
・MeSH DB(ｼｿｰﾗｽ)
・誌名 DB
・臨床試験
・E-Utilities
・ﾘﾝｸｱｳﾄ 8

9. 9
PubMed 2 MeSH Browser
MeSH画面1

10. 10
PubMed 3 MeSH Browser
MeSH画面2
拡大してみると
…[All Fields]は
ついていない

11. 11
PubMed 4 検索結果(MeSHを使った結果)
1
2

12. 12
PubMed 5 検索結果(Advanced機能を使う)
#11&#16の
クエリを掛け合
わせます

13. 13
PubMed 6 検索結果(filters機能を使う)
4
3

14. 14
PubMed 7 検索結果(filters機能を使う)
5
Filters機能は①出版時期.②文献の種類,③種,
④ｻﾌﾞｾｯﾄ,⑤無料電子J全文ﾘﾝｸ･抄録の有無,
⑥言語,⑦性別,⑧年齢,⑨検索ｷｰﾜｰﾄﾞの種類で
構成されています.
確認してみると
[All Fields]はつ
いていない

15. 6件中3件は抄録を
読んでみたい…
かな?
先ほどの問題は
解決したのか?
15

16. 検索式に着目！
[All Fields]は,タグ付けされた
すべての検索項目を検索する
ことを意味するため, 本当に
検索したいもの以外も拾ってし
まいノイズの多い検索結果に
なってしまいます.
[All Fields]を減らして, 効率的
な検索をするには…
この時PubMed
は裏で何をして
いるの？
「自動マッピング機能」で索引
語であるMeSHに変換機能は
あるけれど…
16
PubMed 8

17. PubMed 9 検索結果(詳細)
17

18. PubMed 10 検索結果(詳細)
Publication Typesは, 論
文の種類を表わします.
MeSH Termsは, 使用し
た以外に付与されてい
るMeSHの一覧です.
Substancesは, 要旨.
Grant Supportは, 研究
に使用した研究費が記
載されています.
18

19. PubMed 11 検索結果(詳細)
Full Text Sourcesは,全
文の入手先を示します.
Other Literature
Sourcesは, Full Text
Sources以外の文献入
手方法を示します.
Medicalは, Medline Plus
等の医学情報サイトにリ
ンクアウトします.
19

20. １. PubMedの使い方
MeSHの補足

21. MeSHは, 一般にｼｿｰﾗｽと呼ばれ, 広義に文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽで使用している語全て
を指しますが, 狭義では, 検索の際, 優先的に使用される語を指します. これを
「見出し語｣, もしくは医中誌ではｼｿｰﾗｽ, PubMedではMeSHと呼びます.
21
検索語
自然語
利用者が思いつく単語・言葉
ｺﾝﾋﾟｭｰﾀが自動判別する語
シソーラス
見出し語（ｼｿｰﾗｽ･MeSH）
類義語
文献検索に必要な検索語は性質
上,自然語とシソーラスの2種類にな
ります. シソーラスは,各ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽの
作成者が一定のﾙｰﾙに基づいて順
序化した言葉を指し,文献検索を効
率良くする役目を持っています.
1. PubMedの使い方(補足
MeSHの定義
(ﾃｸﾆｶﾙﾀｰﾑ/統制語)
MeSHは最新/古い語に弱い

22. neoplasms
MEDLINEで優先される語
がんを表す自然語
Cancer, Neoplasms, Tumor
1. PubMedの使い方(補足
MeSHの仕組み
22
MeSHの付与
(Medical Subject Headings)

23. 1. PubMedの使い方(補足
MeSHの仕組み
（Tree構造）
23
一つの検索語には，上位の
概念（広義）と下位の概念
（狭義）が存在します. それぞ
れが検索語になるので，検
索したい概念により近い語を
選択してください.

24. 24
PubMed 12 Subheadingsの設定
「Restrict Search …」は
選択したMeSH用語が文
献の中心的主題として索
引された文献だけを検索
するとき.初期設定では中
心的主題だけでなく選択
したMeSH用語が付与され
た文献をすべて検索しま
す.
「Do Not Explode…」は
選択したMeSH用語の下
位語を含めないで検索す
るときにチェックを付けま
す.

25. 25
Subheadingsの考え方
Subheadingsとは, 各用語に共通する大きな
概念について別にまとめたもので, 例えば,「心
臓疾患の治療法」について探す場合,「心臓
疾患」Heart DiseasesをMeSHで選択し,「治療
法」therapyを選択するようになっています.
1. PubMedの使い方(補足

26. 26
MeSHの利点
関心のあるテーマについて書かれた文献を網
羅的かつ排他的に検索できる
1. 検索ノイズの低下をもたらす
2. 単語のゆれをおさえる
3. テーマに必要な知識（キーワード）を補完
してくれる
1. PubMedの使い方(補足

27. １. PubMedの使い方
検索の基礎知識

28. 28
B
感度 = ×100（%）
B + C
A B C
A: 検索ノイズ
B: 適合結果
C: 検索もれ
B
特異性 = ×100（%）
A + B
特異性（精度）は検
索された文献のうち
適合文献の占める割
合で，感度（再現率）
はすべての適合文献
のうち検索されたもの
の割合に相当します.
1. PubMedの使い方(検索基礎
論理演算子1

29. 29
A: 検索ノイズ B: 適合結果 C: 検索もれ
感度重視バランスの良い検索 特異性重視
A
B
C A
B
CA
B
C
論理演算子2
1. PubMedの使い方(検索基礎

30. 30
A: 検索ノイズ B: 適合結果
C: 検索もれ
検索結果
適合結果
A B C
得たい情報
1. PubMedの使い方(検索基礎
論理演算子3

31. その他演算子
31
ips cells
asthma
入力した語が含まれる論文を検索します. 通常, 語と語の
間はAND検索になります.
“ips cells” “”で囲むと, 一連の語として認識して, 指定した語順で出
現する論文を検索します.
egg AND allergy egg allergyの検索を回避するため, 一連の語として認識し
ないように語の間に論理演算子（AND, OR, NOT）を使用し
ます.
nurs* *を語幹の後ろにつけることで, 語尾変化に関わらず関連す
る論文を前方一致で検索します.
ただし, 自動マッピングとMeSHの下位語を含んだ検索では
使用できません.
parkinson disease
AND (infant or
newborn)
()による優先. 通常, 検索式は左から右に処理されますが，
（）を用いることで優先順を変更することができます.
1. PubMedの使い方(検索基礎
出典： 東京大学医学図書館PubMedの使い方. http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

32. こども 太郎 Kodomo T ラストネームとイニシャルの間はス
ペース. イニシャルとミドルは続けて
入力します.Paul E. O’Brrien O’Brrien E
Andrew J. Baker
Alissa C. Baker
Baker A Baker AJあるいはBaker ACも検索.
Baker Aのみ検索する場合は,
Baker A@と入力します. →Baker
Amandaなど.
St. Clair M St Clair M .(ピリオド)は, 入力しません.
Smith AB 3rd
Smith AB Ⅲ
Smith AB ３rd
特殊文字の入力を参照してください.
Vaart JM van der Van der Vaart JM
著者名検索
32
※2002年以降で原著に記載があれば検索可能です.
それ以前は, 刊行年によって登録著者数に制限があります.
1. PubMedの使い方(検索基礎

33. 特殊文字の入力
33
 ギリシャ文字は読みの英語つづりで入力する.
 ウムラウト(̈), アクサンテーギュ(‘)などアクセント記号は省略し, そのままa,eとする.
 ハイフンはスペースに置き換える.
 ！？％などの記号は省略する.
 分子式は, H２O→H2O, 39°→39 degrees C
 ローマ数字は小文字で入力する. Ⅰ→１, Ⅳ→4
1. PubMedの使い方(検索基礎

34. 雑誌名検索
34
New England journal of medicine 正式誌名で入れる場合は, ofは必要.ただし
Theは不要.
N Engl J Med 省略誌名での検索も可能です.
0028-4793 国際雑誌(serial)標準番号.１タイトルに対し
て番号は一つのため,紛らわしいタイトルを確
実に検索したい場合にお勧めです. ただし電
子と冊子でも別番号が振られるため注意が
必要です.
Cell[ta] 検索項目を指定するタグを付与して検索す
ることも可能です. この場合,雑誌名を表わす
[ta]を使用します.
1. PubMedの使い方(検索基礎

35. affiliation [ad] kanagawa children’s
medical center[ad]
author [au]第１著者は[1au] kodomo[au]
journal title/abbreviation [ta] bmj[ta]
language [la] english[la]
MeSH
MesH major topic
[mh]
[majr]
asthma[mh]
Asthma[majr]
publication date* [dp] 2007[dp]
publication type [pt] clinical trial[pt]
unique identifiers [uid] 200202636[uid]
filters機能の参照
35
※Publication typeについては別紙を参照してください.
1. PubMedの使い方(検索基礎

36. １. PubMedの使い方
その他の機能

37. 1. PubMedの使い方
目的のテーマにぴったりの文献を短時間で数件ヒットさせたいとき
に便利です. 疾患について病因, 診断, 治療, 予後について簡単
に検索できます. 一つのキーワードに対して３種類の検索フィル
ターをかけて横断で検索します.
Clinical Queries
37
検索対象:
システマティックレビュー, メタアナリシス, EBM,
レビュー, コンセンサス開発会議, ガイドライン

38. 38
patient
高齢の高血
圧患者に
exposure
降圧薬を投
与すると
comparison
プラセボに
対して
outcome
脳卒中が
減るか
EBMの問題の定式化
【pe(i)co】
1. PubMedの使い方
intervention
exposure
patient
participate
problem

39. 1. PubMedの使い方
おもな機能
① 検索結果, 検索式の保存
② 保存した検索式による検索結果のアラート設定
（関心の高いテーマの論文が出たらメールでお知らせ）
③ PubMedの各種設定の変更
④ 検索結果の長期保存・公開
My NCBI
39
My NCBI
Google
アカウントでも
OK！

40. 2. 文献の収集と管理

41. 41
文献管理
2. 文献の収集と管理

42. 42
電子論文のﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞ
◆ おもな入手方法
1. 文献データベースの所蔵リンクを利用する
2. google ・google scholarのフリーサイトを利用する
2. 文献の収集と管理
文献を扱う上での注意点！
①電子ジャーナルは現在有料のものがその大
半で, 料金は所属機関が支払っています.
②一度に大量にダウンロードすると不正アクセス
とみなされ，組織全体で利用停止などのペナル
ティが科せられます.

43. 43
文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 1

44. 44
文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 2
バナーを押して
はみたものの…

45. 検索結果(詳細)
45
文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 3

46. 46
文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 4
全文を示すバ
ナーがある場合

47. 47
文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 5
全文を示すバ
ナーはないけれ
ど…

48. 48
文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 6
http://www.htc.nagoya-u.ac.jp/No34-1.pdf
大学を示すアド
レスの場合は…

49. 49
モノクロ 50円/1枚
送料 実費
速達の場合 270円／1部※カラー依頼先によって異なります
図書の現物取寄せ（借受）も可能です
他機関からの取寄せ
センター所蔵
モノクロ 4F図書室コピー室
カラー 4F図書室事務室内検索PC
複写する際は,
著作権を守りま
しょう！
複写
2. 文献の収集と管理

50. 3. Publication Ethics

51. 51
 倫理的配慮
人及び動物が対象の研究は,投稿者所属の施設もしくは研究参加者が所在する施設の
研究倫理審査委員会で承認された者でなければならない.
 重複発表
 患者のprivacy保護
 Authorship
a. 研究の構想とﾃﾞｻﾞｲﾝに携わったか、またはﾃﾞｰﾀの解析と
解釈をした人
b. 論文の下書きを書いたか、または重要かつ知的な内容を指摘し
訂正を加えた人
c. 最終的に発表される内容に賛同している人
gift authorshipは慎重に…
3. Publication Ethics
生物医学雑誌への投稿に関する統一規定: http://www.icmje.org/
日本語訳: http://www.med.nihon-u.ac.jp/library/uniform_requirements2010.pdf

52. ご清聴ありがとうございます