言語系統樹と雑煮の祖先形質復元（Kashiwa.R #2）
- 1. 言語系統樹と
雑煮の祖先形質復元
田村光平
2012年3月3日土曜日
- 2. 目次
• 祖先形質復元の簡単な紹介
• 雑煮の祖先形質復元
2012年3月3日土曜日
- 3. 祖先形質復元
• 系統樹の情報から形質の歴史を追跡
• 祖先形質が推定できる
• 進化のパターンがわかる
2012年3月3日土曜日
- 4. 牛は母系の敵？
• Holden and Mace (2003)
• 家畜（牛）を所持すると母系から父系へ
2012年3月3日土曜日
- 5. 解析用ソフトウェア
• 系統樹作成
• MrBayes, RAxML, Phylip...
• 祖先形質復元
• Mesquite, BayesTraits...
2012年3月3日土曜日
- 6. 解析用ソフトウェア
• 系統樹作成Rでもできる？
• MrBayes, RAxML, Phylip...
本当は「それRでもできるよ！」って書きたかった...
• 祖先形質復元
• Mesquite, BayesTraits...
2012年3月3日土曜日
- 7. 雑煮の進化パターンを探る！
全国お雑煮文化圏地図
http://tg.tripadvisor.jp/Zouni/
2012年3月3日土曜日
- 8. 雑煮の起源
• 丸餅・宗教儀礼からの転用？
• 角餅・野戦食？
2012年3月3日土曜日
- 9. 今回やったこと
• 日本語の言語系統樹をRで作成
• 雑煮の祖先形質復元
• 餅の形（丸・四角）
• 餅の調理方法（焼く・煮る）
2012年3月3日土曜日
- 13. 言語データ
• Lee and Hasegawa (2011)から
• 北海道、沖縄を除いた45都道府県
• ?を除いた563語
2012年3月3日土曜日
- 15. 言語データ
ある単語
2012年3月3日土曜日
- 16. library("ape")
prefecture<-c("Hokkaido","Aomori","Iwate","Miyage","Akita","Yamagata","Fukushima","Ibaraki","Tochigi"
,"Gunnma","Saitama","Chiba","Tokyo","Kanagawa","Nigata","Toyama","Ishikawa","Fukui","Yamanashi","Naga
no","Gifu","Shizuoka","Aichi","Mie","Shiga","Kyoto","Osaka","Hyogo","Nara","Wakayama","Tottori","Shimane",
"Okayama","Hiroshima","Yamaguchi","Tokushima","Kagawa","Ehime","Kochi","Fukuoka","Saga","Nagasaki","
Kumamoto","Oita","Miyazaki","Kagoshima")
dat<-matrix(scan("data.txt",sep=","),nrow=563,ncol=46)
dat<-t(dat)
rownames(dat)<-prefecture
dat.d<-dist.gene(dat)
dat.nj<-bionj(dat.d)
plot(dat.nj)
2012年3月3日土曜日
- 17. library("ape")
prefecture<-c("Hokkaido","Aomori","Iwate","Miyage","Akita","Yamagata","Fukushima","Ibaraki","Tochigi"
,"Gunnma","Saitama","Chiba","Tokyo","Kanagawa","Nigata","Toyama","Ishikawa","Fukui","Yamanashi","Naga
no","Gifu","Shizuoka","Aichi","Mie","Shiga","Kyoto","Osaka","Hyogo","Nara","Wakayama","Tottori","Shimane",
"Okayama","Hiroshima","Yamaguchi","Tokushima","Kagawa","Ehime","Kochi","Fukuoka","Saga","Nagasaki","
NJ法で系統樹を作成
Kumamoto","Oita","Miyazaki","Kagoshima")
dat<-matrix(scan("data.txt",sep=","),nrow=563,ncol=46)
dat<-t(dat)
rownames(dat)<-prefecture
dat.d<-dist.gene(dat)
dat.nj<-bionj(dat.d)
plot(dat.nj)
2012年3月3日土曜日
- 18. だいたい九州
だいたい中国・四国
だいたい関東
だいたい東北
だいたい東海
だいたい関西
2012年3月3日土曜日
- 19. だいたい九州
だいたい中国・四国
だいたい地方ごとにクラスタを
だいたい関東
形成している …気がする
だいたい東北
だいたい東海
だいたい関西
2012年3月3日土曜日
- 20. 祖先形質復元
ace(character, tree)
2012年3月3日土曜日
- 21. うまくいきませんでした
• 形質が1つだと推定できるのだが…
• 離散形質だと使えない機能がある
2012年3月3日土曜日
- 24. 最節約法
丸餅 煮る
角餅 焼く
2012年3月3日土曜日
- 25. 最尤法
丸餅 煮る
角餅 焼く
2012年3月3日土曜日
- 26. BayesTraits
http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesTraits.html
2012年3月3日土曜日
- 27. 角・焼 角・煮
0.021
0.003
0.000 0.018 0.016 0.004
0.171
0.036
丸・焼 丸・煮
2012年3月3日土曜日
- 28. 角・焼 角・煮
0.021
「丸・焼」型か「丸・煮」型が
0.003
0.000 0.018 0.016 0.004
祖先形質である可能性が高い
0.171
0.036
丸・焼 丸・煮
2012年3月3日土曜日
- 29. まとめ
• 雑煮の祖先型は丸餅であった可能性
• 「丸餅・焼」型は「丸餅・煮」型へ移行する傾向？
2012年3月3日土曜日
- 30. 反省点
• 系統樹の作成方法
• 水平伝播の影響
2012年3月3日土曜日
- 31. まとめ
• 系統樹の作成・祖先形質復元がRでもそこ
そこできる
• 進化解析を文化に応用すると面白いこ
とがわかるかもしれない
2012年3月3日土曜日
