Los Agentes Fantasmas son un grupo de ninjas que se dedican a proteger la ciudad en secreto. El líder del equipo es Bukai Gekko, un experimentado ninja que entrena a los nuevos reclutas en las artes marciales y les enseña a utilizar sus habilidades de manera responsable para el bien de la comunidad. Juntos luchan contra las fuerzas del mal de manera sigilosa y eficiente para mantener a salvo a los ciudadanos sin que sepan de su existencia.