FruitBreedomics KOM Stakeholders meeting 31-03-2011 9 WP7 presentation and feedback session
1. WP7: Tools and data management Laura Rossini on behalf of WP leader Alessandra Stella PTP, Italy [email_address]
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10. Interaction with other WPs Breeder interface PBA Novel Phenotype GWA Descriptive phenotypes
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Editor's Notes
And of course, during the time between the development of the project and ita approval, sequencing and annotation project have come to a good point. We therefore need to relate our phenotypic and genotipic information to genome and annotation info produce by this project.
Le parti in rosso sono quelle da implementare, in verde da integrare. Questo considerando di tenere la struttura di AppleBreed come centrale e di integrarla con dati e funzionalità accessorie.
CDM = conceptual Data Model LDM = Logical Data Model Probabilmente sarebbe meglio appoggiarsi alla struttura del db di AppleBreed (mantenere le stesse chiavi per le interconnessioni fra tabelle/database) ed integrare i dati del GDR. Poi per interrogazione e visualizzazione potremmo strutturare una nostra interfaccia utilizzando i moduli già pronti in AppleBreed (PHP) ed integrandoli dove serve, appoggiando poi il tutto ad un nostro gbrowse come trait d’union fra i marcatori ed i QTL con relativa analisi. Resterebbero da implementare le parti dell’introduzione dati da parte degli utenti, l’analisi dei QTL (retrieval dei geni, analisi delle ontologie, identificazione di pathway coinvolti) e le interfacce mancanti per l’interrogazione e la visualizzazione dei risultati (da aggiungere a quelle già esistenti di AppleBreed)
![WP7: Tools and data management Laura Rossini on behalf of WP leader Alessandra Stella PTP, Italy [email_address]](https://image.slidesharecdn.com/fruitbreedomicskomstakeholdersmeeting31-03-20119wp7presentationandfeedbacksession-111008070713-phpapp02/85/FruitBreedomics-KOM-Stakeholders-meeting-31-03-2011-9-WP7-presentation-and-feedback-session-1-320.jpg)
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