ANOVA

1. R in life science
~Rで分散分析の基礎~
YOSHIKI TOMITA

2. なますて！

3. 複数の群を含むデータを比較したい

4. Dataset “chickwts”を例に
群 餌 英名 その餌を食べて6 週間育った鶏の体重(g) 例数
1 カゼイン casein
368, 390, 379, 260, 404, 318,
352, 359, 216, 222, 283, 332
12
2 ソラマメ horsebean
179, 160, 136, 227, 217, 168,
108, 124, 143, 140
10
3 アマニの種 linseed
309, 229, 181, 141, 260, 203,
148, 169, 213, 257, 244, 271
12
4 肉の配合餌 meatmeal
325, 257, 303, 315, 380, 153,
263, 242, 206, 344, 258
11
5 大豆 soybean
243, 230, 248, 327, 329, 250,
193, 271, 316, 267, 199, 171,
158, 248
14
6 ヒマワリの種 sunflower
423, 340, 392, 339, 341, 226,
320, 295, 334, 322, 297, 318
12

5. まずはデータを観察

6. グラフを観察

7. グラフを観察
平均値と95%信頼区間のグラフ。
平均には差がありそう。分散
は？（等分散が仮定できるか）。

8. 等分散性の検定（バートレット検定）
P-value = 0.66 >0.05 より帰無仮説が棄却されない（分散に差があ
るとは言えない）。
→等分散とみなしてANOVAにかける。

9. 一元配置分散分析

10. 分散分析から多重比較へ
ANOVA（分散分析）：どの群とどの群に有意差があるのか
まではわからない。
多重比較：どの群とどの群が同じ/違うのかを検定できる
（TukeyのHSD検定など）。
各種検定方法はデータの分布、等分散性、対応関係、サ
ンプル数などの条件から選択する。

11. TurkeyのHSD検定

12. 参考文献・ブログなど
バイオ実験に絶対使える統計の基本Q&A （監修：秋山徹、羊土社）
バイオインフォマティクス入門 http://bio-info.biz/
Rによるデータの統計的取り扱い/３つ以上の平均の比較
http://igproj.com/zone1/index.php?FrontPage
R言語で統計解析入門
http://monge.tec.fukuoka-u.ac.jp/r_analysis/0r_analysis