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資料標準及共通欄位
TaiBIF 內容經理 劉璟儀
除所引第三⽅素材皆隨⾴標註另有宣告者外,本簡報採 CC0-1.0 公眾領域貢獻宣告 發布釋出。
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理想的資料開放流程
3
理想的資料開放流程
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Checklist (taxon)
名錄
屬於某⼀類別的物種
清單
p 以物種學名為單位
p 不需要有數據、時間、詳
細地點
p 常為地區性調查資料
p 如圖鑑、動物誌、植物誌
Occurrence
出現紀錄
帶有時間和空間資
訊的物種出現紀錄
p 要有時間、地點
p 物種不⼀定要鑑定
到種階層
p ⼤多研究資料屬於
此類
Sampling event
調查活動
經過取樣設計的⽣物多
樣性調查資料
p 要有時間、地點、取
樣⽅法
p 基於⼀套試驗設計所
做的調查
Metadata
詮釋資料
⽤來說明資料的背景資
訊,但不包含在資料中
p 如計畫名稱、計畫⽬
的、計畫描述、參與
⼈員、授權⽅式等
Darwin Core 標準
說明
資料集類型
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Checklist (taxon)
名錄
屬於某⼀類別的物種
清單
p 以物種學名為單位
p 不需要有數據、時間、詳
細地點
p 常為地區性調查資料
p 如圖鑑、動物誌、植物誌
Occurrence
出現紀錄
帶有時間和空間資
訊的物種出現紀錄
p 要有時間、地點
p 物種不⼀定要鑑定
到種階層
p ⼤多研究資料屬於
此類
Sampling event
調查活動
經過取樣設計的⽣物多
樣性調查資料
p 要有時間、地點、取
樣⽅法
p 基於⼀套試驗設計所
做的調查
Metadata
詮釋資料
⽤來說明資料的背景資
訊,但不包含在資料中
p 如計畫名稱、計畫⽬
的、計畫描述、參與
⼈員、授權⽅式等
Darwin Core 標準
說明
資料集類型
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源 自 美 國 長 期 生 態 研 究 團 隊 的 資 料 標
準 , 對 於 研 究 資 料 集 ( d a t a s e t ) / 研 究 計
畫 內 容 的 描 述 欄 位
Metadata 詮釋資料 ⼤概有這些
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Metadata 詮釋資料 ⻑這樣
臺灣繁殖⿃類⼤調查 BBS Taiwan
簡單來說就像名片
讓別⼈對這個資料集有初步概念
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Metadata 詮釋資料 ⻑這樣
臺灣繁殖⿃類⼤調查 BBS Taiwan
簡單來說就像名片
讓別⼈對這個資料集有初步概念
IPT 資料上傳重點!
Checklist (taxon)
名錄
屬於某⼀類別的物種
清單
p 以物種學名為單位
p 不需要有數據、時間、詳
細地點
p 常為地區性調查資料
p 如圖鑑、動物誌、植物誌
Occurrence
出現紀錄
帶有時間和空間資
訊的物種出現紀錄
p 要有時間、地點
p 物種不⼀定要鑑定
到種階層
p ⼤多研究資料屬於
此類
Sampling event
調查活動
經過取樣設計的⽣物多
樣性調查資料
p 要有時間、地點、取
樣⽅法
p 基於⼀套試驗設計所
做的調查
Metadata
詮釋資料
⽤來說明資料的背景資
訊,但不包含在資料中
p 如計畫名稱、計畫⽬
的、計畫描述、參與
⼈員、授權⽅式等
Darwin Core 標準
說明
資料集類型 再複習⼀下
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GBIF/ TaiBIF & 國際⽣物多樣性資料庫常在使⽤…
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達爾文核⼼標準-詞條快速查詢檢索表
https://dwc.tdwg.org/terms/
1- 詞條類別區
2- 個別類別下的詞條內容
( 意 即 可 用 的 欄 位 名 稱 )
3- 每個詞條的定義、
格式和範例說明
如 何 快 速 找 到 想 要 的 詞 條 ?
Darwin Core Category 詞條類別
DwC
Terms
Record-level
Occurrence
Organism
MaterialSample
Event
Location
Geological
Context
Identification
Taxon
Measurement
OrFact
Resource
Relationship
基本資訊 ID,授權,資料來源…
調查資訊 ⽇期時間,⽅法…
紀錄資訊 數量,記錄者,多媒體…
地點資訊 經緯度,地點…
鑑種資訊 鑑定者,鑑種狀態…
分類資訊 學名,俗名…
測量值 體⻑,溫度…
注意:這裡的taxon, occurrence, event只是⼀種詞條類別,
並非指資料集類型
Checklist (taxon)
名錄
屬於某⼀類別的物種清單
p 以物種學名為單位
p 不需要有數據、時間、地
點
p 常為地區性調查資料
p 如圖鑑、動物誌、植物誌
Occurrence
出現紀錄
帶有時間和空間資訊
的物種出現紀錄
p 要有時間、地點
p 可以沒有物種學名
p ⼤多研究資料屬於
此類
Sampling event
調查活動
經過取樣設計的⽣物多樣性調
查資料
p 要有時間、地點、取樣⽅
法
p 基於⼀套試驗設計所做的
調查
Metadata
詮釋資料
⽤來說明資料的背景資
訊,但不包含在資料中
p 如計畫名稱、計畫⽬
的、計畫描述、參與
⼈員、授權⽅式等
Darwin Core 標準
說明
各類型資料 必填欄位
occurrenceID
basisOfRecord
eventDate
scientificName
individualCount
locality
decimalLatitude
decimalLongitude
geodeticDatum
countryCode
taxonID
scientificName
taxonRank
eventID
eventDate
samplingProtocol
sampleSizeValue
sampleSizeUnit
samplingEffort
Basic Metadata
Project Data
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⼗進位座標
名錄 ID
學名
分類階層
出現紀錄 ID
紀錄類型
紀錄⽇期
學名
個體隻數
地點
⼤地基準
調查活動ID
調查⽇期
調查⽅法
採樣量單位
採樣努⼒量
基本詮釋資料
計畫資訊
國家代碼
採樣量/範圍
Checklist (taxon)
名錄
屬於某⼀類別的物種清單
p 以物種學名為單位
p 不需要有數據、時間、地
點
p 常為地區性調查資料
p 如圖鑑、動物誌、植物誌
Occurrence
出現紀錄
帶有時間和空間資訊
的物種出現紀錄
p 要有時間、地點
p 可以沒有物種學名
p ⼤多研究資料屬於
此類
Sampling event
調查活動
經過取樣設計的⽣物多樣性調
查資料
p 要有時間、地點、取樣⽅
法
p 基於⼀套試驗設計所做的
調查
Metadata
詮釋資料
⽤來說明資料的背景資
訊,但不包含在資料中
p 如計畫名稱、計畫⽬
的、計畫描述、參與
⼈員、授權⽅式等
Darwin Core 標準
說明
各類型資料 必填欄位
occurrenceID
basisOfRecord
eventDate
scientificName
individualCount
locality
verbatimLatitude
verbatimLongitude
verbatimCoordinateSystem
geodeticDatum
countryCode
taxonID
scientificName
taxonRank
eventID
eventDate
samplingProtocol
sampleSizeValue
sampleSizeUnit
samplingEffort
Basic Metadata
Project Data
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其他座標
名錄 ID
學名
分類階層
出現紀錄 ID
紀錄類型
紀錄⽇期
學名
個體隻數
地點
⼤地基準
調查活動ID
調查⽇期
調查⽅法
採樣量/範圍
採樣量單位
採樣努⼒量
基本詮釋資料
計畫資訊
座標系統
國家代碼
有沒有發現
有個欄位很重要?
三種類型的資料都有的
18
有沒有發現
有個欄位很重要?
沒錯,就是 ID !
19
為什麼 ID 重要?
• 避免資料重複發布
• 資料庫系統識別資料的依據
taxonID, occurrenceID, eventID
20
?
??
設定ID原則:
• 在資料集中不能重複
• 可設定有意義的序號 or
全球唯⼀識別碼
21
設定ID原則:
• 可設定有意義的序號-範例
22
典藏資料
urn:catalog:UWBM:Bird:89776
機構代碼+類群+館藏號
⽣態調查資料
TPE-230913-01
樣區/地點名稱+⽇期+調查次
設定ID原則:
• 全球唯⼀識別碼
沒有強制要什麼格式,但如果你對於設定
什麼格式的序號沒特別想法的話……
23
設定ID原則:
• 全球唯⼀識別碼
24
推薦 GUID/UUID !
• 隨機亂數產⽣
• 重複機率趨近於零
線上UUID 產⽣器
https://www.uuidgenerator.net/
線上GUID 產⽣器
https://www.guidgenerator.com/
最主要目的:
讓資料使用者取得資料
時可自行判斷重複資料
當我選好了某個資料類型
也填了必填欄位
那我剩下其他的資料怎麼辦?
GBIF的資料結構:Star schema 星芒架構
25
Extension
GBIF資料結構
Star schema 星芒架構
Extension
延伸資料表
Extension
Extension
Extension
Extension
Extension Extension
補
充
說
明
要有同⼀個key
Core
核⼼資料表
26
想像成一個 excel
表不同分頁的概念
Extension
GBIF資料結構
Star schema 星芒架構
Extension
Extension
Extension
Extension
Extension
Extension Extension
補
充
說
明
要有同⼀個key
Taxon
Occcurrence
Event
27
Core 的 ID 連結
Core 和 Extension
GBIF資料結構
Star schema 星芒架構
28
Core
核⼼資料表
Extension
延伸資料表
Metadata
詮釋資料
Dataset
資料集
Taxon
Core
Other
Extension
Other
Extension
Extension
Vernacular Names
Checklist
GBIF資料結構
29
通常是以名錄、
⽣物誌為主
Checklist
GBIF資料結構
30
Core
Extension
Vernacular Names Extension:
https://rs.gbif.org/extension/gbif/1.0/vernacularname.xml
學名 界 ⾨ 綱 俗名
Occurrence Data
Occurrence
Core
(occurrence)
Extension
MeasurementOrFact
GBIF資料結構
31
e.g. 標本紀錄、野外隨機觀
察紀錄、⾃動相機紀錄
Occurrence Data
GBIF資料結構
32
m001
measurementID
m002 total weight 1650 g
AMNH16324
occurrenceID
Extension
Core
Darwin Core Measurement or Facts Extension:
https://rs.gbif.org/extension/dwc/measurements_or_facts_2022-02-02.xml
擁有者 紀錄類型 學名 個體隻數 ⽣活史階段 調查⽇期 地點
量測值ID 量測值類型 量測值 量測值單位
⼀筆紀錄可對應不同類型的量測值,
如⼀隻⿂的體⻑、體重等
Event
Core
Extension
Occurrence
Extension
MeasurementOrF
act
在此調查活動中
開花株數為 5 株
觀察到⼀種植物
Sampling-event
GBIF資料結構
33
系統性的調查資料
特定⽅法、時間、路線
Sampling-event
GBIF資料結構
34
eventID
event
Date
sampling
Protocol
sample
SizeVal
ue
sample
SizeUnit
TW_20210
827-01
2021-
08-27
回播法 200 m
TW_20210
827-02
2021-
08-27
沿線調查 5
square
metre
TW_20210
827-03
2021-
08-27
⾃動相機
監測法
10 days
eventID occurrenceID basisOfRecord scientificName
individual
Count
TW_2021
0827-01
TW_2021082
7-01_occ001
HumanObserva
tion
Pitta nympha 2
TW_2021
0827-01
TW_2021082
7-01_occ002
HumanObserva
tion
Urocissa
caerulea
4
TW_2021
0827-02
TW_2021082
7-02_occ001
HumanObserva
tion
Macaca
cyclopis
6
TW_2021
0827-02
TW_2021082
7-02_occ002
HumanObserva
tion
Callosciurus
erythraeus
2
Extension
Core
⼀次的調查活動(同⽇期同樣區同⽅法),
會包含數筆物種出現紀錄,將與物種相關
的紀錄分成另⼀張延伸資料表
Darwin Core Occurrence:
https://rs.gbif.org/core/dwc_occurrence_2022-02-02.xml
採樣量/範圍 採樣量單位
調查⽅法
調查⽇期
出現紀錄ID 紀錄類型 學名 個體隻數
Extension 有哪些?
35
https://rs.gbif.org/extensions.html
怎麼把現有的資料
對應Darwin Core呢?
簡單步驟說明
36
⾃⼰的
資料欄位
37
搜尋符合的
DwC欄位名稱
參考 DwC quick reference guide
把欄位名稱換掉
& 加上 ID
注意是否包含必要欄位
分成 Core
和 Extension
可拆成不同分⾴或不同檔案
確認兩者可以
對應到同⼀個ID
Extension 那裡最好也要有 Core的ID
完成!
1 2 3
4 5 6
怎麼把現有的資料
對應Darwin Core呢?
來看看實際例⼦
38
39
Occurrence
Sampling event
台博館⽣物典藏資料集
臺灣農業⻑期⽣態監測⽣物資料集
台灣海⿔⽬擊紀錄
⽣態調查監測資料
玉山國家公園SILIC聲音辨識鳥類資料集
Checklist (Taxon)
台灣454種⿃類特徵資料庫
覺得剛剛說的不容易記得嗎?
這裡有⼩抄!
各類型資料的達爾文核⼼標準 (DwC) 必填欄位彙整說明
https://hackmd.io/TmsAwdC6TaGr-lciIwxh3g?view
40
DwC 常⾒問題羅列
Q & A
假設第⼀次發布資料時選⽤了 Occurrence Core,後續可再更改為
Sampling-Event Core 嗎?
不⾏ ,選 了 以後 不能 更動,只能刪除重來
需要為了配合 GBIF 的資料標準⽽徹底改變⽬前所⽤ (且有可能是使⽤已久) 的表單格式嗎?
能塞 的先 塞 進去
只要 不要 ⽤ PD F或 word 來儲存 d ata ,都有機會可以慢慢對應完全
不要 ⽤合 併 儲存 格( 很重要!!)
⼀個資料集中的 taxonID、occurrenceID、eventID 所採⽤的數值能相同嗎?
不建議 ,容 易mis s 掉或容易出錯
當資料中涉及基因資料時應如何處理?
⽤ D NA 的 ex te n s ion ,或使⽤ as s oc iate d S e q u e n c e s這 個 詞 條 來 附 上 已
開 放 至 NC B I ( 或 其 他 基 因 資 料 庫 ) 的 基 因 序 列 URL 連 結
更新已發布⾄ IPT 上的資料集時可新增額外的 Extension(s) 嗎?
可以, ⼀個 核⼼ 資料 集( C ore ) 可對應多個延伸資料集 ( Ex te n s ion )
捕捉到蜥蜴後也發現其⾝上有寄⽣蟲,此為某研究之重要資訊,該如何記錄寄⽣
蟲之數量與形質資料?
可以⽤ Re s ou rc e Re lation s h ip這 個 Ex te n s ion 來 記錄
兩者間 的關 係( 寄 ⽣、被寄⽣ ) 可⽤ re lation s h ip Of Re s ou rc e來描述
數量可 以⽤in d iv id u alC ou nt 記錄
寄⽣蟲 的相 關量 測數 值可以⽤M e as ure me ntOr Fac t
要如何保存特定兩筆 occurrence 間的關聯性?比如說,⽬擊⼀隻蝶類幼蟲正在
取食⼀株植物的葉片,則兩者間「取食者」和「被取食者」間的關聯性可被如
何記錄?
回答同 上⼀ 題
occurrenceID type identifier
occ1 StillImage https://flic.kr/p/24m4EbL
occ2 StillImage https://flic.kr/p/EupFem
若 occurrence 存在與其相應的多媒體資料(圖片、影片、錄⾳),應如何記錄?
可考慮 利⽤ S imp le M ultime dia 這個 Ex te n s ion 所提供 的詞條
(https://tools.gbif.org/dwca-validator/extension.do?id=gbif:Multimedia)
Darwin Core Resource Relationship
或⽤ as s oc iate d M e d ia這個詞條來記錄 其 URL 連結
注意, G B I F平台 不 提供多媒體的 倉儲, 所以 要另外存放,再提供每張照片或影片等的
UR L 連結。 免費 的多媒體倉 儲地⽅ : d e p os itar 研究資料寄存所 、 Ze n od o
實 作 練 習 時 間
每組可互相討論 可請教助教
最後請⼀位組員分享
到 15:40
46
⽰範案例
Occurrence_case1
1 2 3 4
1 2
5 6 7 8 9
3 4 5 6 7
8 9 8+9
要⾃⾏新增,
Occurrence 必填欄位
Personal
案例練習
48
1. 選擇 Occurrence_Luku_sample 或
SamplingEvent_bbstaiwan_練習_v202305
2. 試將這份表單中的資料欄位對應 “mapping” 到
Darwin Core (DwC)的欄位名稱
3. 確認是否需要分 core 和 extension
scientificName
scientific name
Scientific Name
sciName
name
名字
學名
DwC 標準
注意是否有缺必填欄位,若有則需要⾃⾏補充
案例練習
49
我要如何知道我原始資料表單中的欄位要對應
到 DwC 的哪個詞條?
1. 趕快趁現在與助教討論
2. 快速查詢 DwC 資料欄位標準英文定義
http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm
3. 查閱 DwC 資料欄位延伸資料集的內容
https://rs.gbif.org/extensions.html

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會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學會考數學
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