Supporting bioinformatics applications with hybrid multi-cloud servicesAhmed Abdullah
ElasticHPC Supports the creation and management of cloud computing resources over multiple public cloud Providers Including Amazon, Azure, Google and Clouds supporting OpenStack.
استراتيجيات العلوم والتكنولوجيا والتجديد العالمية المعاصرة (ST&I)Prof. Tafida Ghanem
تعنى استراتيجيات العلوم والتكنولوجيا والتجديد العالمية المعاصرة (Science, Technology, and Innovation (ST&I)) بتسخير العلم والتكنولوجيا لأغراض التنمية فى العصر الحالى، وتتمثل فى السياسات والخطط والبرامج القومية التى تضعها الوزارات المعنية بالعلوم والتكنولوجيا فى الدول المتقدمة والدول الأخذة فى التقدم، وتهدف إلى تطوير البحوث والتنمية وإبداع العلوم فى جميع المجالات على المستوى القومى والعالمى، ودعم التكنولوجيا لخدمة المجتمع وحل المشكلات البيئية وتحقيق التنمية المستدامة والنمو طويل الأجل فى جميع بلدان العالم.
The document outlines the process and requirements for applying for funding from Saudi Arabia's Strategic Technologies Program Grants. Applicants must submit a proposal following a specific format, including an application form, project details, objectives, methodology, budget, and team CVs. Proposals go through an initial review at the applicants' research institution, then a formal review at KACST. Technical reviews are conducted by external reviewers who evaluate innovation, impact, and feasibility. Funding is provided in installments contingent on semi-annual progress reports. Changes to projects must be approved by the CNPSTI committee. The process aims to fund strategic, innovative research through a rigorous peer-reviewed selection process.
Supporting bioinformatics applications with hybrid multi-cloud servicesAhmed Abdullah
ElasticHPC Supports the creation and management of cloud computing resources over multiple public cloud Providers Including Amazon, Azure, Google and Clouds supporting OpenStack.
استراتيجيات العلوم والتكنولوجيا والتجديد العالمية المعاصرة (ST&I)Prof. Tafida Ghanem
تعنى استراتيجيات العلوم والتكنولوجيا والتجديد العالمية المعاصرة (Science, Technology, and Innovation (ST&I)) بتسخير العلم والتكنولوجيا لأغراض التنمية فى العصر الحالى، وتتمثل فى السياسات والخطط والبرامج القومية التى تضعها الوزارات المعنية بالعلوم والتكنولوجيا فى الدول المتقدمة والدول الأخذة فى التقدم، وتهدف إلى تطوير البحوث والتنمية وإبداع العلوم فى جميع المجالات على المستوى القومى والعالمى، ودعم التكنولوجيا لخدمة المجتمع وحل المشكلات البيئية وتحقيق التنمية المستدامة والنمو طويل الأجل فى جميع بلدان العالم.
The document outlines the process and requirements for applying for funding from Saudi Arabia's Strategic Technologies Program Grants. Applicants must submit a proposal following a specific format, including an application form, project details, objectives, methodology, budget, and team CVs. Proposals go through an initial review at the applicants' research institution, then a formal review at KACST. Technical reviews are conducted by external reviewers who evaluate innovation, impact, and feasibility. Funding is provided in installments contingent on semi-annual progress reports. Changes to projects must be approved by the CNPSTI committee. The process aims to fund strategic, innovative research through a rigorous peer-reviewed selection process.
Delivering Bioinformatics MapReduce Applications in the CloudLukas Forer
This document discusses delivering bioinformatics MapReduce applications in the cloud. It introduces Cloudgene, a graphical workflow system for executing MapReduce programs, and CloudMan, a platform for deploying computational tools and data analysis environments in the cloud. The authors propose implementing Cloudgene as a service within the CloudMan platform to provide bioinformaticians with an integrated environment for executing MapReduce workflows and analyses in the cloud without requiring expertise in cluster administration or computer science. This would allow researchers to leverage scalable cloud resources for processing large genomic datasets.
Workshop on Higher Education and Professional Responsibility in CBRN Applied Sciences and Technology across the Sub-Mediterranean Region
3-4 April 2012. Palazzo Zorzi, Venice
Session 3. Inspiring Initiatives and Scientific Cooperation
The document discusses two software patterns used in developing Chipster, a bioinformatics application: graceful GUI blocking, which places an opaque layer over the GUI to indicate loading and prevent user interaction; and self-service distributed state management, which distributes application state management to clients to avoid single points of failure in a distributed system. The patterns were found useful for Chipster, which provides bioinformatics analysis tools through a graphical interface and supports distributed computing.
1. The document discusses plans for developing Egypt's e-justice sector and improving access to justice through information technology and communications.
2. The goals are to dramatically improve Egypt's rule of law indicators by making judicial processes more integrated, transparent, and effective through online portals, dashboards, and other digital tools that provide timely access to decisions and court performance metrics.
3. A roadmap is presented that outlines services, systems, and integrations to be developed between 2017-2018, including case management systems, a unified justice portal, digital judicial libraries, and analytics to support transparency and access to justice for the public.
This document summarizes a presentation about using the Barcode of Life Database (BOLD) for data sharing, collaboration, and publication in barcoding projects. It discusses how BOLD allows collaborators from different institutions and countries to work together by giving different levels of access. It also describes how BOLD facilitates sending barcode sequences to GenBank for publication and submitting bibliographies. The presentation encourages making barcoding projects public on BOLD to share data with the research community.
This document provides an introduction to the field of bioinformatics including:
1. Key fundamentals such as the flow of genetic information and challenges of accumulating biological data.
2. Applications such as using tools to help biologists with research through tasks like data analysis, storage and retrieval.
3. Various career paths in bioinformatics which typically require backgrounds in both biology and computer science.
The document provides an introduction to the field of bioinformatics. It discusses how bioinformatics applies computer science to analyze large amounts of biological data from fields like molecular biology, medicine, and biotechnology. It also outlines some of the main topics that will be covered in the course, including biological databases, gene and protein analysis, phylogenetic analysis, and gene prediction.
الثقافة التقنية والمواطنة الالكترونية. محاضرة ضمن البرنامج الثقافي الرمضاني المقام في جامعة الحدود الشمالية لعام 1435هـ.
وتشرح العلاقة بين التقنية والمعرفة التقنية والثقافة التقنية والمواطنة الالكترونية.
تم التطرق لبعض المفاهيم مثل الهوية الرقمية والحكومة الالكترونية.
The document discusses the applications of bioinformatics in drug discovery. It describes how bioinformatics supports computer-aided drug design through computational methods to simulate drug-receptor interactions. It also discusses how virtual high-throughput screening can identify compounds that strongly bind to protein targets. The document outlines the key steps in drug design, including identifying the disease target, studying lead compounds, rational drug design techniques, and testing drugs. It emphasizes that bioinformatics can predict important drug characteristics like absorption and toxicity to save costs during development.
The Case For Docker In Multi-Cloud Enabled Bioinformatics ApplicationsAhmed Abdullah
We have introduced elasticHPC-Docker based on container technology. Our package enables the creation of a computer cluster with containerized applications and workflows in private and in different commercial clouds using single interface. It also includes options to manage the cluster, to deploy and run bioinformatics applications for large datasets, and to interface with image registries.
Delivering Bioinformatics MapReduce Applications in the CloudLukas Forer
This document discusses delivering bioinformatics MapReduce applications in the cloud. It introduces Cloudgene, a graphical workflow system for executing MapReduce programs, and CloudMan, a platform for deploying computational tools and data analysis environments in the cloud. The authors propose implementing Cloudgene as a service within the CloudMan platform to provide bioinformaticians with an integrated environment for executing MapReduce workflows and analyses in the cloud without requiring expertise in cluster administration or computer science. This would allow researchers to leverage scalable cloud resources for processing large genomic datasets.
Workshop on Higher Education and Professional Responsibility in CBRN Applied Sciences and Technology across the Sub-Mediterranean Region
3-4 April 2012. Palazzo Zorzi, Venice
Session 3. Inspiring Initiatives and Scientific Cooperation
The document discusses two software patterns used in developing Chipster, a bioinformatics application: graceful GUI blocking, which places an opaque layer over the GUI to indicate loading and prevent user interaction; and self-service distributed state management, which distributes application state management to clients to avoid single points of failure in a distributed system. The patterns were found useful for Chipster, which provides bioinformatics analysis tools through a graphical interface and supports distributed computing.
1. The document discusses plans for developing Egypt's e-justice sector and improving access to justice through information technology and communications.
2. The goals are to dramatically improve Egypt's rule of law indicators by making judicial processes more integrated, transparent, and effective through online portals, dashboards, and other digital tools that provide timely access to decisions and court performance metrics.
3. A roadmap is presented that outlines services, systems, and integrations to be developed between 2017-2018, including case management systems, a unified justice portal, digital judicial libraries, and analytics to support transparency and access to justice for the public.
This document summarizes a presentation about using the Barcode of Life Database (BOLD) for data sharing, collaboration, and publication in barcoding projects. It discusses how BOLD allows collaborators from different institutions and countries to work together by giving different levels of access. It also describes how BOLD facilitates sending barcode sequences to GenBank for publication and submitting bibliographies. The presentation encourages making barcoding projects public on BOLD to share data with the research community.
This document provides an introduction to the field of bioinformatics including:
1. Key fundamentals such as the flow of genetic information and challenges of accumulating biological data.
2. Applications such as using tools to help biologists with research through tasks like data analysis, storage and retrieval.
3. Various career paths in bioinformatics which typically require backgrounds in both biology and computer science.
The document provides an introduction to the field of bioinformatics. It discusses how bioinformatics applies computer science to analyze large amounts of biological data from fields like molecular biology, medicine, and biotechnology. It also outlines some of the main topics that will be covered in the course, including biological databases, gene and protein analysis, phylogenetic analysis, and gene prediction.
الثقافة التقنية والمواطنة الالكترونية. محاضرة ضمن البرنامج الثقافي الرمضاني المقام في جامعة الحدود الشمالية لعام 1435هـ.
وتشرح العلاقة بين التقنية والمعرفة التقنية والثقافة التقنية والمواطنة الالكترونية.
تم التطرق لبعض المفاهيم مثل الهوية الرقمية والحكومة الالكترونية.
The document discusses the applications of bioinformatics in drug discovery. It describes how bioinformatics supports computer-aided drug design through computational methods to simulate drug-receptor interactions. It also discusses how virtual high-throughput screening can identify compounds that strongly bind to protein targets. The document outlines the key steps in drug design, including identifying the disease target, studying lead compounds, rational drug design techniques, and testing drugs. It emphasizes that bioinformatics can predict important drug characteristics like absorption and toxicity to save costs during development.
The Case For Docker In Multi-Cloud Enabled Bioinformatics ApplicationsAhmed Abdullah
We have introduced elasticHPC-Docker based on container technology. Our package enables the creation of a computer cluster with containerized applications and workflows in private and in different commercial clouds using single interface. It also includes options to manage the cluster, to deploy and run bioinformatics applications for large datasets, and to interface with image registries.
The Case For Docker In Multi-Cloud Enabled Bioinformatics Applications
المشروعات البحثية بالجامعة
1. {
المشروعات البحثيه بجامعة قناه السويس
مكتب الابداع التكنولوجي والتسويق بالجامعة
2. صندوق البحوث بالجامعة
صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية ) (STDF
وحده ادارة المشروعات – وزارة التعليم العالي
برنامج التنمية الإقليمية لجنوب سيناء SSRDP - اتحاد اوروبى
صندوق محمد بن زايد للحفاظ على الأنواع
جهات تمويل المشروعات البحثية
4. {
With consultation with German scientists
Goal: Improve standard level of Sinai Bedouins through introducing new crossbred animals.
ا.د/ مصطفى عبد الستار ايوب
mostafaayoub@hotmail.com
كلية الزراعة
ممول من صندوق البحوث بالجامعة
تحسين انتاجية الاغنام والماعز
السيناوى باستخدام تطبيقات التكنولوجيا
الحيوية
5. {
الهدف: التوصل لمواد جديدة من الاسمدة
والأصناف والتي ستكون فعالة في
تحسين إنتاج المحاصيل في الأراضي
الهامشيه حيث تزايد الملوحة ونقص
المياه.
د/ طارق يوسف بيومي
dr.tareqbayoumi@yahoo.com
كلية الزراعة
ممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية
تطبيق تقنيات زراعيه جديدة ومتكاملة
لتحقيق الزراعة المستدامة في الأراضي
الهامشيه بسيناء
6. {
الهدف: زيادة كفاءة القمح لامتصاص
الفوسفور بواسطة التداخلات بين
الميكروهيزا والبكتريا المنشطه لنمو
النبات مما يزيد من كفاءة أنواع القمح
د/ سامي عبد الملك محمد
كلية الزراعة
ممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية
زيادة كفاءة القمح لامتصاص الفوسفور
بواسطة التداخلات بين الميكروهيزا
والبكتريا المنشطه لنمو النبات
8. {
الهدف: إقامة مركز خدمى بيئى علمى
لخدمة بدو سانت كاترين والمناطق
المحيطة بها من خلال تقديم خدمات
رعاية بيطرية ومعمل تحاليل طبية
ووحدة انتاج عش الغراب والمبيدات
الحيوية ووحدة لتحاليل التربة والمياة
وإقامة محطة لتنقية المياة على احد الآبار
بتقنيات الطاقة الشمسية ووحدة الحفاظ
على الموروث الثقافى والتراث
د/ أحمد محمد أحمد عبد للعظيم
zemo3000@yahoo.com
كلية العلوم
ممول من برنامج التنمية الإقليمية لجنوب
سيناء- اتحاد اوروبى
مركز الخدمات الاجتماعية والبيئية
بسانت كاترين
Treatment of 522 cases:
484 camels, 11 sheep, 25 goats, chicken 1, and donkey 1.
Mobile Veterinary Unit
128 trained bedouin women
Production of Biokatherine and one published book
Biocide & mushroom production unit
-Water purification unit
-15 Water analyses for local Bedouins
Water and soil quality unit
-18 awareness campaigns
- 25 talented kids were trained, 3 published booklets
Cultural Heritage Unit
-Received 330 cases
Clinical Examination Unit
-More than of 2 tons cloths, Scholarly materials (Bags, colors,….etc), 1 ton of Ramadan bags
Donations
-Uppsala & Stockholm Universities in Sweden
-Helsinki University in Finland
-Cairo, Ain Shams, Mansoura, Alexandria, Assiut Universities in Egypt
Scientific Cooperation
-A New record of plant disease, samples deposited in CBS.
-Integrated management protocol of Acacia
-5 papers submitted in international journals.
-5 master thesis ongoing.
-New Egyptian patent
-International conference soon
-Hosting of website for Saint Katherine Protectorate
Scientific results
-Who’s who in the world
-UN club
-4 TV meetings, 32 Radio broadcasts, 12 News paper reportages
Events
9. {
الهدف: إنشاء مجموعة مرجعية
للفطريات المصرية المنتجة للمواد
الايضية والإنزيمات الهامة التى يمكن
استخدامها فى مجالات الصناعة والطب
والزراعة داخل عمل ابحثا تصنيف
الفطريات بكلية العلوم والحفاظ على 10
انواع من الفطريات المصرية مهددة
بالانقراض.
د/ أحمد محمد أحمد عبد العظيم
zemo3000@yahoo.com
كلية العلوم
ممول من صندوق محمد بن زايد للحفاظ على الانواع
إنشاء مجموعة مرجعية
Fungarium للفطريات المصرية
10. {
Recently, there were 55,003 cancer cases in Egypt with 34,429 cancer deaths
Goal: Actinomycetes –a group of filamentous bacteria- are important source for anticancer antibiotics such as tetracenomycin and daunorubicin. Screening of local actinomycete strains, thus, presents promising opportunities for the discovery of novel anticancer drugs.
د/ سحر احمد الشطورى
selshatoury@hotmail.com
كلية العلوم
ممول من صندوق البحوث بالجامعة
عزل وتوصيف مركبات جديدة مضادة
للسرطان من الاكتينوميسيتات المعزولة
من اقليم القناة وسيناء
11. {
The increasing number of marine oil spills asks for effective solutions for the environmental pollution.
Goal: There are many very expensive products (biosurfactant) imported.
We hope to produce such materials at lower costs.
د/ تيسير محمد احمد
taysier@yahoo.com
كلية العلوم
ممول من صندوق البحوث بالجامعة
انتاج منظفات بيولوجية للملوثات
الهيدروكربونية فى البيئة البحرية
12. {
الهدف: تطوير نظام تصوير تفاعلي
ثلاثي الابعاد لتصوير الاوعية الدمويه
الكبديه وتتمثل مخرجات المشروع في
نظام متكامل يشمل البرمجيات و الاجهزة
والباحثين ذو الخبره على استخدام النظام
وصيانته.
د/ عصام علي أحمد راشد
erashed@science.suez.edu.eg
كلية العلوم
ممول من وحده ادارة المشروعات –
وزارة التعليم العالي
نظام تصوير تفاعلي ثلاثي الابعاد
لتصوير الأوعية الدموية الكبدية
14. {
تحتاج بعد الصناعات في مصر مثل
صناعة الصابون و مساحيق الغسيل الي
استيراد بعد مستلزمات الانتاج مثل
الانزيمات التي تعمل في وسط مرتفع
الحراره
الهدف: توفير هذه الانزيمات من مصدر
محلي وبطريقه اقتصاديه.
د/ نهي مصطفي مصباح
noha_mesbah@pharm.suez.edu.eg
كلية الصيدله
ممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية
عزل ودراسه الانزيمات المحبه للملح والاس
القلوي ودرجات الحراره العاليه ذات الاهميه
الصناعيه من بحيرات وادي النطرون
15. {
الهدف: التوصل لمركبات افيونيه والتي
تستخدم لعلاج الالام المزمنه مماثله في
الفاعليه للادويه الحاليه ولكن لا تسبب
نفس الاعراض الجانبيه التي يعني منها
المرضي.
د/ إيمان سند السيد محمد
emansnd@yahoo.com
كلية الصيدله
ممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية
فصل مركبات ذات فعاليه بيولوجيه مماثله
للمركبات الأفيونيه من نباتات العائله المركبه
بمصر
16. {
الهدف: التوصل لمركبات تعمل
كمحسسات للانسولين وكذلك كمفرزات
للانسولين في نفس الوقت. ومن المتوقع
ان يحل الدواء المصنع من هذه المركبات
محل الكثير من الادويه المستخدمه حاليا
مما يساعد على الحد من تكلفه العلاج.
د/ محمد أبوالحسن سعد هلال
mohamedahelal@gmail.com
كلية الصيدله
ممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية
تصميم وتصنيع مضادات لمرض السكري
ذات فاعليه مزدوجه
18. {
Liver fibrosis is a major health problem in Egypt, and it still lacks a definitive therapy despite the advances in medical sciences.
Goal: Evaluating the use of stem cell therapy as a new line of treatment
ا.د/ ياسر محمد الوزير
selshatoury@hotmail.com
كلية الطب
ممول من صندوق البحوث بالجامعة
مقارنة تاثير الخلايا الجذعية على تجدد
خلايا الكبد فى فئران التجارب
19. {
الكركم كإضافة للعلائق كمركب مضاد
للميكروبات ومحفز للجهاز المناعي
لمكافحه أمراض الأسماك
ا.د/ احمد محمد أحمد حسن
ahassan25966@gmail.com
كلية الطب البطري
ممول من صندوق العلوم والتنمية التكنولوجية
بدائل استخدام المضادات الحيويه في
صناعة الأسماك