A coverage criterion for spaced seeds and its applications to SVM string-kernels and k-mer distances - presentation

1. A coverage criterion for spaced seeds
and its applications to SVM string-kernels and
k-mer distances
Laurent Noe, Donald E. K. Martin
LIFL (UMR 8022 Lille 1/CNRS) - Inria Lille, Villeneuve d'Ascq, France
Department of Statistics, North Carolina State University, Raleigh, NC, USA
SeqBio 2014
November 45, 2014 - Montpellier
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

2. Outline
1 Introduction to spaced seeds . . .
2 Spaced seed coverage
De

3. nition
Associated automaton
Possible use (as a seed quality measure).
3 Experimental results
SVM classi

4. ers
Alignment-free distances
4 Conclusion
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

5. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

6. nition
A spaced seed is de

7. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

8. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

9. nition
A spaced seed is de

10. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

11. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

12. nition
A spaced seed is de

13. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

14. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

15. nition
A spaced seed is de

16. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

17. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

18. nition
A spaced seed is de

19. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

20. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

21. nition
A spaced seed is de

22. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

23. Spaced Seeds
(PatternHunter 02, Burkhardt et al 01, . . . )
De

24. nition
A spaced seed is de

25. ned as a binary word over the alphabet f1; *g :
1 : accepts only match symbol | ,
* : accepts all alignment symbols (joker) .
s : span (length), w : weight (number of 1).
Example
= 111*1*11
111*1*11
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||:||:|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

26. Example
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

27. Example
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
||||||||||||||||||||
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

28. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
||||||||||||||||||||
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
||||||||||||||||||||
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

29. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
||||||||||||||||||||
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
||||||||||||||||||||
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

30. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

31. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

32. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

33. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCTCAAGA
|||||.||||||||||||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

34. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

35. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

36. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

37. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCAAATGCGCAAGA
|||||.||||||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

38. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

39. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

40. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

41. Example
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
...
...
...
...
...
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
111*1*11
...
.. .111*1*11
.. .111*1*11
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
......
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
... ... ...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
111111
...
...
111111
...
...
111111
...
...
...
111111
... ...
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

42. Recent work related to spaced seeds
1 Alignment-free distances
[Leimeister et al., 2014, Horwege et al., 2014, Boden et al., 2013]
2 SVM classi

43. cation
[Onodera and Shibuya, 2013, Ghandi et al., 2014]
3 Read clustering
[Bao et al., 2011, Chong et al., 2012, Hauser et al., 2013]
4 Metagenomic classi

44. cation, . . .
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

45. New Uses for Old Things
little boy
))))
frying pan
1
1http://arch5541.wordpress.com/2012/11/16/and-then-there-was-teflon/
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

46. New Uses for Old Things
little boy
))))
frying pan
1
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
1http://arch5541.wordpress.com/2012/11/16/and-then-there-was-teflon/
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

47. New Uses for Old Things
little boy
))))
frying pan
1
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
))))
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
111*1*11
111*1*11
1http://arch5541.wordpress.com/2012/11/16/and-then-there-was-teflon/
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

48. New Uses for Old Things
little boy
))))
frying pan
1
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
))))
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
111*1*11
111*1*11
1http://arch5541.wordpress.com/2012/11/16/and-then-there-was-teflon/
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

49. New Uses for Old Things
little boy
))))
frying pan
1
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
))))
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
111*1*11
111*1*11
1http://arch5541.wordpress.com/2012/11/16/and-then-there-was-teflon/
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

50. Coverage measure for a seed
De

51. nition
Number of match symbols covered by at least one 1 symbol from any
seed hit [Benson and Mak, 2008, Martin, 2013]
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

52. Coverage measure for a seed
De

53. nition
Number of match symbols covered by at least one 1 symbol from any
seed hit [Benson and Mak, 2008, Martin, 2013]
Example
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
111*1*11
111*1*11
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

54. Coverage measure for a seed
De

55. nition
Number of match symbols covered by at least one 1 symbol from any
seed hit [Benson and Mak, 2008, Martin, 2013]
Example
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
ATCAGCGCAAATGCTCAAGA
111*1*11
111*1*11
111*1*11
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

56. Coverage measure for a seed
De

57. nition
Number of match symbols covered by at least one 1 symbol from any
seed hit [Benson and Mak, 2008, Martin, 2013]
Example
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
A
T
C
AG
CG
C
AA
A
T
G
C
TC
A
A
G
A
111*1*11
111*1*11
111*1*11
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

58. Coverage measure for a seed
De

59. nition
Number of match symbols covered by at least one 1 symbol from any
seed hit [Benson and Mak, 2008, Martin, 2013]
Example
ATCAGTGCGAATGCGCAAGA
|||||.||.|||||.|||||
A
T
C
AG
CG
C
AA
A
T
G
C
TC
A
A
G
A
111*1*11
111*1*11
111*1*11
Coverage is of 15
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

60. Coverage measure for a seed
alignment : x = 101111001011111
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

61. Coverage measure for a seed
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
x = 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

62. Coverage measure for a seed
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
...
...
...
occ1 1 1 * 1
...
...
...
x = 1 0 1
1
1 1
0 0 1 0 1 1 1 1 1
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

63. Coverage measure for a seed
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
...
...
...1 1 * 1
occ1 1 1 * 1
occ2
...
...
... ...
...
...
x = 1 0 1
1
1 1
0 0 1 0 1
1
1 1
1
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

64. Coverage measure for a seed
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
...
...
...1 1 * 1
occ1 1 1 * 1
occ2
occ3
...
...
... ...
1 1 * 1
x = 1 0 1
1
1 1
0 0 1 0 1
1
1
1
1
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

65. Coverage measure for a seed / a set of seeds
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
...
...
...1 1 * 1
occ1 1 1 * 1
occ2
occ3
...
...
... ...
1 1 * 1
x = 1 0 1
1
1 1
0 0 1 0 1
1
1
1
1
set of seeds : f1; 2g = f11*1, 1*1*1g
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

66. Coverage measure for a seed / a set of seeds
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
...
...
...1 1 * 1
occ1 1 1 * 1
occ2
occ3
...
...
... ...
1 1 * 1
x = 1 0 1
1
1 1
0 0 1 0 1
1
1
1
1
set of seeds : f1; 2g = f11*1, 1*1*1g
x = 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

67. Coverage measure for a seed / a set of seeds
alignment : x = 101111001011111
Example
seed : = 11*1
...
...
...1 1 * 1
occ1 1 1 * 1
occ2
occ3
...
...
... ...
1 1 * 1
x = 1 0 1
1
1 1
0 0 1 0 1
1
1
1
1
set of seeds : f1; 2g = f11*1, 1*1*1g
...
2 occ1 1 * 1 * 1
1 occ2
1 1 * 1
2 occ3
...
...
...
...
...
1 * 1 * 1
1 occ4
...
...
...
...
...
...
1 1 * 1
2 occ5
...
...
...
...
...
...
1 * 1 * 1
1 occ6
...
...
...
...
...
...
...
1 1 * 1
x = 1
0 1
1
1
1
0 0 1
0 1
1
1
1
1
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

68. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

69. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

70. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

71. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

72. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

73. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

74. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

75. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

76. Coverage measure for a seed / a set of seeds
f1; 2g = f11*1, 1*1*1g

77. Coverage measure for a seed / a set of seeds
That's how coverage can be measured,
estimated, computed on several models. . .
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

78. Coverage measure for a seed / a set of seeds
That's how coverage can be measured,
estimated, computed on several models. . .
But, . . . is coverage useful?
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

79. Experimental results
1 SVM classi

80. ers
2 Alignment-free distances
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

81. SVM classi

82. ers
Are spaced seeds better with string kernels classi

83. ers?
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

84. SVM classi

85. ers
Are spaced seeds better with string kernels classi

86. ers?
Yes: see [Onodera and Shibuya, 2013, Ghandi et al., 2014]
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

87. SVM classi

88. ers
Are spaced seeds better with string kernels classi

89. ers?
Yes: see [Onodera and Shibuya, 2013, Ghandi et al., 2014]
Which spaced seed patterns are better? Does coverage
help here?
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

90. SVM classi

91. ers
1 RFAM 11.0 database (50% training, 50% testing)
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

92. SVM classi

93. ers
1 RFAM 11.0 database (50% training, 50% testing)
2 Single/double seeds of weight w = 3 : : : 4, span up to
w + 4
Laurent Noe, Donald E. K. Martin A coverage criterion for spaced seeds and its applications

94. SVM classi