Mikroorganisma adalah organisme kecil yang tidak dapat dilihat dengan mata telanjang dan hanya dapat dilihat melalui mikroskop. Mikroorganisma terdiri daripada virus, bakteria, protozoa dan kulat, dan sesetengah daripadanya bermanfaat untuk pembuatan makanan seperti roti, tempeh dan keju manakala sesetengahnya boleh menyebabkan penyakit.