Pemrograman mesin CNC adalah proses memberikan data yang dapat dipahami oleh komputer untuk mengendalikan mesin. Ada dua metode pemrograman, yaitu metode absolute yang menggunakan titik referensi tetap dan metode increment yang menggunakan titik referensi yang berubah. Struktur program CNC terdiri dari blok program yang mengandung perintah gerakan dan ukuran tertentu untuk pengoperasian mesin.