SlideShare a Scribd company logo
ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ
ΠΟΛΥΤΕΧΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ
ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ
ΤΟΜΕΑΣ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΗΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΜΩΝ
ΣΧΕΔΙΑΣΗ ΚΑΙ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ ΣΤΟΧΟ ΤΗ
ΒΕΛΤΙΣΤΟΠΟΙΗΣΗ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΒΙΟΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΜΕΓΑΛΗΣ
ΚΛΙΜΑΚΑΣ ΜΕ ΧΡΗΣΗ Κ-MERS
Εκπόνηση:
Σεράκη Μελπομένη
ΑΕΜ: 8636
Επίβλεψη:
Καθηγητής Περικλής, Α. Μήτκας
Δρ. Φώτης Ε. Ψωμόπουλος
Θεσσαλονίκη, Νοέμβριος 2020
Περιεχόμενα
Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις
02
03
04
05
Στόχοι και Μεθοδολογία
Περιγραφή Αλγορίθμου
01 Εισαγωγή
Πειραματικά Αποτελέσματα
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Περιεχόμενα
Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις
02
03
04
05
Στόχοι και Μεθοδολογία
Περιγραφή Αλγορίθμου
01 Εισαγωγή
Πειραματικά Αποτελέσματα
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Βιοπληροφορική
Biology
Data ScienceInformation engineering
Mathematics
Statistics
Computer science
Chemistry
Γενετικές πληροφορίες
– Αδενίνη (Α), Κυτοσίνη (C), Γουανίνη (G) και Θυμίνη (Τ).
Ψηφιακές πληροφορίες
– Διαχείριση
– Έλεγχος
– Ανάλυση
– Εξαγωγή σημαντικών συμπερασμάτων
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Ανάλυση K-mers
Χρήση
• Απλοποίηση
• Καταμέτρηση και σύγκριση
• Συναρμολόγηση γονιδιώματος
Χαρακτηριστικά
• Εμφάνιση μοναδικών k-mers σε
βιολογικά σημαντική επανάληψη
• Συναρμολόγηση γονιδιώματος από το
διαφορετικό περιεχόμενο των μοναδικών
k-mers
5
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Καταμέτρηση του αριθμού των υποστρωμάτων που έχουν μήκος k
σε μια συμβολοσειρά S
Περιεχόμενα
Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις
02
03
04
05
Στόχοι και Μεθοδολογία
Περιγραφή Αλγορίθμου
01 Εισαγωγή
Πειραματικά Αποτελέσματα
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Στόχοι της Διπλωματικής
Οπτικοποίηση αποτελεσμάτων.
Αυτοματοποίηση της εκτέλεσης ροών εργασίας Snakemake για
την επεξεργασία γονιδιωμάτων (DNA) και την k-mers ανάλυσή
τους.
Σωστή επεξεργασία των δεδομένων και χρήση τους
σε αλγορίθμους μηχανικής μάθησης.
Αξιολόγηση και εξαγωγή χρήσιμων πληροφοριών.
Διαχώριση γενετικού υλικού στις καταλλήλου μήκους
αλληλουχίες και δημιουργία πινάκων με κατάλληλες
πληροφορίες.
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Μεθοδολογία Διπλωματικής
01
0
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Εκτέλεση λογισμικού για διαφορετικών αριθμών κοπές του γενετικού
υλικού
Υπολογισμός εντροπίας και αριθμού Gödel
Αξιολόγηση με την χρήση αλγορίθμων μηχανικής μάθησης, της μεθόδου
PCA και μέσου λάθους από την κανονική κατανομή.
Οπτικοποίηση αποτελεσμάτων
Επιλογή της βέλτιστης παραμέτρου κοπής του γενετικού υλικού
Περιεχόμενα
Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις
02
03
04
05
Στόχοι και Μεθοδολογία
Περιγραφή Αλγορίθμου
01 Εισαγωγή
Πειραματικά Αποτελέσματα
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Γενική Περιγραφή Αλγορίθμου
Σχεδίαση ροών εργασίας
Snakemake
Συναρτήσεις δημιουργίας του σετ
δεδομένων
Συναρτήσεις αξιολόγησης των δεδομένων
Συναρτήσεις οπτικοποίησης των
δεδομένων
Συναρτήσεις επιλογής του
καταλληλότερου k
Python Natural Language Toolkit
Seaborn
Scikit-learn
11
Παράδειγμα Υπολογισμού Δεδομένων
AACGTAACGT k=5
{ACGTA: 1, CGTAA : 1 , GTAAC : 1 , TAACG : 1 , AACGT : 2}
Πιθανότητα κατανομής , {0.16, 0.16, 0.16, 0.16, 0.33}
Π.χ. 𝑀𝐿𝐸𝑃𝑟𝑜𝑏𝐷𝑖𝑠𝑡 ′ACGTA′
= 𝑓𝑟𝑒𝑞𝑢𝑒𝑛𝑐𝑦 ′ACGTA′
=
v𝑎𝑙𝑢𝑒 ′ACGTA
′
𝑠𝑢𝑚 𝑣𝑎𝑙𝑢𝑒 𝑜𝑓 𝑘−𝑚𝑒𝑟𝑠
=
1
6
= 0.16
Εντροπία , {0.43, 0.43, 0.43, 0.43, 0.52}
Π.χ. 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑦 ′ACGTA′
= −𝑀𝐿𝐸𝑃𝑟𝑜𝑏𝐷𝑖𝑠𝑡 ′ACGTA′
∗ log2 𝑀𝐿𝐸𝑃𝑟𝑜𝑏𝐷𝑖𝑠𝑡 ′ACGTA′
= 0.52
Αριθμός gödel , {17.90, 15.46, 14.82, 16.56, 20.43}
Π.χ. 𝑔𝑜𝑑𝑒𝑙 𝑛𝑢𝑚𝑏𝑒𝑟𝑖𝑛𝑔 ′ACGTA′
= log 2 ∗ 1 + log 3 ∗ 3 + log 5 ∗ 4 + log 7 ∗ 2 + log 11 ∗ 1 = 20.43
Κλάση των k-mers , {4, 4, 4, 4, 1}
𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ AACGT′
= number of k − mers with same value = 1
𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ ACGTA′
= 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ CGTAA′
= 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ GTAAC′
= 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ TAACG′
= number of k − mers with same value =4
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Μέθοδοι Αξιολόγησης Δεδομένων
Γραμμικής παλινδρόμησης (Linear Regression) k- Κοντινότεροι γείτονες (k- Nearest Neighbors)
Κανονική κατανομή( GaussianNB)
Πολυωνυμική κατανομή Bayes (Multinomial Naive Bayes)
Τυχαία δάση (RandomForestClassifier )
Μέθοδος PCA
Δέντρο απόφασης (Decision Tree)
Αλγόριθμοι μηχανικής
μάθησης
Μείωση διαστάσεων
δεδομένων
Μέση τετραγωνική απόκλιση
(MSD) Κανονική κατανομήΑριθμοί Gödel
Περιεχόμενα
Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις
02
03
04
05
Στόχοι και Μεθοδολογία
Περιγραφή Αλγορίθμου
01 Εισαγωγή
Πειραματικά Αποτελέσματα
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Πειραματικά Αποτελέσματα
Δύο Διαφορετικά Σετ Δεδομένων
Set A: Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae)
• 12.000.000 βάσεις
• 17 ξεχωριστές αλληλουχίες
• Διερεύνηση k = 4 - 100
Set Β: SARS-CoV-2
• 470.000.000 βάσεις
• 15.502 διαφορετικές ακολουθίες
• Μήκος από 29.833 - 31.358 χαρακτήρες
• Διερεύνηση k =4-50
• Απαίτηση χωρητικότητας RAM
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Σύγκριση Αποτελεσμάτων(1/3)
Διαγράμματα δεδομένων
Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) SARS-CoV-2
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Δείκτης θέσηςΧ
Υ
Χ
Υ
Συνολικά K-mers με
ίδια τιμή εμφάνισης
K-mer
Αριθμός εμφάνισης συγκεκριμένου K-mer
μέσα στο αρχείο εισόδου
Αριθμός εμφάνισης συγκεκριμένου K-mer
μέσα στο αρχείο εισόδου
K-mer
Σύγκριση Αποτελεσμάτων(2/3)
Διαγράμματα αξιολόγησης
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) SARS-CoV-2
Χ
Υ
Χ
Υ `
Κανονική
κατανομή
Αλγόριθμος
Μέση Ακρίβεια
Μέγιστη Ακρίβεια
Ελάχιστη Ακρίβεια
Λόγος της συχνότητας προς το εύρος
των τιμών που αντιπροσωπεύει το
ορθογώνιο
Μέση συχνότητα εμφάνισης της
συγκεκριμένης περιοχής τιμών
Σύγκριση αποτελεσμάτων(3/3)
Χρόνος εκτέλεσης
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) SARS-CoV-2
Περιεχόμενα
Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις
02
03
04
05
Στόχοι και Μεθοδολογία
Περιγραφή Αλγορίθμου
01 Εισαγωγή
Πειραματικά Αποτελέσματα
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Συμπεράσματα
 Το μοναδικό περιεχόμενο σε ένα γονιδίωμα αποτελεί
χαρακτηριστική πληροφορία.
 Αυξημένες απαιτήσεις τόσο σε RAM όσο και σε πολυπλοκότητα.
 Υποσχόμενη ανάλυση η κοπή του γενετικού υλικού σε k-mers
διαφόρων μηκών και η χρήση τους ως features για αξιολόγηση.
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Μελλοντικές Επεκτάσεις
Υλοποίηση Εφαρμογής
 Επιτάχυνση της διαδικασίας υπολογισμού των υπολογίσιμων
μεγεθών
 Μείωση της κατανάλωση μνήμης
 Παραλληλοποίηση του αλγορίθμου
 Εφαρμογή καλύτερων αλγορίθμων μηχανικής ανάγνωσης
Αποθετήριο: https://github.com/seramelp/Snakemake-k-mer/
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Θα ήθελα να ευχαριστήσω θερμά τον καθηγητή κ. Περικλή Μήτκα και τον
ερευνητή κ. Φώτη Ψωμόπουλο και τον κ. Αναστάσιο Τογκουσίδη για την
πολύτιμη βοήθειά και καθοδήγηση τους σε αυτή την διπλωματική.
Ευχαριστίες
Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
Ευχαριστώ για την προσοχή σας!
22

More Related Content

Similar to Melpomeni Seraki Diploma Thesis Presentation

System Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source Code
System Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source CodeSystem Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source Code
System Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source Code
ISSEL
 
Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...
Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...
Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...
ISSEL
 
Γεώργιος Κορδοπάτης-Ζήλος
Γεώργιος Κορδοπάτης-ΖήλοςΓεώργιος Κορδοπάτης-Ζήλος
Γεώργιος Κορδοπάτης-Ζήλος
ISSEL
 
Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...
Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...
Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...
Manos Tsardoulias
 
Evangelos papathomas diploma thesis presentation
Evangelos papathomas diploma thesis presentationEvangelos papathomas diploma thesis presentation
Evangelos papathomas diploma thesis presentation
ISSEL
 
Nikolaos Oikonomou
Nikolaos OikonomouNikolaos Oikonomou
Nikolaos Oikonomou
ISSEL
 
Βασίλης Μπούντρης
Βασίλης ΜπούντρηςΒασίλης Μπούντρης
Βασίλης Μπούντρης
ISSEL
 
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗ
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗ
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗEIRINI KATSIDONIOTAKI
 
ΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας Κορδελιού
ΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας ΚορδελιούΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας Κορδελιού
ΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας Κορδελιού
Dimitris Kareklidis
 
Συνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚ
Συνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚΣυνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚ
Συνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚ
Institute of Engineering Seismology and Earthquake Engineering
 
Angelos kaltsikis
Angelos kaltsikisAngelos kaltsikis
Angelos kaltsikis
ISSEL
 
Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...
Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων  πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων  πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...
Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...
Markos Drakoumis
 
A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories
A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories
A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories
Nikos Stasinopoulos
 
Πρακτικη_Νεοφυτου_5683
Πρακτικη_Νεοφυτου_5683Πρακτικη_Νεοφυτου_5683
Πρακτικη_Νεοφυτου_5683Christina Neofytou
 
Adaptive Control of Ball-Beam System
Adaptive Control of Ball-Beam SystemAdaptive Control of Ball-Beam System
Adaptive Control of Ball-Beam System
Georgios-Marios Papadopoulos
 
αφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπης
αφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπηςαφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπης
αφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπης
Georgios Petrou
 
Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016
Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016 Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016
Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016
Institute of Engineering Seismology and Earthquake Engineering
 
Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...
Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...
Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...
technology_forum
 
Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...
Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...
Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...
ISSEL
 

Similar to Melpomeni Seraki Diploma Thesis Presentation (20)

System Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source Code
System Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source CodeSystem Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source Code
System Development for Prediction of Static Analysis Metrics of Source Code
 
Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...
Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...
Ανάπτυξη συστήματος πρόβλεψης της εξέλιξης των μετρικών στατικής ανάλυσης πηγ...
 
Γεώργιος Κορδοπάτης-Ζήλος
Γεώργιος Κορδοπάτης-ΖήλοςΓεώργιος Κορδοπάτης-Ζήλος
Γεώργιος Κορδοπάτης-Ζήλος
 
Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...
Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...
Evangelos Papathomas: Semantic Code Search in Software Repositories using Neu...
 
Evangelos papathomas diploma thesis presentation
Evangelos papathomas diploma thesis presentationEvangelos papathomas diploma thesis presentation
Evangelos papathomas diploma thesis presentation
 
Nikolaos Oikonomou
Nikolaos OikonomouNikolaos Oikonomou
Nikolaos Oikonomou
 
Βασίλης Μπούντρης
Βασίλης ΜπούντρηςΒασίλης Μπούντρης
Βασίλης Μπούντρης
 
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗ
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗ
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ ΚΑΤΣΙΔΟΝΙΩΤΑΚΗ ΕΙΡΗΝΗ
 
ΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας Κορδελιού
ΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας ΚορδελιούΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας Κορδελιού
ΑΠΘ Συνοπτική έκθεση αποτελεσμάτων δυσοσμίας Κορδελιού
 
Συνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚ
Συνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚΣυνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚ
Συνοπτική παρουσίαση του ΙΤΣΑΚ
 
diplomatiki_vatikiotis
diplomatiki_vatikiotisdiplomatiki_vatikiotis
diplomatiki_vatikiotis
 
Angelos kaltsikis
Angelos kaltsikisAngelos kaltsikis
Angelos kaltsikis
 
Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...
Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων  πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων  πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...
Μετρήσεις χαρακτηριστικών I-V ηλιακών κυττάρων πολυκρυσταλλικού Si και μοντε...
 
A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories
A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories
A mechanism for extracting semantically-awknowledge in Software Repositories
 
Πρακτικη_Νεοφυτου_5683
Πρακτικη_Νεοφυτου_5683Πρακτικη_Νεοφυτου_5683
Πρακτικη_Νεοφυτου_5683
 
Adaptive Control of Ball-Beam System
Adaptive Control of Ball-Beam SystemAdaptive Control of Ball-Beam System
Adaptive Control of Ball-Beam System
 
αφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπης
αφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπηςαφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπης
αφαιρεση θορυβου και εντοπισμος συμβαντων ακουστικης εκπομπης
 
Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016
Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016 Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016
Απολογισμός ερευνητικών & τεχνολογικών δραστηριοτήτων 2016
 
Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...
Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...
Αξιοποίηση της Τεχνολογίας των Μεταϋλικών για Αποδο- τικότερη Ασύρματη Μεταφο...
 
Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...
Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...
Ένα Πλαίσιο Εξόρυξης Γράφων για την Εκτίμηση της Εξέλιξης Ακολουθιών και Εφαρ...
 

More from ISSEL

Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...
Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...
Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...
ISSEL
 
Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...
Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...
Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...
ISSEL
 
Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...
Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...
Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...
ISSEL
 
Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...
Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...
Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...
ISSEL
 
Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...
Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...
Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...
ISSEL
 
Ανάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής Νοημοσύνης
Ανάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής ΝοημοσύνηςΑνάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής Νοημοσύνης
Ανάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής Νοημοσύνης
ISSEL
 
Ανάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptx
Ανάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptxΑνάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptx
Ανάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptx
ISSEL
 
Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...
Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...
Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...
ISSEL
 
Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...
Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...
Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...
ISSEL
 
Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...
Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...
Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...
ISSEL
 
Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...
Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...
Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...
ISSEL
 
Δημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας Ισχυρισμών
Δημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας ΙσχυρισμώνΔημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας Ισχυρισμών
Δημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας Ισχυρισμών
ISSEL
 
Εξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµατα
Εξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµαταΕξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµατα
Εξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµατα
ISSEL
 
Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...
Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των  διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των  διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...
Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...
ISSEL
 
ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...
ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...
ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...
ISSEL
 
Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...
Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...
Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...
ISSEL
 
Εξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικού
Εξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικούΕξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικού
Εξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικού
ISSEL
 
Ανάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία Εφαρµογής
Ανάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία ΕφαρµογήςΑνάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία Εφαρµογής
Ανάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία Εφαρµογής
ISSEL
 
Camera-based localization of annotated objects in indoor environments
Camera-based localization of annotated objects in indoor environmentsCamera-based localization of annotated objects in indoor environments
Camera-based localization of annotated objects in indoor environments
ISSEL
 
Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...
Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...
Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...
ISSEL
 

More from ISSEL (20)

Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...
Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...
Implementation of a platform for assessing indoor spaces regarding their frie...
 
Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...
Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...
Autonomous car position calculation with particle filters using traffic data ...
 
Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...
Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...
Ανίχνευση αντικειµένων από λίγα δείγµατα µε χρήση γραφηµάτων και τεχνικών ΜΕΤ...
 
Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...
Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...
Ανάπτυξη Εφαρµογής Προφίλ Μηχανικών Λογισµικού από ∆εδοµένα Αποθετηρίων Λογισ...
 
Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...
Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...
Ανάπτυξη ∆υναµικού και Προσωποποιηµένου Συστήµατος Ερωταπαντήσεων µε Πηγή το ...
 
Ανάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής Νοημοσύνης
Ανάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής ΝοημοσύνηςΑνάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής Νοημοσύνης
Ανάπτυξη Φίλτρων Ανεπιθύμητων Μηνυμάτων με Χρήση Τεχνικών Τεχνητής Νοημοσύνης
 
Ανάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptx
Ανάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptxΑνάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptx
Ανάπτυξη Ελληνικών Μοντέλων Εντοπισμού Ρητορικής Μίσους.pptx
 
Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...
Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...
Σχεδιασμός και υλοποίηση πλήρους και αυτοματοποιημένου εργαλείου ελέγχων ασφά...
 
Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...
Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...
Εφαρµογή Τεχνικών Μηχανικής Μάθησης για την Ανάλυση Αλλαγών Κώδικα µε στόχο τ...
 
Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...
Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...
Ανάπτυξη συστήματος ιεραρχικής ομαδοποίησης και διαχείρισης κειμένων για αποκ...
 
Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...
Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...
Ανάπτυξη γραφικής διεπαφής σε σύστημα προσομοίωσης ηλεκτρονικών αγορών με στό...
 
Δημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας Ισχυρισμών
Δημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας ΙσχυρισμώνΔημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας Ισχυρισμών
Δημιουργία Ολοκληρωμένου Συστήματος Επαλήθευσης Ορθότητας Ισχυρισμών
 
Εξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµατα
Εξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµαταΕξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµατα
Εξόρυξη δεδοµένων για τη δυναµική ενσωµάτωση γνώσης σε πολυπρακτορικά συστήµατα
 
Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...
Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των  διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των  διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...
Ανάπτυξη Μηχανισμών Αυτοματοποίησης των διαδικασιών κατασκευής συστημάτων λο...
 
ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...
ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...
ΕΥΦΥΗΣ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ ΑΠΟΤΙΜΗΣΗΣ ΤΟΥ ΒΑΘΜΟΥ ΔΙΑΤΗΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑΣ ΕΡΓΩΝ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ...
 
Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...
Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...
Μηχανισμοί αυτοματοποίησης διαδικασιών σχεδίασης, υλοποίησης και ανάπτυξης λο...
 
Εξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικού
Εξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικούΕξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικού
Εξόρυξη δεδομένων τεχνολογίας λογισμικού για επαναχρησιμοποίηση λογισμικού
 
Ανάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία Εφαρµογής
Ανάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία ΕφαρµογήςΑνάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία Εφαρµογής
Ανάλυση ∆εδοµένων ΄Εργων Λογισµικού για Ανάπτυξη σε Νέα Πεδία Εφαρµογής
 
Camera-based localization of annotated objects in indoor environments
Camera-based localization of annotated objects in indoor environmentsCamera-based localization of annotated objects in indoor environments
Camera-based localization of annotated objects in indoor environments
 
Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...
Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...
Εντοπισμός θέσης επισημασμένου αντικειμένου σε εσωτερικό χώρο με χρήση πολλαπ...
 

Melpomeni Seraki Diploma Thesis Presentation

  • 1. ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ ΠΟΛΥΤΕΧΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΤΜΗΜΑ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΗΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΜΩΝ ΣΧΕΔΙΑΣΗ ΚΑΙ ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΛΟΓΙΣΜΙΚΟΥ ΜΕ ΣΤΟΧΟ ΤΗ ΒΕΛΤΙΣΤΟΠΟΙΗΣΗ ΑΝΑΛΥΣΗΣ ΒΙΟΔΕΔΟΜΕΝΩΝ ΜΕΓΑΛΗΣ ΚΛΙΜΑΚΑΣ ΜΕ ΧΡΗΣΗ Κ-MERS Εκπόνηση: Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ: 8636 Επίβλεψη: Καθηγητής Περικλής, Α. Μήτκας Δρ. Φώτης Ε. Ψωμόπουλος Θεσσαλονίκη, Νοέμβριος 2020
  • 2. Περιεχόμενα Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις 02 03 04 05 Στόχοι και Μεθοδολογία Περιγραφή Αλγορίθμου 01 Εισαγωγή Πειραματικά Αποτελέσματα Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 3. Περιεχόμενα Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις 02 03 04 05 Στόχοι και Μεθοδολογία Περιγραφή Αλγορίθμου 01 Εισαγωγή Πειραματικά Αποτελέσματα Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 4. Βιοπληροφορική Biology Data ScienceInformation engineering Mathematics Statistics Computer science Chemistry Γενετικές πληροφορίες – Αδενίνη (Α), Κυτοσίνη (C), Γουανίνη (G) και Θυμίνη (Τ). Ψηφιακές πληροφορίες – Διαχείριση – Έλεγχος – Ανάλυση – Εξαγωγή σημαντικών συμπερασμάτων Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 5. Ανάλυση K-mers Χρήση • Απλοποίηση • Καταμέτρηση και σύγκριση • Συναρμολόγηση γονιδιώματος Χαρακτηριστικά • Εμφάνιση μοναδικών k-mers σε βιολογικά σημαντική επανάληψη • Συναρμολόγηση γονιδιώματος από το διαφορετικό περιεχόμενο των μοναδικών k-mers 5 Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020 Καταμέτρηση του αριθμού των υποστρωμάτων που έχουν μήκος k σε μια συμβολοσειρά S
  • 6. Περιεχόμενα Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις 02 03 04 05 Στόχοι και Μεθοδολογία Περιγραφή Αλγορίθμου 01 Εισαγωγή Πειραματικά Αποτελέσματα Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 7. Στόχοι της Διπλωματικής Οπτικοποίηση αποτελεσμάτων. Αυτοματοποίηση της εκτέλεσης ροών εργασίας Snakemake για την επεξεργασία γονιδιωμάτων (DNA) και την k-mers ανάλυσή τους. Σωστή επεξεργασία των δεδομένων και χρήση τους σε αλγορίθμους μηχανικής μάθησης. Αξιολόγηση και εξαγωγή χρήσιμων πληροφοριών. Διαχώριση γενετικού υλικού στις καταλλήλου μήκους αλληλουχίες και δημιουργία πινάκων με κατάλληλες πληροφορίες. Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 8. Μεθοδολογία Διπλωματικής 01 0 Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020 Εκτέλεση λογισμικού για διαφορετικών αριθμών κοπές του γενετικού υλικού Υπολογισμός εντροπίας και αριθμού Gödel Αξιολόγηση με την χρήση αλγορίθμων μηχανικής μάθησης, της μεθόδου PCA και μέσου λάθους από την κανονική κατανομή. Οπτικοποίηση αποτελεσμάτων Επιλογή της βέλτιστης παραμέτρου κοπής του γενετικού υλικού
  • 9. Περιεχόμενα Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις 02 03 04 05 Στόχοι και Μεθοδολογία Περιγραφή Αλγορίθμου 01 Εισαγωγή Πειραματικά Αποτελέσματα Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 10. Γενική Περιγραφή Αλγορίθμου Σχεδίαση ροών εργασίας Snakemake Συναρτήσεις δημιουργίας του σετ δεδομένων Συναρτήσεις αξιολόγησης των δεδομένων Συναρτήσεις οπτικοποίησης των δεδομένων Συναρτήσεις επιλογής του καταλληλότερου k Python Natural Language Toolkit Seaborn Scikit-learn
  • 11. 11 Παράδειγμα Υπολογισμού Δεδομένων AACGTAACGT k=5 {ACGTA: 1, CGTAA : 1 , GTAAC : 1 , TAACG : 1 , AACGT : 2} Πιθανότητα κατανομής , {0.16, 0.16, 0.16, 0.16, 0.33} Π.χ. 𝑀𝐿𝐸𝑃𝑟𝑜𝑏𝐷𝑖𝑠𝑡 ′ACGTA′ = 𝑓𝑟𝑒𝑞𝑢𝑒𝑛𝑐𝑦 ′ACGTA′ = v𝑎𝑙𝑢𝑒 ′ACGTA ′ 𝑠𝑢𝑚 𝑣𝑎𝑙𝑢𝑒 𝑜𝑓 𝑘−𝑚𝑒𝑟𝑠 = 1 6 = 0.16 Εντροπία , {0.43, 0.43, 0.43, 0.43, 0.52} Π.χ. 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑦 ′ACGTA′ = −𝑀𝐿𝐸𝑃𝑟𝑜𝑏𝐷𝑖𝑠𝑡 ′ACGTA′ ∗ log2 𝑀𝐿𝐸𝑃𝑟𝑜𝑏𝐷𝑖𝑠𝑡 ′ACGTA′ = 0.52 Αριθμός gödel , {17.90, 15.46, 14.82, 16.56, 20.43} Π.χ. 𝑔𝑜𝑑𝑒𝑙 𝑛𝑢𝑚𝑏𝑒𝑟𝑖𝑛𝑔 ′ACGTA′ = log 2 ∗ 1 + log 3 ∗ 3 + log 5 ∗ 4 + log 7 ∗ 2 + log 11 ∗ 1 = 20.43 Κλάση των k-mers , {4, 4, 4, 4, 1} 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ AACGT′ = number of k − mers with same value = 1 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ ACGTA′ = 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ CGTAA′ = 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ GTAAC′ = 𝑐𝑙𝑎𝑠𝑠 ′ TAACG′ = number of k − mers with same value =4 Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 12. Μέθοδοι Αξιολόγησης Δεδομένων Γραμμικής παλινδρόμησης (Linear Regression) k- Κοντινότεροι γείτονες (k- Nearest Neighbors) Κανονική κατανομή( GaussianNB) Πολυωνυμική κατανομή Bayes (Multinomial Naive Bayes) Τυχαία δάση (RandomForestClassifier ) Μέθοδος PCA Δέντρο απόφασης (Decision Tree) Αλγόριθμοι μηχανικής μάθησης Μείωση διαστάσεων δεδομένων Μέση τετραγωνική απόκλιση (MSD) Κανονική κατανομήΑριθμοί Gödel
  • 13. Περιεχόμενα Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις 02 03 04 05 Στόχοι και Μεθοδολογία Περιγραφή Αλγορίθμου 01 Εισαγωγή Πειραματικά Αποτελέσματα Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 14. Πειραματικά Αποτελέσματα Δύο Διαφορετικά Σετ Δεδομένων Set A: Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) • 12.000.000 βάσεις • 17 ξεχωριστές αλληλουχίες • Διερεύνηση k = 4 - 100 Set Β: SARS-CoV-2 • 470.000.000 βάσεις • 15.502 διαφορετικές ακολουθίες • Μήκος από 29.833 - 31.358 χαρακτήρες • Διερεύνηση k =4-50 • Απαίτηση χωρητικότητας RAM Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 15. Σύγκριση Αποτελεσμάτων(1/3) Διαγράμματα δεδομένων Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) SARS-CoV-2 Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020 Δείκτης θέσηςΧ Υ Χ Υ Συνολικά K-mers με ίδια τιμή εμφάνισης K-mer Αριθμός εμφάνισης συγκεκριμένου K-mer μέσα στο αρχείο εισόδου Αριθμός εμφάνισης συγκεκριμένου K-mer μέσα στο αρχείο εισόδου K-mer
  • 16. Σύγκριση Αποτελεσμάτων(2/3) Διαγράμματα αξιολόγησης Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020 Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) SARS-CoV-2 Χ Υ Χ Υ ` Κανονική κατανομή Αλγόριθμος Μέση Ακρίβεια Μέγιστη Ακρίβεια Ελάχιστη Ακρίβεια Λόγος της συχνότητας προς το εύρος των τιμών που αντιπροσωπεύει το ορθογώνιο Μέση συχνότητα εμφάνισης της συγκεκριμένης περιοχής τιμών
  • 17. Σύγκριση αποτελεσμάτων(3/3) Χρόνος εκτέλεσης Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020 Ζυμομύκητα (S. Cerevisiae) SARS-CoV-2
  • 18. Περιεχόμενα Συμπεράσματα και Μελλοντικές Επεκτάσεις 02 03 04 05 Στόχοι και Μεθοδολογία Περιγραφή Αλγορίθμου 01 Εισαγωγή Πειραματικά Αποτελέσματα Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 19. Συμπεράσματα  Το μοναδικό περιεχόμενο σε ένα γονιδίωμα αποτελεί χαρακτηριστική πληροφορία.  Αυξημένες απαιτήσεις τόσο σε RAM όσο και σε πολυπλοκότητα.  Υποσχόμενη ανάλυση η κοπή του γενετικού υλικού σε k-mers διαφόρων μηκών και η χρήση τους ως features για αξιολόγηση. Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 20. Μελλοντικές Επεκτάσεις Υλοποίηση Εφαρμογής  Επιτάχυνση της διαδικασίας υπολογισμού των υπολογίσιμων μεγεθών  Μείωση της κατανάλωση μνήμης  Παραλληλοποίηση του αλγορίθμου  Εφαρμογή καλύτερων αλγορίθμων μηχανικής ανάγνωσης Αποθετήριο: https://github.com/seramelp/Snakemake-k-mer/ Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 21. Θα ήθελα να ευχαριστήσω θερμά τον καθηγητή κ. Περικλή Μήτκα και τον ερευνητή κ. Φώτη Ψωμόπουλο και τον κ. Αναστάσιο Τογκουσίδη για την πολύτιμη βοήθειά και καθοδήγηση τους σε αυτή την διπλωματική. Ευχαριστίες Σεράκη Μελπομένη ΑΕΜ:8636 Νοέμβριος 2020
  • 22. Ευχαριστώ για την προσοχή σας! 22