1
Unitat de Farmacologia i Farmacognòsia - Facultat de Farmàcia
1. IntroducciĂł
al docking
molecular
MOLECULAR DOCKING: 1. IntroducciĂł Curs 2020-2021
Prof. Dr. Francisco Pérez García
Departament de Tecnologia
Institut Pompeu Fabra
Martorell
Datura stramonium
2
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Objectius
• Saber si alguns productes naturals de plantes medicinals
xineses emprades com injecciĂł per tractar el COVID-19
s’uneixen a una proteïna del virus SARS-CoV-2, concretament
la proteasa principal (main protease)
• Comparar l’energía d’unió en kcal/mol de diferents compostos
amb arxiu csv de swissdock.ch i la t de Student amb llenguatge R
• Comparar els aminoàcids de les diferents proteases del protein
Data bank 7BRO, 6Y2E, 7CWC, 6LU7(treure lligand) i altres,
que s’uneixen amb els teus productes naturals i d’altres autors
• Comparar resultats amb la bibliografia PÒSTER CIENTÍFIC
3
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Xuebijing
4
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
HPLC Xuebijing
5
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Compostos a analitzar
6
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular Xuebijing
7
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ProteĂŻnes
Estudiats al tema 4 de proteĂŻnes del
llibre de Biologia de Santillana,
al igual que estructures secundaries
i dominis.
8
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
9
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
10
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
11
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
12
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
13
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
14
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
15
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ProteĂŻnes
16
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
AminoĂ cids
17
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Entrada virus
18
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Cicle virus
19
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Dominis
Proteasa
principal
del virus
SARS-CoV-2
20
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Docking
21
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Docking
22
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
23
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
24
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
25
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Proteasa
26
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Protein Data Bank
27
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
28
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
29
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
30
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
31
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
32
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
33
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
34
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Ligand
35
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
36
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Avogadro
37
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
Programa Chimera vs Nou programa Chimera X
38
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Tutorial Chimera
39
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
40
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
41
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
42
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ChimeraX
43
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ChimeraX
44
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
ChimeraX
45
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
46
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
47
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
48
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
49
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
50
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
51
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
52
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
53
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
54
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
55
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
56
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Chimera
Afegir H als lligands i guardar com en format mol2
Afegir cĂ rregues a les proteines i guardar en format pdb
57
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
58
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
59
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
60
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock
61
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
62
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
63
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
64
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
65
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
66
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV
67
Prof. Dr. Francisco Pérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra
Projecte de docking molecular
Swissdock CSV

Docking 1

  • 1.
    1 Unitat de Farmacologiai Farmacognòsia - Facultat de Farmàcia 1. Introducció al docking molecular MOLECULAR DOCKING: 1. Introducció Curs 2020-2021 Prof. Dr. Francisco Pérez García Departament de Tecnologia Institut Pompeu Fabra Martorell Datura stramonium
  • 2.
    2 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Objectius • Saber si alguns productes naturals de plantes medicinals xineses emprades com injecció per tractar el COVID-19 s’uneixen a una proteïna del virus SARS-CoV-2, concretament la proteasa principal (main protease) • Comparar l’energía d’unió en kcal/mol de diferents compostos amb arxiu csv de swissdock.ch i la t de Student amb llenguatge R • Comparar els aminoàcids de les diferents proteases del protein Data bank 7BRO, 6Y2E, 7CWC, 6LU7(treure lligand) i altres, que s’uneixen amb els teus productes naturals i d’altres autors • Comparar resultats amb la bibliografia PÒSTER CIENTÍFIC
  • 3.
    3 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Xuebijing
  • 4.
    4 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular HPLC Xuebijing
  • 5.
    5 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Compostos a analitzar
  • 6.
    6 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Xuebijing
  • 7.
    7 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Proteïnes Estudiats al tema 4 de proteïnes del llibre de Biologia de Santillana, al igual que estructures secundaries i dominis.
  • 8.
    8 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 9.
    9 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 10.
    10 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 11.
    11 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 12.
    12 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 13.
    13 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 14.
    14 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular
  • 15.
    15 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Proteïnes
  • 16.
    16 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Aminoàcids
  • 17.
    17 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Entrada virus
  • 18.
    18 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Cicle virus
  • 19.
    19 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Dominis Proteasa principal del virus SARS-CoV-2
  • 20.
    20 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Docking
  • 21.
    21 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Docking
  • 22.
    22 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Proteasa
  • 23.
    23 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Proteasa
  • 24.
    24 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Proteasa
  • 25.
    25 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Proteasa
  • 26.
    26 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Protein Data Bank
  • 27.
    27 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 28.
    28 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 29.
    29 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 30.
    30 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 31.
    31 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 32.
    32 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 33.
    33 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 34.
    34 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Ligand
  • 35.
    35 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 36.
    36 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Avogadro
  • 37.
    37 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera Programa Chimera vs Nou programa Chimera X
  • 38.
    38 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Tutorial Chimera
  • 39.
    39 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 40.
    40 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 41.
    41 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 42.
    42 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular ChimeraX
  • 43.
    43 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular ChimeraX
  • 44.
    44 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular ChimeraX
  • 45.
    45 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 46.
    46 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 47.
    47 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 48.
    48 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 49.
    49 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 50.
    50 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 51.
    51 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 52.
    52 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 53.
    53 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 54.
    54 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 55.
    55 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera
  • 56.
    56 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Chimera Afegir H als lligands i guardar com en format mol2 Afegir càrregues a les proteines i guardar en format pdb
  • 57.
    57 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock
  • 58.
    58 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock
  • 59.
    59 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock
  • 60.
    60 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock
  • 61.
    61 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV
  • 62.
    62 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV
  • 63.
    63 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV
  • 64.
    64 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV
  • 65.
    65 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV
  • 66.
    66 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV
  • 67.
    67 Prof. Dr. FranciscoPérez García – Departament de Tecnologia – Institut Pompeu Fabra Projecte de docking molecular Swissdock CSV