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[All in-one2017] 誰でも使える最先端の研究成果/今日からあなたも生命科学者

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All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~
講師:箕輪 真理(NBDC: バイオサイエンスデータベースセンター)
日時:2017年5月27日
場所:三島市民文化会館(ゆうゆうホール) 小ホール(静岡県三島市)
YouTube:https://youtu.be/pG9zBRFe2RM

Published in: Science
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[All in-one2017] 誰でも使える最先端の研究成果/今日からあなたも生命科学者

  1. 1. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 箕輪 真理 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)、JST 誰でも使える最先端の研究成果 今日からあなたも生命科学者 「All-in-one 合同講習会 2017 ~生命科学の最先端に触れてみよう~」 (第2部) 私たちも見て触れる日本のデータベース 2017年5月27日 1
  2. 2. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 2 「生命科学」のイメージ 生物の画像は© 2016 DBCLS 統合TV / CC-BY-4.0 医 食 環境
  3. 3. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 研究のサイクルと 産生されるデータ・情報 実用化 論文の公開 目的・仮説 結果・結論の 公表 データの 分析・考察 データ(事実) の収集 再解析、検証 データの公開 再利用 技術開発 ※確立された測定方法等から生まれるデータは偏りがなく、再利用向き
  4. 4. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 「第4パラダイム: データ集約型の科学的発見」 By マイクロソフト研究所 1.実験 観察された結果を自然原因により説明 2.理論 新たな現象の予測と実験による仮説の検証 3.計算とシミュレーション 大規模かつ緻密な計算によるモデリングや銀河の 形成など、実験や理論を超えた領域の探求 4.データ・マイニング 莫大なデータを出発点として関係性を強大なコン ピューターパワーでマイニングし、規則を発見 科学におけるパラダイムシフト
  5. 5. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 5 Dhorspool at en.wikipedia [CC BY-SA 3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by- sa/3.0) or GFDL (http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html)], via Wikimedia Commons http://togotv.dbcls.jp/ja/togopic.2011.32.html バイオ+インフォマティクス (生物) (情報学) 量と複雑性 ↓ ・データの整理 ・データ処理技術 (統計学+特殊なα) ・システム が必要 他にも、表現型、相互作用、機能… ライフサイエンスは peta(1015) のオーダーの時代に突入
  6. 6. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 内閣府生命科学データベース統合に関する調査研究報告より データベース構築を伴う国家プロジェクト(PJ)
  7. 7. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 日本のライフサイエンスDBの問題点 • DBが散在 ⇒どこにどんなものが?? • DBや個別データの説明が不足 ⇒どんなデータなの? • ばらばらに構築・管理 ⇒一緒に使えないのは不便 • 大型PJの成果公開が不十分 ⇒税金が投入されているのに… 7
  8. 8. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) http://biosciencedbc.jp/ • 生命科学分野のDBを使いやすくする! (1)データベース研究開発戦略の立案 (2)データベースの充実 (3)データの公開 (4)国際連携 問題の解決を目指して 9 科学技術振興機構(JST) http://www.jst.go.jp/ : 3.科学技術イノベーションの基盤をつくる : ①科学技術情報知識インフラの構築 :
  9. 9. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 最終成果だけでなくデータも共有 (オープンサイエンス) オープンアクセス:結果を公表した学術論文をオープンに オープンデータ:用いたデータをオープンに オープンソース:ソフトウェアや材料をオープンに オープンな方法論: 研究方法が再現できるように手法をオープンに Krakerら、Int. J. Technology Enhanced Learning, Vol. 3, No. 6, 2011 2013年6月 G8科学大臣会合 共同声明 「論文のオープンアクセス化+研究データのオープン化を」 2016年5月 G7科学技術大臣会合 @つくば i. オープンサイエンスのポリシーの共有、インセンティブ の仕組みの検討、など ii. デジタルネットワークの整備、人材の確保など。
  10. 10. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ NBDCが提供する解決策 • DBが散在 ⇒どこにどんなものが?? • DBや個別データの注釈が不足 ⇒どんなデータなの? • ばらばらに構築・管理 ⇒一緒に使えないのは不便 • 大型PJの成果公開が不十分 ⇒税金が投入されているのに… 10 ①DBのカタログ ②DBの一括検索 ③データの一括 ダウンロード
  11. 11. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ ①Integbioデータベースカタログ 11 http://integbio.jp/dbcatalog/ >1,500件(国内1000件以上)のDBから見つけよう オリジナルサイトへ 詳細情報へ
  12. 12. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ JSTバイオサイエンス データベースセンター 産総研創薬分子プロファイリング 研究センター 農業・食品産業技術総合研究機構 文科省 農水省 経産省 厚労省 ①‘4省によるDB統合 12 http://integbio.jp/ 医薬基盤・健康・栄養研究所
  13. 13. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ ②生命科学データベース横断検索 • 615件のDBを対象にした生命科学用“Google検索” • 日本語⇔英語 13 3-2 http://biosciencedbc.jp/dbsearch/
  14. 14. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ ③生命科学系データベースアーカイブ 14 http://dbarchive.biosciencedbc.jp/ 129件のデータをダウンロードして利用できる!
  15. 15. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ ③‘NBDCヒトデータベース http://humandbs.biosciencedbc.jp/ アクセス制限の必要なヒトに関するデータを収集・公開15
  16. 16. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ NBDCヒトデータ 共有ガイドライン データ共有分科会 NBDC 外部の有識者を含む審査機関 NBDCヒトデータ取扱い セキュリティガイドライン 策定・見直し ヒトデータ審査委員会 運営委員会 非制限公開データ (利用申請不要) 制限公開データ NBDCヒト データベース提供者 ③データ送付 (メタ情報の提供、再度匿名化必要) ①申請 (インフォームド・コンセントおよび 倫理審査でのデータ共有承認必要) ②承認 ④ID付与 (論文等に利用可能) 利用者 NBDCヒトDB/提供者間の協議内容 ・データの分類(非制限公開or制限公開) ・データの公開日 ・データ利用時の制限事項、他 申請 (データ利用についての倫理審査必要) 承認 1 2 アクセス3利用状況を報告 (年1回および終了時) 4 NBDCヒトデータベース/審査の仕組み ルール作りやデータ共有の審査も 16
  17. 17. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ ポータルサイト • 40種類以上のサービス • 生命科学のデータベースやツール • 登録不要(一部を除く) • 無料 • どこからでも、誰でも • 日本語! http://biosciencedbc.jp/ ポータルサイトへは 「NBDC」で検索 DBのカタログ DBの一括検索 データの一括 ダウンロード 17 ヒトDB
  18. 18. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 17 見てみよう!メタボロミクスデータベース
  19. 19. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ 17 作ってみよう!精巧な3D人体モデル
  20. 20. © 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/ All-in-one合同講習会 国内の連携&世界との連携

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