1. 3.3.1.1. Phân tích sự đa hình trình tự ADN trên gen ITS
Align trình tự ADN vùng gen ITS của 12 mẫu nghiên cứu cùng với 10 trình tự ADN
vùng gen ITS của các loài thuộc chi Codonopsis đã được công bố trên GenBank bằng phần
mềm Bioedit, cho thấy chiều dài vùng ITS giữa các loài dao động từ 638 đến 650 bp, GC
trong vùng này khoảng từ 60,3% đến 62,5%, có 113 điểm sai khác giữa các loài, chiếm
17,4% trên toàn bộ trình tự, trong đó có 51 sai khác được tìm thấy ở vùng ITS1, 8 điểm ở
vùng 5.8S và 53 điểm ở vùng ITS2. Trong đó sai khác trong nội loài từ 0,0-0,2%, sai khác
giữa các loài khác nhau đạt đến 15,4%. Có thể thấy sự đa hình trong trình tự nucleotid ở vùng
ITS1 và ITS2 là rất cao, tại đây xảy ra các biến đổi lớn như thêm hoặc mất một đoạn
nucleotide, hay có thể nói vùng 5.8S với chiều dài trung bình khoảng 164 bp là vùng bảo thủ
cao, với sự biến đổi rất ít trong trình tự ở tất cả các loài, điều này cũng phù hợp với các
nghiên cứu trước đó [31]. Trong các mẫu nghiên cứu, mẫu C2, C11, C12, C13, C14, C15,
C16, C17, C18, C20, C21 có trình tự tương đồng hoàn toàn 100% với trình tự ADN của loài
C. javanica trên GenBank, mẫu C4 có trình tự tương đồng hoàn toàn với trình tự ADN của
loài C. tangshen trên GenBank.
3.3.1.2. Phân tích sự đa hình trình tự ADN trên vùng gen matK
Theo kết quả phân tích, có 61 vị trí sai khác giữa các trình tự được so sánh, tần số xuất
hiện biến thể là 7% so với toàn bộ trình tự, có thể thấy sự đa hình trong trình tự gen matK là
thấp hơn nhiều so với vùng gen ITS. Mẫu C4 có độ tương đồng cao với trình tự ADN của loài
C. kawakamii trên Genbank với chỉ 4 điểm sai khác (0,46% so với toàn bộ trình tự), các mẫu
nghiên cứu còn lại bao gồm: C2, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C20, C21 trình tự có
độ tương đồng cao với nhau, trong đó các mẫu C14, C15, C16 có trình tự tương đồng 100%,
các mẫu có trình tự giống nhau đến 99,8% gồm mẫu C18 với các mẫu C12, C14, C15, C16,
và các mẫu có trình tự sai khác nhiều nhất là giữa mẫu C2 và C4, sai khác là 2,6%.
3.3.2. Xây dựng cây phát sinh chủng loại
Cây chủng loại phát sinh cho thấy mẫu nghiên cứu là C4 nằm cùng nhánh với C.
tangshen, với chỉ số bootrap là 65%, còn lại các mẫu đều nằm cùng nhánh với C. javanica
với chỉ số bootstrap rất cao 100%, điều này phù hợp với kết quả phân tích tính đa dạng trong
trình tự vùng gen ITS.
Hình 8. Cây phát sinh chủng loại xây dựng bằng phƣơng pháp MP chạy trên
khung đọc gen ITS, bootstrap 500 TL: 249 CI: 0.92 RI: 0.93