第7回 LOD ハッカソン関西 in インターナショナルオープンデータデイ 大阪 2016 03-05

1. 第7回 LODハッカソン関西 in インターナショナ
ル・オープンデータ・ディ 大阪
データソン:
wikidataへの化合物idの追加
@kozo2 @yayamamo

2. OpenLinkedData (RDF) をどう使いたいのか
parseいらずのデータ取得
フィルタリング
データ統合
データベースとデータベースをつなぎたい
複数のデータソースを比較、統合したい

3. さらに言うと
IDのクロスリファレンステーブルがほしい
自分だけのExcelでは意味がない
プログラムから再利用がしやすい形でオープン
かつフリーな情報として公開したい

4. wikidata中に存在する化合物情報

5. wikidataを複数の化合物databaseを(idで)つなぐハブ
として活用したい
データを活用するユーザ
● 薬理活性
● パスウェイ解析
メタデータを統合し
● 統計解析
● ネットワーク可視化
SPARQLクエリ

6. ID 追加を試みた化合物データベース (KNApSAcK)
植物の2次代謝化合物に
特化
フリーなdatabaseとの
クロスリファレンス
が無い
APIが無い

7. 手順
1. wikidata 中の CAS登録番号 を持つ 化合物を csv に書き出し

8. 手順
2. CASを鍵に
wikidataの化合物
にKNApSAcKのID
(wikidataのプロパ
ティID
Property:P2064) を
追加。

9. pywikibot を用いたwikidataの一括編集
KNApSAcK IDを付与したい wikidata 化合物は1万個以上
プログラムで自動化したい
pywikibot https://pypi.python.org/pypi/pywikibot
Wikidata:ボットの作成
https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Creating_a_bot/ja

10. プログラム例
import pywikibot
site = pywikibot.Site("wikidata", "wikidata")
repo = site.data_repository()
item = pywikibot.ItemPage(repo, u"Q415011")
stringclaim = pywikibot.Claim(repo, u'P2064')
stringclaim.setTarget(u"C00000674")
item.addClaim(stringclaim)
化合物Luteolinのwikidata ID
KNApSAcKのIDであることを
示すプロパティID
LuteolinのKNApSAcK ID

11. 最後に
バイオインフォマティクスのID cross reference
DBとして有用、手軽
質確保、改ざん対策は?