國防部對於臺北憲兵隊進入民宅調查機密文件的案件進行了專案調查,檢討過程涉及法律程序及證物扣押。魏姓賣家因於網上拍賣機密文件而成為被調查對象,最終文件已移送士林地檢署偵辦。為防範未來類似事件,相關單位將進行內部檢討並加強法治及人權教育。