Pondok Pesantren Al-Muthohhar didirikan pada tahun 1912 oleh K.H. Muhammad Thoha bin K.H. Ahmad Rafei di Purwakarta dan merupakan salah satu pesantren tertua di Jawa Barat. Setelah wafatnya pada 1945, namanya diabadikan dan diharapkan dapat menginspirasi generasi penerus dalam pendidikan. Beberapa perkembangan terjadi, seperti pendirian madrasah dan rehabilitasi masjid antara tahun 1965 dan 2002.