Pondok Pesantren Al-Muthohhar didirikan oleh K.H. Muhammad Thoha bin K.H. Ahmad Rafei pada tahun 1912 di Purwakarta dan merupakan salah satu pesantren tertua di Jawa Barat. Setelah wafatnya K.H. Muhammad Thoha pada tahun 1945, namanya diabadikan menjadi Al-Muthohhar, yang berarti 'yang disucikan', dan amanatnya agar pendidikan di pesantren semakin berkembang masih dilaksanakan oleh generasi penerus. Seiring waktu, berbagai lembaga pendidikan seperti madrasah dan raudhotul atfal didirikan, dengan rehabilitasi masjid pada tahun 2000-2002 agar dapat digunakan untuk kegiatan keagamaan hingga sekarang.