nucleic acids in analytics/ how can NA be used as molecular tools for diagnostic

1. Nukleorūgštys analitikoje
Ingrida Olendraitė
Gamtos mokslų fakultetas
Vilniaus universitetas
Vilnius
2013 gruodžio 17
1

2. Turinys
1. Tikslas – kodėl naudojamos nukleorūgštys
(NR) analitikoje
2. Metodai
1. DNR elektrocheminis jutiklis
2. Peptidinės nukleorūgštys (PNAs)
3. Katalitinės DNR (DNAzymes)
3. Išvados
4. Naudota literatūra
2

3. Nukleorūgštys analitikoje
NR
3

4. Mažos
kainos
Didelis
jautrumas
Greitas
atsakas
NR
Maža
žmogaus
įtaka
Specifiškumas
Maži kiekiai
4

5. DNR elektrocheminis jutiklis
• Escherichia coli O157
– Verocitoksinas (VT1/2)
– Kolitas
– rfbE genas
• koduoja O-antigenų klasės biosintezei reikalingą
fermentą (konservatyvus O157 serotipui)
5

6. DNR elektrocheminis jutiklis
6

7. Peptidinės nukleorūgštys
• PNAs(angl. peptide nucleic acids)
• Heterociklinės bazės
• Karkasas:
– N –(2 – aminoetilo)-glicinas
– Neutralus krūvis
7

8. Peptidinės nukleorūgštys
• Struktūra
• Veikimo principas
• Pritaikymas ir privalumai
– Video:
8

9. Katalitinės DNR
DNRzymai
Chemiškai aktyvios
in vitro
Katalizuoja: DNR
foforilinimą, adenilinimą, timino dimerų
fotoreversiją ...
• 20-200bp
•
•
•
•
9

10. Katalitinės DNR
• Nanohidroksiapatito dalelės (nHAP)
• Arg-nHAP vektoriai
– Absorbcijos efektyvumas arti 100%
• Pritaikymas:
– iRNR veikimas
– Klinikinis (EBV: LMP1)
• Ląstelės proliferacija, apoptozė, jautrumas.
• Ir in vivo, ir in vitro
10

11. Išvados
1. Nukleorūgštys analitikoje yra plačiai
taikomos
2. Metodo pasirinkimas priklauso nuo
tiriamo objekto ir tikėtino rezultato
3. Metodai, naudojantys nukleorūgštis kaip
įrankius, pasižymi labai dideliu jautriu ir
specifiškumu
11

12. Literatūros sąrašas
•
•
•
•
•
“Peptide nucleic acid: a versatile tool in genetic diagnostics and molecular biology”
Peter E. Nielsen., Copenhagen, Denmark. Current opinion in Biotechnology, Elsevier
Science ltd. 2001, 12:16-20.
“Delivery system for DNAzymes using arginine-modified hydroxyapatite nanoparticles
for therapeutic application in a nasopharyngeal carcinoma model”, Y. Chen, L.
Yang, S. Huang, Z. Li, L. Zhang, L. He, Z. Xu, L. Liu, Y. Cao, L. Sun, Center for
molecular medicine, Xiangya hospital, cancer research institute, state key laboratory
of powder metallurgy, central south university, changsha, People’s respublic of
China. International Journal of nanomedicine, Dove Press journal. 13 august 2013.
“Attomole DNA electrochemical sensor for the detection of Escherichia coli
O157”, W.C. Liao, J.A. Ho, bioanalytical laboratory, department of
chemistry, national tsing hua university, Taiwan. Analytic chemistry, 2009, 81, 24702476,
“highly specific detection of phosphorylated proteins by Duolink”, M. Gullberg, A.C.
Anndersson, Olink AB, Uppsala, Sweden. Nature Methods 6, 2009.
“Nucleic acids as viability markers for bacteria detection using molecular tools. “
Cenciarini-Borde C., Courtois S., La Scola B., Future microbiology, 2009
february, 4(1):45-64.
12

13. Ačiū už dėmesį
13