"From the Chromosome...Everything". My Inaugural Lecture at the Blizard Institute, Barts & The London School of Medicine & Dentistry, Queen Mary University of London. 10th May 2010.
This lecture was presented at the Steve Biko Academic Hospital in South Africa in Dec 2015. It describes the latest discoveries on molecular changes in children's gliomas, and shows how this information can be used for development of new types of treatment. It also includes an overview of the HeadSmart Campaign which aims to reduce the time to diagnosis for children with brain tumours.
"From the Chromosome...Everything". My Inaugural Lecture at the Blizard Institute, Barts & The London School of Medicine & Dentistry, Queen Mary University of London. 10th May 2010.
This lecture was presented at the Steve Biko Academic Hospital in South Africa in Dec 2015. It describes the latest discoveries on molecular changes in children's gliomas, and shows how this information can be used for development of new types of treatment. It also includes an overview of the HeadSmart Campaign which aims to reduce the time to diagnosis for children with brain tumours.
Microhomology in Genomic Stuctural Variation - Diego Ottaviani, Magdalena Lec...Denise Sheer
THE ROLE OF MICROHOMOLOGY IN GENOMIC STRUCTURAL VARIATION, PUBLISHED IN TRENDS IN GENETICS, 2014.
OVERVIEW:Genomic structural variation, which can be defined as differences in the copy number, orientation, or location of relatively large DNA segments, is not only crucial in evolution, but also gives rise to genomic disorders. Whereas the major mechanisms that generate structural variation have been well characterised, insights into additional mechanisms are emerging from the identification of short regions of DNA sequence homology, also known as microhomology, at chromosomal breakpoints. In addition, functional studies are elucidating the characteristics of microhomology-mediated pathways, which are mutagenic. Here, we describe the features and mechanistic models of microhomology-mediated events, discuss their physiological and pathological significance, and highlight recent advances in this rapidly evolving field of research.
- Microhomology as a mutational signature
- Microhomology-mediated end joining (MMEJ)
- Replicative microhomology-mediated mechanisms
Fork stalling and template switching (FoSTeS)
Microhomology-mediated break-induced replication (MMBIR)
- Microhomology-mediated rearrangements in the germline
- Somatic microhomology-mediated rearrangements
Microhomology-mediated ligation in immune cells
Microhomology-mediated structural variation in cancer cells
FIGURES:
Figure 1. Microhomology at breakpoint junctions and flanking regions of simple gene fusions.
Figure 2. Nonhomologous end joining (NHEJ), homologous recombination (HR), and microhomology-mediated end joining (MMEJ).
Figure 3. Double-strand break (DSB) repair pathway choice.
Figure 4. Mechanistic model of fork stalling and template switching.
Figure 5. Mechanistic model of microhomology-mediated break-induced replication (MMBIR).
Figure. S1. Microhomology at breakpoint junctions of microdeletions of the FOXL2 gene or its regulatory domain.
TABLES:
Table 1. Orthologous proteins reported to be involved in or inhibit MMEJ.
Table S1: Mechanisms that give rise to genomic structural variation.
Table S2. Examples of microhomology at rearrangement junctions.
Genetic and Epigenetic Basis of Paediatric AstrocytomasDenise Sheer
This is a presentation I gave to the Winter Meeting of the Pathological Society, 7th Jan 2016, in a symposium on Molecular Pathology for Risk Stratification. The symposium was organised together with the British Neuropathological Society.
1. Forum 4
BincangkankesanberimankepadaMalaikatterhadapkehid
upanmanusia.
Pendapat 1
Assalamualaikumdan Salam Sejahtera
Berimankepadamalaikatialahmempercayaikewujudanmalaikatdansifat-
sifatnya.BerimankepadamalaikatdapatmeningkatkanlagikeimanankepadaIslam,denganberima
nkepadamalaikat,manusiamempercayaibahawa Allah MahaKuasadandantidakadaapa yang
bolehdisembahmelainkan Allah. Malaikatdiciptakanuntukmenguruskanhal-
halmanusia,duniadanakhirat. Setiapmalaikatmempunyaitugasanuntukdilaksanakan.
Malaikattermasukdalamperkara-perkaraghaib.Kewujudanmerekadiakuidenganbukti yang
takdapatdiragui.Sesiapa yang
tidakmahupercayakepadamereka,orangitumenjadikafir.Allahberkatadalamsurahan-Nisakayat
136,
Wahai orang-orang Yang beriman! Tetapkanlahimankamukepada Allah danRasulNya,
dankepadaKitab Al-Quran Yang telahditurunkankepadaRasulNya (Muhammad, s.a.w),
danjugakepadaKitab-kitabsuci Yang telahditurunkandahuludaripadaitu.dansesiapa Yang
kufuringkarkepada Allah, danMalaikat-malaikatNya, danKitab-kitabNya, danRasul-
rasulNyadanjugahariakhirat, makaSesungguhnyaiatelahsesatDengankesesatan Yang
amatjauh.
Orang yang berimanmenerimadenganpenuhpercayakepada kata-kata Allah danNabi
Muhammad samaadasecaraumumatauterperinci. Orang
berimanjugatidakmenokoktambahataupunmengurangkanperihalmalaikat.
AntarakesanberimankepadaMalaikatterhadapkehidupanmanusia:
1. BerimankepadaMalaikatmeluaskanpengetahuanmanusiaberkenaansistem yang Allah
S.W.T tetapkanuntukalamini. Denganini, orang yang
percayadanberimanakanmempunyaiilmupengetahuandanpemahaman yang
betultentangkebanyakanhakikatalamghaib.
2. BerimankepadaMalaikat yang Allah utuskanuntukmenolong orang yang
berimanmenjadikankitaberamaluntukmeraihpertolongan Allah melaluiMalaikat.
3. BerimankepadaMalaikat yang ditugaskan Allah menulissegalaamalankita,
dapatmendidikkitasentiasaberhati-
hatidaripadamelakukankejahatandankemungkarankeranabimbangdengankemungkaranituakan
dicatatdalamkitabamalankitatanpaterkecuali.
Iajugamenjadikankitasentiasaberusahauntukmelakukansegalaamalan yang
baiksupayaamalankitadicatatolehMalaikatdengankebaikan.
4. Menambahkan rasa takwakepada Allah S.W.T. Insyaa Allah.......
2. Pen 2
Assalamualaikumdan Salam sejahtera.
SayaamatterujadenganpandanganpuanAdidaninginmenambahbahawa"Rasulullahberimankepada
apa yang diturunkankepadanyadaripadaTuhannya, begitujuga orang-orang beriman.
Semuanyaberimankepada Allah, malaikat, kitabdanrasulnya...." (al-Baqarah, ayat 285)
Allah menciptamalaikatlebihawaldaripadamanusia.Merekaadalahsatuentiti yang
wujuddalamrupadanalamtersendiri yang
tidakterjangkauolehfikirankita.Rutinhidupdandunianyahanyadiketahuimelaluiwahyu Allah
yang diterjemahkanolehparanabidanrasul.Sebagai Muslim,
percayakepadakewujudanmalaikatsebagaisatudaripadaperkaraghaibmenjadipaksidanasask
eimanankepadaAllah.Hubunganmanusiadenganmalaikatadalahsebagaipengantara yang
menyampaikanwahyu Allah kepadaparanabiuntuksekalianumatmanusia.
Wahyuinidisusunsebagaikitab-kitab yang
menjadipanduankepadaumatmanusiamengikutzaman.Percayakepadakitab-
kitabjugaadalahsebahagiandaripadaasasdanpaksiiman.
Kesanberimankepadamalaikatterhadapindividuialahberhati-hatidalamsetiaptindakan
danmematuhiarahan yang tidakbercanggahdengansyariat.
Kesanberimankepadamalaikatterhadapmasyaraka pula
adalahberwaspadadalammelakukansesuatutindakandantekunmelakukansesuatukerja yang
diamanahkan.
Manakalakesanberimankepadamalaikatterhadapnegaraialahjabatankerajaanberjalandengan
baikdanteratur
,negaraakanberkembangmajudanorganisasikerajaanakanlebihtelusdanberdisiplin.
Pen 3
Assalamualaikumdansalamsejahtera
Benarsekaliapa yang andaperkatakanitu,
Sesungguhapabilaseseorangitutelahmengucapduakalimahsyahadahde
ngankeikhlasandanketulusansertakeyakinanseratusperatusmymkepa
da Allah, makadiwajibkankeatasnyamelakukansegala yang
3. diperintaholeh Allah
tanpaadasebarangkeraguantermasuklahberimankepadarukuniman
yang
wajibkeatassemuaumatislammempercayainyadanberimandengannya
.
Berimankepadamalaikatmerupakanrukuniman yang
keduadanhukumberimankepadakewujudanmalaikatadalahwajibdand
engankeyakinanwujudnyamalaikat yang sentiasaberada di
sekelilingkitaakanmenghalangdirikitadarimelakukankemungkaranda
nkejahatankeranasetiapapa yang diucapkan, difikirkan, dilakukan
danniat di hatiakandicatatdandiberibalasan di duniadan di
akhirtnanti.
Berimankepadamalaikatmenimbulkankesan yang
sangatmendalamdalamkehidupanseseorangmukmin. Di
antaranyaialah :
*Menjadikankitaberistiqamahdiatasperintah Allah. keranamereka
yang tertanamdihatinyadengankewujudanmalaikatselakutentera
Allah
danberimankepadapengawasanmerekaterhadapamalandanpercakap
anmanusiadanberimankepadapenyeksaanparamalaikatkeatastiap-
tiapperkara yang
keluardaripadamanusiadiaakanterasamaluterhadap Allah
danjugamalaikat. dengandemikianpastinya orang yang
berimantidakakanmelakukanperkara-perkara yang dimurkaioleh
Allah., samaadapadawaktuterangatausembunyi.
Bagaimanaiaakanmendurhakainyasedangkaniatahubahawasegalases
uatu yang dilakukanataudituturkanakanditulis, dihisabdandisiksa.
*Menjauhkankitadariterjerumuskedalamperkarakhurafatdankeperca
yaandongeng, kerana Allah
telahmemperkenalkandanmengajarkitatentangroh-roh yang ghaib
(malaikat) besertatugas-tugasmereka,
sebagaimanaterjerumusnyamereka yang
tidakberimankepadaperkara-perkaraghaib.
*Menjadikankitabersabar, meneruskan jihad fi sabilillah,
menimbulkanketenanganjiwa, tidakberputusasa,
tidakmerasaicemasdansebagainya.
Perasaaniniadalahlahirdaripadaberimankepadaparamalaikatdantug
as-tugasmereka.
4. Jikadifikirkanbetapabesarnyanikmat Allah
melaluipenciptaanparaMalaikat.Denganberimankepadamereka,
dapatmelahirkanpengaruh yang
kuatdalamjiwadanamalanseharianmanusia.
Pen 4
Assalamualaikum….Sayainginberkongsidenganustazahdanrakan-rakantentangtajuk
forum.PercayaKepadaMalaikat.ertinyaialahbahawa Allah
telahmenjadikansejenismakhlukhalus yang keadaanasalnyatidakbolehdilihat,
bukanlelakidanbukanperempuan.Bilangannyatidakdiketahui.Hidupmerekasentiasataatkepad
aperintah Allah tanpasekali-kali menderhakainya.Malaikatdijadikanoleh Allah
daripadacahaya, sabdaRasulullah S.A.W ( Terjemahannya ) :
“Malaikatitudijadikandaripadacahaya, jindijadikandaripadaapi yang
tidakberasapdandijadikannabi Allah Adam sebagaimana yang
diterangkaniaitudaripadatanah.” ( Hadithriwayatmuslim )
KesanberimankepadaMalaikat
Kesankeatasperkataan (pengucapan)
1. Mengeluarkanucapan yang banyakdanberfaedah
2. Seringmendoakankesejahteraankepada orang lain
3. Berzikir, betasbih, danberistighfarkepada Allah
4. Berdakwahkepada orang lain
denganmengajakmerekamelakukankebaikandanmeninggalkankemungkaran
Kesankeatasperbuatan
1. Taatdanmematuhiperintah Allah, ibubapa , guru danpemimpin
2. Berdisiplindalammenunaikantanggungjawab
3. Rajindansabardalammelakukansesuatupekerjaansepertimenuntutilmusamadailmufard
hu 'ain atauilmufardhukifayah