Kolej Matrikulasi Labuan menawarkan dua program, satu tahun dan dua tahun. Program satu tahun terdiri dari tiga jurusan berdasarkan mata pelajaran sains yang ditawarkan, manakala program dua tahun menawarkan jurusan yang sama. Kolej ini menyediakan pelbagai kemudahan pengajian dan kokurikulum termasuk asrama, makmal, perpustakaan dan kelab pelajar.