bioinfo - protein

1. Protein Yapıları ve Yapı-Temelli
Rasyonel İlaç Tasarımları
Dr. Hilal AY

2. Protein Yapısı

3. Protein Yapısı

4. Protein Yapısı

5. Sinyal peptidleri

6. Sinyal peptidleri

7. Sinyal peptidleri
• Şekil’de Salmonella typhimurium’un dış zar proteini C’nin (öncül)
SignalP programındaki grafiksel çıktısı gösterilmektedir (OMPC-
SALTY, P0A263).
• C-puanı, sinyal peptidi ve protein dizisi arasındaki kesim bölgesinin
tanınması için eğitilmiş olan kesim bölgesi puanını temsil etmekte ve
sinyal peptidazın kesim bölgesini tahmin etmektedir. Maksimum C-
puanı, olgun proteinin ilk aminoasidinin olduğu pozisyonda
görülmektedir. Bu pozisyon, kesim bölgesinin bir aşağısındaki
pozisyondur.
• Sinyal peptid puanı olan S-puanı, sinyal peptidlerinin ve diğer
dizilerin ayırt edilmesi için eğitilmiştir ve ilgili aminoasidin sinyal
peptidin bir bölümü olması durumunda yüksek bir değere sahiptir.
• Böylece, olgun proteinlerin aminoasit dizileri düşük S-puanına
sahiptir. Y-puanı (birleşik kesim bölgesi puanı), C-puanı mutlak
değeri ve S-puanı eğiminin geometrik ortalaması olup C-puanının
yüksek ve S-puanının kendi sapma noktasına sahip olduğu yeri
göstermektedir.
• Üç puanın analizi, 21. ve 22. aminoasitler arasındaki olası kesim
bölgesini göstermektedir. Ayrıca, iki değer daha hesaplanmaktadır.
• S-ortalama, sinyal peptidindeki bütün aminoasitlerin S-puanlarının
ortalamasıdır. Sonuç olarak, eğer bir sinyal peptidi varsa bu değer
yüksek olmalıdır.
• D-puanı, S-ortalama değeri ile Y-puanının maksimum değerinin
aritmetik ortalamasıdır. Bu değer de bir sinyal peptidinin
öngörülmesi durumunda yüksek olacaktır.

8. Transmembran proteinler

9. Transmembran proteinler

10. Transmembran proteinler
• Kör fare Spalax leucodon ehrenbergi’nin G protein-birleşik reseptörü (GPCR) 5-hidroksitriptamin-1B reseptörünün zarboyu
kısımları için TMHMM programında yapılan bu tür bir tahminin grafiksel çıktısı (5H1B-SPAEH) Şekil’de gösterilmektedir.
• Bu tür GPCR’ler, genellikle yedi zarboyu kısım (domain) içeren integral zar proteinleridir.
• Grafikte bir zarboyu sarmalın olasılığı ve onun hücreiçi veya hücredışı yerleşimi, aminoasit dizisine karşı çizilmiştir.
• İlave olarak şeklin üst kısmına topolojinin şematik bir gösterimi yerleştirilmiştir.
• Olasılıkların grafiksel gösterimi, nispeten düşük olasılığa sahip zarboyu sarmalların tanınmasına da imkan vermektedir.

11. Protein Yapılarının Analizi
Nuclear Magnetic Resonance
Fluorescence Resonance
Energy Transfer
Cryo Electron
Microscopy
Electron paramagnetic
resonance
Mass Spectrometry
Circular Dichroism
Small-Angle X-ray
Scattering
X-Ray Crystallography

12. Protein Yapılarının Analizi – X-ışını kristalografisi

13. Protein Yapılarının Analizi – X-ışını kristalografisi

14. Protein Yapılarının Analizi – X-ışını kristalografisi

15. Protein Yapılarının Analizi – NMR

16. Protein Yapılarının Analizi – NMR

17. Protein Yapılarının Analizi – NMR

18. Protein Yapılarının Analizi – Cryo-EM

19. Protein Yapılarının Analizi – Cryo-EM

20. Protein Yapılarının Analizi – Cryo-EM

21. Protein Modelleme

22. Protein Modelleme

23. Yüksek-Verimli Yöntemlerle Protein Yapılarının Belirlenmesi