bioinfo

1. Ökaryotik Genomların
Çözümlenmesi
Dr. Hilal AY

2. Tüm Genom Dizileme

3. 1976 – Bacteriophage MS2
PhiX174
1995 – Haemophilus influenza
Methanococcus jannaschii
1996 – Saccharomyces cerevisiae
1998 – Caenorhabditis elegans
2000 – Arabidopsis thaliana
Drosophila melanogaster
2001 – Homo sapiens
2002 – Mus musculus
Anopheles gambiae
Takifugu rubripes
Oryza sativa
2004 – Gallus gallus
2005 – Pan troglodyte
2010 – Xenopus tropicalis
2013 – Danio rerio
Tüm Genom Dizileme

4. Genomların karakterize edilmesi
Dizi Etiketli Bölgeler (STS)
İfade Edilen Dizi Etiketleri (EST)

5. Dizi-Etiketli Bölgeler İnsan Genomundaki İşaret Noktalarıdır
• Genomda sadece bir kez yer alır
• 200 – 500 nükleotid uzunlukta
• Polimeraz Zincir Reaksiyonuyla (PCR – Polymerase Chain Reaction)
elde edilebilir

6. Dizi-Etiketli Bölgeler İnsan Genomundaki İşaret Noktalarıdır
Figure 5: Anatomy of whole-genome assembly.
In whole-genome assembly, the BAC fragments (red line segments) and the reads from five individuals (black line segments) are combined to
produce a contig and a consensus sequence (green line). The contigs are connected into scaffolds, shown in red, by pairing end sequences, which
are also called mates. If there is a gap between consecutive contigs, it has a known size. Next, the scaffolds are mapped to the genome (gray line)
using sequence tagged site (STS) information, represented by blue stars. © 2001 American Association for the Advancement of Science Venter,
C. et al. The sequence of the human genome. Science 291,1304–1351 (2001).
https://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-sequencing-technologies-key-to-the-human-828

7. İfade Edilen Dizi Etiketleri
• cDNA klonları ifade edilmiş olan genlerden köken aldığı için bu diziler, ifade edilmiş dizi
etiketleri (EST – expressed sequence tags) olarak adlandırılmıştır.
• EST’ler cDNA’dan uç-dizileme ile elde edilmektedir.
• EST’lerin uygun bir fiyat ile üretilmesi kolaydır ve birçok EST projesi ile yeni genler
tanımlanmıştır.

8. EST
dizilemenin
dezavantajları
Sadece cDNA
gözönüne
alınır
Gen
düzenleme
bölgeleri göz
ardı edilir
Bazı EST’ler
çok kısadır
Otomatik
olarak üretilen
dizlerin kalitesi
düşük olabilir
İfade Edilen Dizi Etiketleri

9. İfade Edilen Dizi Etiketleri

10. EST Proje Uygulaması

11. EST Proje Uygulaması

12. Bilinmeyen Genlerin Tanımlanması

13. The Discovery of Splice Variants

14. The Discovery of Splice Variants

15. Alternative splice forms exist for one-third to two-thirds of all human genes
The Discovery of Splice Variants

17. Genetic Causes for Individual Differences
Mutations
Genetic
Variations
Individual
Differences

18. Genetic Causes for Individual Differences

19. Genetic Causes for Individual Differences

20. Genetic Causes for Individual Differences

21. Genetic Causes for Individual Differences

22. Genetic Causes for Individual Differences

23. Detection
of
SNPs
Microarray
genotyping
Pyrosequencing
In silico
comparison of ESTs
Genetic Causes for Individual Differences

24. Genetic Causes for Individual Differences

25. Genetic Causes for Individual Differences

26. Pharmacogenetics

27. Pharmacogenetics

28. Personalized Medicine and Biomarkers

29. • GWAS – Genome-Wide Association Study
Personalized Medicine and Biomarkers

30. Next-Generation Sequencing (NGS)– Pyrosequencing

31. Next-Generation Sequencing (NGS)– Pyrosequencing

32. Next-Generation Sequencing (NGS) – Sequencing by synthesis (Illumina)

33. Next-Generation Sequencing (NGS) – Sequencing by synthesis (Illumina)