Haplone è un'applicazione sviluppata dall'Università di Bologna per gestire dati di antropologia molecolare utilizzando il sistema di gestione dei contenuti Plone. Questa applicazione consente la memorizzazione, ricerca e recupero di dati, oltre a importare ed esportare informazioni, garantendo al contempo la sicurezza dei dati tramite controlli di accesso. È stata progettata per il progetto 'bibi - biodiversity and bioinformatics' e mira a promuovere il riuso del software libero e gli standard aperti nel contesto accademico.

1. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
La community Plone4Bio e l' applicazione
HaPlone dell'Università di Bologna

2. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
Perchè questa presentazione?
Il tema è certamente specialistico, ma la presenza
nostra e - nostro tramite - dell'Università degli studi di
Bologna è perfettamente in tono con l'evento di oggi.
● Il Gruppo di Biologia Computazionale di UNIBO è
membro di PloneGov Italia.
● BioDec, portando avanti esperienze originate in
UNIBO, ha promosso la nascita di una
sottocomunità di PloneGov.org, Plone4Bio,
basata sulla condivisione dell'omonima soluzione
Plone, rilasciata pubblicamente da BioDec, e
utilizzata in riuso da università di tutto il mondo.
● Proprio perchè proviene da un settore di nicchia,
questa testimonianza suffraga i concetti di fondo:
valore del riuso del software libero e degli
standard aperti, flessibilità della tecnologia Plone.

3. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
Cosa è HaPlone?
● Un'applicazione per la gestione di
dati di Antropologia Molecolare,
costruita sul Content Management
System Plone (http://plone.org),
software libero di classe enterprise.
● E' stato sviluppato per il progetto
“BiBi – Biodiversity and
Bioinformatics” dell' Università
degli Studi di Bologna, uno dei cui
obiettivi era “la progettazione,
l'implementazione, il test e la
manutenzione di un database utile
per studi teorici”.

4. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
Cosa fa HaPlone ...
● Consente di memorizzare,
ispezionare, ricercare e recuperare
dati, attraverso la familiare
interfaccia di un Web Browser
standard.
● Gestisce dati molecolari Y-UEP e
Y-STR, assieme a dati personali.
● I sottoinsiemi di popolazione
possono essere agevolmente
selezionati (per località,
aplogruppo, sesso, MRCA) usando
semplici formulari di
interrogazione, i cui report
forniscono anche raggruppamenti
di base, statistiche e grafici sugli
insiemi selezionati.

5. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
Cosa fa HaPlone ...
● Si può effettuare import massivo di
dati da file CSV.
● I dati selezionati possono essere
esportati verso programmi esterni
(tramite file CSV).
● Sfruttando le caratteristiche di
Plone per il controllo degli accessi,
l'applicazione può gestire un
accesso selettivo a grana fine ai
dati memorizzati, è quindi può
essere utilizzata sia per la
disseminazione dei dati al
pubblico, sia per la gestione
interna dei dati riservati.

6. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
● I dati sono memorizzati nella
struttura “Soggetto”, che contiene
dati sia personali, sia molecolari.
● I dati degli UEP e degli STR sono
facilmente modificabili.
● Per ogni soggetto, l'applicazione
calcola al volo l'aplogruppo,
basato sui suoi UEP, e il più
recente antenato comune
(MRCA) per ogni linea sessuale,
basandosi sulla popolazione
memorizzata.

7. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
Error checking
Il sistema si occupa anche di
verificare la coerenza dei dati e
avverte al volo l'operatore di
eventuali incoerenze:
● Controllo di errori su UEP
conflittuali o incoerenti rispetto
all'aplogruppo e ai nodi di ramo
genealogico calcolati;
● Marcatura di STR fuori range.

8. Plone per l'Università e la Ricerca – 2° ed.
Napoli, 26 Novembre 2010
Volete saperne di più?
● La prima installazione pubblica di
HaPlone è all'indirizzo
http://anthropos.biocomp.unibo.it
● ... ma a richiesta sono disponibile dei
singoli interessati per una visita
guidata.