Este documento descreve os passos para embeber uma membrana POPC em uma solução aquosa. Primeiramente, átomos de água são selecionados dentro de 4 angstroms da membrana POPC e salvos em um arquivo separado. Em seguida, um script verifica quais átomos de água estão presentes nos arquivos originais e de saída para validar o processo de embebedamento.

1. 1 – membed.
2. GROMP SOL
select atom_p, elem P
show sp, atom_p
select carbon_popc, resn POPC and elem C
show lines, carbon_popc
select byres resn SOL within 4 of carbon_popc

2. save water_4A_POPC.pdb, sele
gmx editconf -f water_4A_POPC.pdb -o water_4A_POPC.gro
cat water_4A_POPC.gro | awk '{print $1}' | sort -un > aval_water.dat
#!/bin/bash
# Nome do arquivo com os dados de pesquisa
arquivo_pesquisa="aval_water.dat"
# Nome do arquivo para realizar a pesquisa
arquivo_busca="5C1M_POPC_nBOX_MEMBED_SOL.gro"
# Loop para percorrer cada linha do arquivo de pesquisa
while IFS= read -r linha
do
# Utilize o grep para pesquisar o valor da linha no arquivo de busca
resultado=$(grep "$linha" "$arquivo_busca")
# Verifique se o resultado não está vazio

3. if [ -n "$resultado" ]; then
echo "Valor encontrado: $resultado"
else
echo "Valor não encontrado: $linha"
fi
done < "$arquivo_pesquisa"
grep -vf "aval_water.dat"
"5C1M_POPC_nBOX_MEMBED_SOL_aval.gro" > aval.gro