10ο Πανελλήνιο Συμπόσιο Ωκεανογραφίας & Αλιείας 7-11 Μαΐου 2012, Αθήνα Μεσόγειος Θάλασσα - Μαύρη Θάλασσα: Ένα ωκεανογραφικό «εργαστήριο»

1. Μικροτομογραφία
Νέες προσεγγίσεις για τη μελέτη
της θαλάσσιας βιοποικιλότητας
Sarah Faulwetter
Χρήστος Αρβανιτίδης

2. μικροτομογραφία
Source: http://www.merck.com Source: http://www.fda.gov/
Κλινική τομογραφία

3. σάρωση

4. μικροτομογραφία
Μικροτομογράφος SkyScan 1172

5. μικροτομογραφία
Μικροτομογράφος SkyScan 1172

6. μικροτομογραφία
Πηγή
ακτίνων Χ
ανιχνευτής
Μικροτομογράφος SkyScan 1172

7. μικροτομογραφία
Μικροτομογράφος SkyScan 1172

8. μικροτομογραφία
Μικροτομογράφος SkyScan 1172

9. απόκτηση εικόνων
1. Σάρωση 2. Ανακατασκευή
Εικόνες προβολής Εικονικές τομές
3. Απόδοση
Τρισδιάστατη εικόνα

10. σάρωση
πυκνότητα

11. σάρωση

12. ανακατασκευή εικόνων
σινογράμματα

13. ανακατασκευή εικόνων
Source: http://www.youtube.com/watch?v=DBLYSETYbe8 (Adam Arnesen)

14. ανακατασκευή εικόνων

15. απόδοση
Απόδοση όγκου Απόδοση επιφάνειας
Απεικόνιση των τιμών πυκνότητας Απεικόνιση επιφανειών
στο συνόλου δεδομένων σε τρεις επιλεγμένων δομών
διαστάσεις
Απαιτείται μοντελοποίηση των
Άμεση αναπαράσταση της δομών ενδιαφέροντος
πληροφορίας
Αναπαράσταση της
Κάθε πυκνότητα παίρνει μια τιμή επιφάνειας ως πολυγωνικό
του γκρι και μία τιμή αδιαφάνειας μοντέλο
Απεικόνιση όλης της πληροφορίας Όλα τα σημεία έχουν την ίδια
τιμή πυκνότητας

16. απόδοση όγκου

17. απόδοση επιφάνειας

18. χαρακτηριστικά
Υψηλότερη διακριτική ικανότητα: 0,8μm / pixel (SEM: 1-
20nm)
Μέγιστες διαστάσεις δείγματος: 7cm x 5cm
Χρόνος σάρωσης + ανακατασκευής: 30 λεπτά – μερικές
μέρες (ανάλογα με το μέγεθος του δείγματος και την
ανάλυση)
Απαιτείται κάρτα γραφικών με μεγάλη μνήμη (<1GB)
Μέγεθος των δεδομένων (ανά σάρωση): 5-50GB

19. πλεονεκτήματα
Ποιοτική και ποσοτική ανάλυση σε τρεις διαστάσεις
Ακτίνες Χ επιτρέπουν την σάρωση πυκνών
δειγμάτων
Αναπαράσταση εξωτερικών και εσωτερικών δομών
Μη-καταστρεπτική τεχνική
Ελάχιστη προετοιμασία δειγμάτων (αν χρειαστεί:
χρώση για βελτίωση αντίθεσης)

20. εφαρμογές
Συστηματικές / μορφολογικές / ανατομικές μελέτες
Μελέτες αναπτυξιακών σταδίων
Μελέτες λειτουργικής μορφολογίας
Εξέταση απολιθωμένων οργανισμών
Περιβαλλοντικές μελέτες (ανάλυση ιζήματος)

21. Πολύχαιτος (Eunice sp.), ~8mm

22. Ισόποδο, ~3mm

23. Βράγχια της σαρδέλας (Sardina pilchardus), ~20mm

24. Δίθυρο, ~3mm

25. πληροφορίες
http://www.marbigen.org/content/microtomography
Sarah Faulwetter
sarifa@hcmr.gr
Χρήστος Αρβανιτίδης
arvanitidis@hcmr.gr