1. Microarray gene expression profiling analysis
combined with bioinformatics in multiple sclerosis
К. Федоров

2. Рассеянный склероз

3. Методика
Данные:
• профиль экспрессии генов при рассеянном
склерозе
• Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
(KEGG) – база знаний по систематическому
анализу функций генов – pathway
• UCSC – transcription factors
• NCBI – chromosome annotation information

4. Инструменты
• differentially coexpressed genes and links
(DCGL) package in R
• Database for Annotation, Visualization and
Integrated Discovery (DAVID)
• Regulatory impact factor:

5. Результаты (1)
• Найдены зависимости между 42-мя
транскрипционными факторами и
соответствующим им 243-м генам
• Найдены транскрипционные
факторы, оказывающие наибольшее
влияние на экспрессию генов при
рассеянном склерозе

6. Результаты (2)
Отношение между 5-ю
транскрипционными
факторами и
соответствующими им
генами
Определены основные метаболитические
пути, соответствующие использованному
профилю экспрессии генов

7. Спасибо за внимание