Multiplex Ligase Dependent Probe Amplification

2,476 views
2,337 views

Published on

MLPA uitleg sectie postnatale cytogenetica

Published in: Technology, Business
0 Comments
3 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

No Downloads
Views
Total views
2,476
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
46
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
3
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Multiplex Ligase Dependent Probe Amplification

  1. 1. Multiplex Ligase-dependent Probe Amplification Detectie van subtelomere deleties en duplicaties
  2. 2. <ul><ul><li>Voor het eerst beschreven in 2002 door Schouten et al. (MRC-Holland) </li></ul></ul><ul><ul><li>I.v.m. de berekeningen kan MLPA alleen gedaan worden op meerdere monsters tegelijk </li></ul></ul><ul><ul><li>Reactie gebaseerd op de polymerase chain reaction (PCR) </li></ul></ul>Theorie
  3. 3. <ul><ul><li>Voordelen </li></ul></ul><ul><ul><li>MLPA kent veel toepassingen: </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>numerieke chrom. afwijkingen </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>subtelomeren </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>gen niveau (NF1,TSC1, etc) </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>tot 45 targets in één reactie </li></ul></ul><ul><ul><li>weinig DNA nodig (20 ng) </li></ul></ul><ul><ul><li>eenvoudig protocol </li></ul></ul><ul><ul><li>detectie van kopie-aantallen </li></ul></ul><ul><ul><li>detectie op exon niveau </li></ul></ul><ul><ul><li>vele kits (+/- 250) beschikbaar </li></ul></ul>Voor en nadelen MLPA <ul><ul><li>Nadelen </li></ul></ul><ul><ul><li>gevoelig voor contaminaties </li></ul></ul><ul><ul><li>niet zelf te maken kits </li></ul></ul><ul><ul><li>niet op single-cell niveau </li></ul></ul><ul><ul><li>niet voor detectie onbekende punt-mutaties </li></ul></ul><ul><ul><li>polymorfismen </li></ul></ul><ul><ul><li>FISH-bevestiging nodig, doch niet altijd conclusief </li></ul></ul>
  4. 4. Theorie <ul><ul><li>Mentale retardatie: 1-3% populatie </li></ul></ul><ul><ul><li>Afwijkingen sub-telomeren </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>6,3% mild mentaal geretardeerd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>5,1% gemiddeld geretardeerd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>1,7% zwaar geretardeerd </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>Testen voor subtelomerische afwijkingen dus belangrijk in mild mentaal geretardeerde patienten. </li></ul></ul>
  5. 5. Aanvraag MLPA subtelomeren onderzoek <ul><ul><li>Indicaties </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>MCA en/of MR </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>IUVD </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>chromosoom onderzoek is normaal </li></ul></ul><ul><ul><li>klinisch geneticus of AG(N)IO kent patiënt </li></ul></ul>
  6. 6. Hoe verloopt een MLPA-aanvraag <ul><ul><li>FOR postnataal chromosomen onderzoek </li></ul></ul><ul><ul><li>eerst c.o./ evt FISH </li></ul></ul><ul><ul><li>als normaal: dan pas MLPA </li></ul></ul><ul><ul><li>komt op MLPA lijst postnataal </li></ul></ul><ul><ul><li>spoedverzoek: maximaal 4 weken </li></ul></ul><ul><ul><li>per mei 2007: 101 openstaande onderzoeken </li></ul></ul><ul><ul><li>per serie: 45 DNA samples </li></ul></ul>
  7. 7. Theorie <ul><ul><li>Praktisch: </li></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>T nummers </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Om de drie weken </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Werkbespreking </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Monsters selecteren (DNA nummers) en opzoeken </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>‘ s Middags MLPA test inzetten (hybridisatie) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Andere dag: MLPA test afronden (ligatie, PCR) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Fragment analyse door DNA op de sequencer (ABI3730) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Analyse van de resultaten in Genemarker </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Monsters zijn controles van elkaar </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Uitslag in Filemaker, Genemarker en Genesis </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  8. 8. Theorie
  9. 9. Positie probes P036B en P070 MLPA kit
  10. 10. Positie probes
  11. 11. Samenstelling MLPA kit
  12. 12. Voorbeeld: piekenpatroon (Genemarker)
  13. 13. Voorbeeld: resultaten MLPA (Genemarker) 1,3 0,7
  14. 14. Voorbeeld: resultaten MLPA (Genemarker)
  15. 15. Voorbeeld: resultaten FISH
  16. 16. Voorbeeld: resultaten chromosomenonderzoek
  17. 17. Voorbeeld: resultaten (moeder)
  18. 18. Voorbeeld: resultaten MLPA (vader)
  19. 19. Ander voorbeeld
  20. 20. Ander voorbeeld
  21. 21. Ander voorbeeld
  22. 22. Ander voorbeeld
  23. 23. MLPA beleid m.b.t. afwijkend patroon <ul><ul><li>MLPA afwijkend: </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>1 of 2 probes, 1 of 2 kits </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>onderzoek herhalen, op nieuw DNA </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>indien mogelijk: FISH-telome(e)r(en) </li></ul></ul></ul><ul><ul><li>MLPA grillig: </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>betreft dan meerdere probes </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>in 1 of 2 kits </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>onderzoek herhalen, </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>op nieuw DNA </li></ul></ul></ul>
  24. 24. MLPA patroon in duplo afwijkend <ul><ul><li>beide ouders onderzoeken </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>Li-heparine voor c.o. en FISH </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>EDTA voor MLPA en/of vervolgonderzoek </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>vervolgonderzoek bij patiënt en ouders: </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>bij en in overleg met DNA diagnostiek </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>declaratie van het DNA-onderzoek </li></ul></ul></ul></ul>
  25. 25. Mogelijke resultaten
  26. 26. Patienten per mei 2007 <ul><ul><li>637 patienten totaal </li></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>536 afgerond </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Normaal: 418 </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Afwijkend: </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Beide kits: 28 (4.3%) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>P036B: 24 </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>P070: 13 </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Niet betrouwbaar: 22 </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Wachtrij: 101 ~9 weken (3 experimenten) </li></ul></ul></ul></ul>
  27. 27. Nog te doen <ul><ul><li>Validatie MLPA kits P036B en P070 moet worden afgerond. </li></ul></ul><ul><ul><li>Nieuwe MLPA kit P036C. </li></ul></ul><ul><ul><li>Nu bezig met uittesten Mentale Retardatie MLPA kits (P064B en P096) op IUVD materiaal. </li></ul></ul>

×