Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.

Validatie van de Random Prime Labelling voor de diagnostiek

852 views

Published on

Voordracht RP-labelling 4-2-2004

Published in: Technology, Business
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

Validatie van de Random Prime Labelling voor de diagnostiek

  1. 1. Validatie van de Random Prime Labelling voor de diagnostiek In combinatie met directe fluorochroominbouw
  2. 2. Doel <ul><li>Validatie van deze labelling ten behoeve van de FISH diagnostiek. </li></ul>
  3. 3. Voor- en nadelen <ul><ul><ul><li>Labelling: </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Inzetten gaat sneller </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Uniforme fragmentlengte en schoon start DNA </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Minder DNA nodig </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Commercieel </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>-Extra digestie en zuiveringsstap </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>-Duurder </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  4. 4. Voor- en nadelen <ul><ul><ul><li>Hybridisatie: </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Meer hybridisaties </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Uniform </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Inzet- en wasstappen sneller/korter </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Geen formamide nodig (hybaid) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>-Duurder </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>-Insluiten met lijm </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>-Beheer hybaid </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  5. 5. Voor- en nadelen <ul><ul><ul><li>Detectie: </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+tijdwinst van ongeveer 1 uur </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  6. 6. Voor- en nadelen <ul><ul><ul><li>Detectie: </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+tijdwinst van ongeveer 1 uur </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Microscopie: </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Uniformer signaal </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Specifieker signaal </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Eerder analyseren </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>+Reproduceerbaar </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  7. 7. Eisen: <ul><ul><ul><li>Specificiteit </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Sensitiviteit </li></ul></ul></ul>
  8. 8. Materiaal: <ul><ul><ul><li>Patiënten met bewezen deletie (22q11) </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Patiënten met bewezen trisomie (21) </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Patiënten zonder bewezen deletie (22q11) </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Onbekenden (diverse probes getest) </li></ul></ul></ul>
  9. 9. 21q11 en 21qter
  10. 10. 1008M13
  11. 11. M51 en 22qter
  12. 12. Resultaten <ul><li>Van alle bekende patiënten die op de oude manier zijn geFISHed, is de nieuwe methode vergelijkbaar op: </li></ul><ul><li>Locatie </li></ul><ul><li>Aantonen van de afwijking </li></ul>
  13. 13. Resultaten <ul><li>Van alle bekende patiënten die op de oude manier zijn geFISHed, is de nieuwe methode vergelijkbaar op: </li></ul><ul><li>Locatie </li></ul><ul><li>Aantonen van de afwijking </li></ul>
  14. 14. Random Prime Labelling vs. Nick labelling <ul><ul><ul><li>Specifieker </li></ul></ul></ul>
  15. 15. Random Prime Labelling vs. Nick labelling <ul><ul><ul><li>Specifieker </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Uniformer </li></ul></ul></ul>
  16. 16. Random Prime Labelling vs. Nick labelling <ul><ul><ul><li>Specifieker </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Uniformer </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Reproduceerbaarder </li></ul></ul></ul>
  17. 17. Wat kan er nog geoptimaliseerd worden <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul>
  18. 18. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul>
  19. 19. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul>
  20. 20. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Competitie tijd </li></ul></ul></ul>
  21. 21. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Competitie tijd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Hybridisatie zonder formamide in doos verder uittesten </li></ul></ul></ul>
  22. 22. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Competitie tijd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Hybridisatie zonder formamide in doos verder uittesten </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Optimale inbouw per fluorochroom </li></ul></ul></ul>
  23. 23. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Competitie tijd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Hybridisatie zonder formamide in doos verder uittesten </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Optimale inbouw per fluorochroom </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Lymfocyten voorbehandeling verder uittesten </li></ul></ul></ul>
  24. 24. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Competitie tijd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Hybridisatie zonder formamide in doos verder uittesten </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Optimale inbouw per fluorochroom </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Lymfocyten voorbehandeling verder uittesten </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Overnemen van de NaCl/isopropanol precipitatie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>(tijdwinst: 1 nacht) </li></ul></ul></ul></ul>
  25. 25. Optimaliseren <ul><ul><ul><li>Optimale probe concentratie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Cot-1 hoeveelheid </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Competitie tijd </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Hybridisatie zonder formamide in doos verder uittesten </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Optimale inbouw per fluorochroom </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Lymfocyten voorbehandeling verder uittesten </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Overnemen van de NaCl/isopropanol precipitatie </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>(tijdwinst: 1 nacht) </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><li>Houdbaarheid van de gelabelde probes </li></ul></ul></ul>
  26. 26. Voorstel: <ul><ul><li>Staf: </li></ul></ul><ul><ul><li>Selectie probes </li></ul></ul>
  27. 27. Voorstel: <ul><ul><li>Staf: </li></ul></ul><ul><ul><li>Selectie probes </li></ul></ul><ul><ul><li>Research: </li></ul></ul><ul><ul><li>Bestellen/kopen per mail </li></ul></ul><ul><ul><li>Opslag en registratie </li></ul></ul><ul><ul><li>Opgroeien </li></ul></ul><ul><ul><li>Meten </li></ul></ul><ul><ul><li>Amplificatie </li></ul></ul><ul><ul><li>Digestie en kolomzuivering </li></ul></ul><ul><ul><li>Gel analyse </li></ul></ul><ul><ul><li>Labelling en testen en QC </li></ul></ul><ul><ul><li>Centrale registratie en opslag </li></ul></ul>
  28. 28. Voorstel: <ul><ul><li>Staf: </li></ul></ul><ul><ul><li>Selectie probes </li></ul></ul><ul><ul><li>Research: </li></ul></ul><ul><ul><li>Bestellen/kopen per mail </li></ul></ul><ul><ul><li>Opslag en registratie </li></ul></ul><ul><ul><li>Opgroeien </li></ul></ul><ul><ul><li>Meten </li></ul></ul><ul><ul><li>Amplificatie </li></ul></ul><ul><ul><li>Digestie en kolomzuivering </li></ul></ul><ul><ul><li>Gel analyse </li></ul></ul><ul><ul><li>Labelling en testen en QC </li></ul></ul><ul><ul><li>Centrale registratie en opslag </li></ul></ul><ul><li>Diagnostiek: </li></ul><ul><ul><li>Labelling van rest-DNA </li></ul></ul><ul><ul><li>Testen en QC </li></ul></ul><ul><ul><li>Pre-mixen maken van probes </li></ul></ul><ul><ul><li>Registratie en opslag </li></ul></ul>

×