SlideShare a Scribd company logo
A THYMUS MORFOMETRIAI
ANALÍZISÉHEZ FEJLESZTETT,
TÉRFOGATBECSLÉSRE ALKALMAS
MAKRÓ BEMUTATÁSA
Témavezetők: Készítette:
Dr. Herberth-Minkó Krisztina Keresztes Dávid
Dr. Dávid Csaba
Humánmorfológiai és Fejlődésbiológiai Intézet
Témaválasztás indoklása
Interdiszciplinaritás
– Biológiai szakterület (kutatómunka)
– Informatikai háttér
 Egészségügyi szervező, mint kapocs
Célkitűzés:
– Olyan szoftver létrehozása, mellyel a biológiai minta térfogatbecslése végezhető
• Könnyen, széles körben elérhető
• Megbízható eredményt ad
Célkitűzés eléréséhez szükséges ismeretek
– Kutatói munka megismerése
– Sztereológiai elvek
– Programozás 2
Laboratóriumi munka
3
Minták (metszetek) készítése:
• Gallus gallus (dexametazon kezelés)
• Thymus lebenyek eltávolítása (kezelt és
kontroll állatok)
• Thymus beágyazása
• Blokkok metszése
• Immunhisztokémiai eljárás
• Képfeldolgozás (digitalizált metszeti képek)
A vizsgált szerv: csecsemőmirigy
• anatómiai helyzete
• szerepe
• involúciója
Bódi Ildikó felvétele
Hematoxilin-eozin
festés
Vimentin
Keratin
Hematoxilin-eozinos festéssel:
• a cortex sötétebb, mint a medulla, ami homogénnek
tűnik
Immunhisztomémiai eljárással:
• a medulla további részekre tagolódhat (keratin pozítív
(KPN) és negatív (KNA) területek
Immun festés
Bódi Ildikó
felvételei
Sztereológia
A Cavalieri-becslés
Sztereológia:
• a morfometria részterülete
• objektumok térbeli viszonyait vizsgálja kétdimenziós minták
alapján
• sejtek száma/sűrűsége, hossz, felszín, térfogat meghatározás
• becslő metódusai geometriai, statisztikai és matematikai
alapokon nyugszanak
• Ismeretek megszerzése (szakirodalmi kutatás, Neurolucida
használata)
Térfogatbecslésre alkalmas metódus: Cavalieri-becslés
 Cavalieri- és Delesse-elv
• Tesztpontokat használ az egyes metszetek területének
meghatározására (Cavalieri-pontok)
• A becsült területeket kell szorozni az alkalmazott
metszetintervallummal, metszetvastagsággal (=> térfogat)
𝑉 =
1
𝑠𝑠𝑓
× 𝑎 𝑝 × 𝑡 ×
𝑖=1
𝑛
𝑃𝑖
ahol,
𝒔𝒔𝒇: metszet mintavételi hányados
𝒂 𝒑: egy ponthoz tartozó terület, mely
megegyezik egy négyzet területével (g2
)
𝒕 : (átlagos) metszetvastagság
𝑷𝒊: tesztpontokra elhelyezett markerek száma
az i-edik metszeten (akár csak az adott
struktúra felett)
Eredeti ábra forrása:
http://www.mbfbioscience.com/help/si11/Content/SI_SP
ECIFIC/Equations/cavalieri_Eq.htm, 2014.10.10.
Sztereológiai elvárások, szisztematikus
véletlenszerű mintavételezés
6
Kutató feladata meghatározni:
• a metszet mintvételi intervallumot (random kezdéssel),
• a megfelelő metszetvastagságot,
• az adott struktúra fölé eső tesztpontot
Programnak képesnek kell lennie:
• a metszeti képek kezelésére,
• a tesztpontrendszer felrajzolására (random
elhelyezés szükséges),
• az összes tesztponton végig iterálni,
• a meghatározott pontok alapján
térfogatbecslést végezni.
A Fiji program
• ImageJ képfeldolgozó program továbbfejlesztett programcsomagja
• Nyílt forráskódú, ingyenes
• Platormfüggetlen
• Tovább programozható
– Fejlesztői környezetet biztosít a funkciók bővítéséhez
– IJM Language (saját makró nyelv)
• Makró:
– Igényeknek megfelelően további komplexebb műveletsorok létrehozása
7
Fiji program referenciái:
http://fiji.sc/Publications
http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n7/full/nmeth.2019.html
A makró működésének folyamatábrája
8
Metszeti képek
beállításai
Mérés
paraméterezése
(felhasználói input)
Tesztpontok
meghatározása
Eredmények
közlése
(térfogatbecslés)
Makró működése
metszéspontok meghatározása
9
Markerek elhelyezése
10
A metszeti képen
meghatározott markerek:
Kéregállomány
KPN (velőállomány)
KNA (velőállomány)
Háttér (nem a szövetre eső
metszéspont)
A makró által nyújtott kiértékelés
11
A kezelés eredményéből levonható következtetések
A DM-kezelés hatására:
• jelentős szerkezeti átalakulás
• a szerv zsugorodik (akut involúció)
• a kéreg elvékonyodik
• a kéreg/velő arány megfordul
• immunszupresszív hatás érvényesül
Léptékvonal: 200 µm
C
C
KNA
KPN
DM-kezelt állat
Összegzés
13
• A makró gyors és hatékony térfogatbecslést tesz lehetővé
• Felhasználóbarát (sok ponton automatikus működés)
• Az eddig használt konvencionális szoftvernél gyorsabban végezhető
el a mérés; a számolásokat a számítógép végzi el (kutatómunkát
gyorsítja)
• Széles körben elérhető (platformfüggetlen, nyílt forráskódú)
• Vizsgálati kiértékelést megkönnyíti
Köszönetnyilvánítás
• Köszönöm témavezetőimnek, Dr. Herberth-Minkó Krisztinának és
Dr. Dávid Csabának, hogy lehetőséget biztosítottak számomra a
szakdolgozat megírásához az Intézetben
• Szeretnék kiemelten köszönetet mondani Bódi Ildikónak és a
Fejlődésbiológiai és Immunológiai Laboratórium (laborvezető:
Dr. Nagy Nándor) további munkatársainak, hogy készségesen segítettek
nekem elsajátítani a laboratóriumi vizsgálatok egyes lépéseit.
• Az Anatómiai, Szövet- és Fejlődéstani Intézet Agykérgi Modularitás
Kutató Csoportjának (laborvezető: Dr. Kántor Orsolya) köszönöm, hogy
lehetőséget adtak a Neurolucida program megismerésére
14
Hivatkozások
[1] Röhlich Pál: Szövettan, Semmelweis Kiadó, 2006., ISBN: 963 9656 46 1 (3-4.dia)
[2] Minkó Krisztina, Oláh Imre: Expression of Intermediate Filaments and N-cadherin Adhesion Molecule In
The Thymus of Domesticated Birds, Acta Biologica Hungarica, 47, 323-340. old., 1996. (4. dia)
[3] Dr. László Lajos: Szövettani és sejtbiológiai vizsgálómódszerek,
http://elte.prompt.hu/sites/default/files/tananyagok/szovettan/book.pdf , 2014.08.13. (3., 4-5. dia)
[4] Bódi Ildikó, Minkó Krisztina, Molnár Dávid, Nagy Nándor, Oláh Imre: A novel aspect of the structure of the
avian thymic medulla, Cell and Tissue Research, doi: 10.1007/s00441-014-2027-1 (3., 13. dia)
[5] R.W. Boyce: Design-based Stereology: Introduction to Basic Concepts and Practical Approaches for
Estimation of Cell Number, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21030683 , 2014. 09. 10. (5-7. dia)
[6] Zuhal Altunkaynak: A Brief Introduction to Stereology and Sampling Strategies: Basic Concepts of
Stereology, http://www.neuroquantology.com/index.php/journal/article/view/427/472 , 2014.09.27. (5-7. dia)
[7] A Fiji program hivatalos honlapja: http://fiji.sc/Fiji (8.dia)
15
Kérdések
16
17
18
Kezelt állat thymus
lebenyének metszete
Kontroll állat thymus lebenyének metszete
20
Forrás: Röhlich Pál: Szövettan
A (humán) thymus felépítése
21
A becslés sajátosságai
Elvárások a pontos becsléshez (torzítatlanság és precizitás):
• 6-12 metszet mintavételezése
• Tesztpontok számának ésszerű meghatározása
• Vékony metszetek használata
• Anatómiai határok ismerete
(festési eljárás segítheti)
• A mérés eredményének hiba
együtthatója meghatározható
(CE, coefficient of error)
22
0,155
0,092
0,065
0,042
0,032
0,026
0,019
0,016
0,015
5.5
6.0
6.5
7.0
7.5
8.0
11 22 36 64 93 136 247 545 962
Becsültössztérfogat(mm3)
Találatok száma az összes metszeten
A becsléshez tartozó CE
(Coefficient of error)
Szükséges tesztpontok számának
meghatározása
25
𝑉 =
1
𝑠𝑠𝑓
× 𝑎 𝑝 × 𝑡 ×
𝑖=1
𝑛
𝑃𝑖 , 𝑎 𝑝 = 𝑔2
𝑽: térfogat
𝒔𝒔𝒇: metszet mintavételi hányados
𝒂 𝒑: egy ponthoz tartozó terület, mely megegyezik egy négyzet területével (𝒈 𝟐
)
𝒕 : (átlagos) metszetvastagság
𝑷𝒊: tesztpontokra elhelyezett markerek száma az i-edik metszeten
𝐴 =
𝑖=1
𝑛
𝑃𝑖 × 𝑃𝑖 ; 𝐵 =
𝑖=1
𝑛−1
𝑃𝑖 × 𝑃𝑖+1
; 𝐶 =
𝑖=1
𝑛−2
𝑃𝑖 × 𝑃𝑖+2
𝒏: metszetek száma
𝑉𝐴𝑅 𝑧𝑎𝑗 = 0,0724 ×
𝑏
𝑎
× 𝑛 ×
𝑖=1
𝑛
𝑃𝑖
𝒃
𝒂
: az ún. shape factor, melyet a metszet
kerülete és területének gyökéből képzett hányados ad meg
𝑛: metszetek száma
𝑉𝐴𝑅 𝑆𝑈𝑅𝑆 =
3 × 𝐴 − 𝑉𝑎𝑟𝑧𝑎𝑗 − 4 × 𝐵 + 𝐶
12
m = 0 esetén
m: a shape factor indikátora, a vizsgált szövet anatómiája alapján választandó
𝑉𝐴𝑅 𝑆𝑈𝑅𝑆 =
3 × 𝐴 − 𝑉𝑎𝑟𝑧𝑎𝑗 − 4 × 𝐵 + 𝐶
240
m = 1 esetén
m: a shape factor indikátora, a vizsgált szövet anatómiája alapján választandó
𝐶𝐸 =
𝑉𝐴𝑅ö𝑠𝑠𝑧
𝑛
𝑃
𝑉𝐴𝑅ö𝑠𝑠𝑧 = 𝑉𝐴𝑅 𝑆𝑈𝑅𝑆 + 𝑉𝐴𝑅 𝑧𝑎𝑗

More Related Content

Featured

Product Design Trends in 2024 | Teenage Engineerings
Product Design Trends in 2024 | Teenage EngineeringsProduct Design Trends in 2024 | Teenage Engineerings
Product Design Trends in 2024 | Teenage Engineerings
Pixeldarts
 
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental Health
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental HealthHow Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental Health
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental Health
ThinkNow
 
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdf
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdfAI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdf
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdf
marketingartwork
 
Skeleton Culture Code
Skeleton Culture CodeSkeleton Culture Code
Skeleton Culture Code
Skeleton Technologies
 
PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024
PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024
PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024
Neil Kimberley
 
Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)
Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)
Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)
contently
 
How to Prepare For a Successful Job Search for 2024
How to Prepare For a Successful Job Search for 2024How to Prepare For a Successful Job Search for 2024
How to Prepare For a Successful Job Search for 2024
Albert Qian
 
Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights
Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie InsightsSocial Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights
Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights
Kurio // The Social Media Age(ncy)
 
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024
Search Engine Journal
 
5 Public speaking tips from TED - Visualized summary
5 Public speaking tips from TED - Visualized summary5 Public speaking tips from TED - Visualized summary
5 Public speaking tips from TED - Visualized summary
SpeakerHub
 
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd
Clark Boyd
 
Getting into the tech field. what next
Getting into the tech field. what next Getting into the tech field. what next
Getting into the tech field. what next
Tessa Mero
 
Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent
Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search IntentGoogle's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent
Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent
Lily Ray
 
How to have difficult conversations
How to have difficult conversations How to have difficult conversations
How to have difficult conversations
Rajiv Jayarajah, MAppComm, ACC
 
Introduction to Data Science
Introduction to Data ScienceIntroduction to Data Science
Introduction to Data Science
Christy Abraham Joy
 
Time Management & Productivity - Best Practices
Time Management & Productivity -  Best PracticesTime Management & Productivity -  Best Practices
Time Management & Productivity - Best Practices
Vit Horky
 
The six step guide to practical project management
The six step guide to practical project managementThe six step guide to practical project management
The six step guide to practical project management
MindGenius
 
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
RachelPearson36
 
Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...
Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...
Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...
Applitools
 
12 Ways to Increase Your Influence at Work
12 Ways to Increase Your Influence at Work12 Ways to Increase Your Influence at Work
12 Ways to Increase Your Influence at Work
GetSmarter
 

Featured (20)

Product Design Trends in 2024 | Teenage Engineerings
Product Design Trends in 2024 | Teenage EngineeringsProduct Design Trends in 2024 | Teenage Engineerings
Product Design Trends in 2024 | Teenage Engineerings
 
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental Health
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental HealthHow Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental Health
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental Health
 
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdf
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdfAI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdf
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdf
 
Skeleton Culture Code
Skeleton Culture CodeSkeleton Culture Code
Skeleton Culture Code
 
PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024
PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024
PEPSICO Presentation to CAGNY Conference Feb 2024
 
Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)
Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)
Content Methodology: A Best Practices Report (Webinar)
 
How to Prepare For a Successful Job Search for 2024
How to Prepare For a Successful Job Search for 2024How to Prepare For a Successful Job Search for 2024
How to Prepare For a Successful Job Search for 2024
 
Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights
Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie InsightsSocial Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights
Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights
 
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024
 
5 Public speaking tips from TED - Visualized summary
5 Public speaking tips from TED - Visualized summary5 Public speaking tips from TED - Visualized summary
5 Public speaking tips from TED - Visualized summary
 
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd
 
Getting into the tech field. what next
Getting into the tech field. what next Getting into the tech field. what next
Getting into the tech field. what next
 
Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent
Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search IntentGoogle's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent
Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent
 
How to have difficult conversations
How to have difficult conversations How to have difficult conversations
How to have difficult conversations
 
Introduction to Data Science
Introduction to Data ScienceIntroduction to Data Science
Introduction to Data Science
 
Time Management & Productivity - Best Practices
Time Management & Productivity -  Best PracticesTime Management & Productivity -  Best Practices
Time Management & Productivity - Best Practices
 
The six step guide to practical project management
The six step guide to practical project managementThe six step guide to practical project management
The six step guide to practical project management
 
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
 
Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...
Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...
Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...
 
12 Ways to Increase Your Influence at Work
12 Ways to Increase Your Influence at Work12 Ways to Increase Your Influence at Work
12 Ways to Increase Your Influence at Work
 

Stereology_Cavalieri_estimator

  • 1. A THYMUS MORFOMETRIAI ANALÍZISÉHEZ FEJLESZTETT, TÉRFOGATBECSLÉSRE ALKALMAS MAKRÓ BEMUTATÁSA Témavezetők: Készítette: Dr. Herberth-Minkó Krisztina Keresztes Dávid Dr. Dávid Csaba Humánmorfológiai és Fejlődésbiológiai Intézet
  • 2. Témaválasztás indoklása Interdiszciplinaritás – Biológiai szakterület (kutatómunka) – Informatikai háttér  Egészségügyi szervező, mint kapocs Célkitűzés: – Olyan szoftver létrehozása, mellyel a biológiai minta térfogatbecslése végezhető • Könnyen, széles körben elérhető • Megbízható eredményt ad Célkitűzés eléréséhez szükséges ismeretek – Kutatói munka megismerése – Sztereológiai elvek – Programozás 2
  • 3. Laboratóriumi munka 3 Minták (metszetek) készítése: • Gallus gallus (dexametazon kezelés) • Thymus lebenyek eltávolítása (kezelt és kontroll állatok) • Thymus beágyazása • Blokkok metszése • Immunhisztokémiai eljárás • Képfeldolgozás (digitalizált metszeti képek) A vizsgált szerv: csecsemőmirigy • anatómiai helyzete • szerepe • involúciója Bódi Ildikó felvétele
  • 4. Hematoxilin-eozin festés Vimentin Keratin Hematoxilin-eozinos festéssel: • a cortex sötétebb, mint a medulla, ami homogénnek tűnik Immunhisztomémiai eljárással: • a medulla további részekre tagolódhat (keratin pozítív (KPN) és negatív (KNA) területek Immun festés Bódi Ildikó felvételei
  • 5. Sztereológia A Cavalieri-becslés Sztereológia: • a morfometria részterülete • objektumok térbeli viszonyait vizsgálja kétdimenziós minták alapján • sejtek száma/sűrűsége, hossz, felszín, térfogat meghatározás • becslő metódusai geometriai, statisztikai és matematikai alapokon nyugszanak • Ismeretek megszerzése (szakirodalmi kutatás, Neurolucida használata) Térfogatbecslésre alkalmas metódus: Cavalieri-becslés  Cavalieri- és Delesse-elv • Tesztpontokat használ az egyes metszetek területének meghatározására (Cavalieri-pontok) • A becsült területeket kell szorozni az alkalmazott metszetintervallummal, metszetvastagsággal (=> térfogat) 𝑉 = 1 𝑠𝑠𝑓 × 𝑎 𝑝 × 𝑡 × 𝑖=1 𝑛 𝑃𝑖 ahol, 𝒔𝒔𝒇: metszet mintavételi hányados 𝒂 𝒑: egy ponthoz tartozó terület, mely megegyezik egy négyzet területével (g2 ) 𝒕 : (átlagos) metszetvastagság 𝑷𝒊: tesztpontokra elhelyezett markerek száma az i-edik metszeten (akár csak az adott struktúra felett) Eredeti ábra forrása: http://www.mbfbioscience.com/help/si11/Content/SI_SP ECIFIC/Equations/cavalieri_Eq.htm, 2014.10.10.
  • 6. Sztereológiai elvárások, szisztematikus véletlenszerű mintavételezés 6 Kutató feladata meghatározni: • a metszet mintvételi intervallumot (random kezdéssel), • a megfelelő metszetvastagságot, • az adott struktúra fölé eső tesztpontot Programnak képesnek kell lennie: • a metszeti képek kezelésére, • a tesztpontrendszer felrajzolására (random elhelyezés szükséges), • az összes tesztponton végig iterálni, • a meghatározott pontok alapján térfogatbecslést végezni.
  • 7. A Fiji program • ImageJ képfeldolgozó program továbbfejlesztett programcsomagja • Nyílt forráskódú, ingyenes • Platormfüggetlen • Tovább programozható – Fejlesztői környezetet biztosít a funkciók bővítéséhez – IJM Language (saját makró nyelv) • Makró: – Igényeknek megfelelően további komplexebb műveletsorok létrehozása 7 Fiji program referenciái: http://fiji.sc/Publications http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n7/full/nmeth.2019.html
  • 8. A makró működésének folyamatábrája 8 Metszeti képek beállításai Mérés paraméterezése (felhasználói input) Tesztpontok meghatározása Eredmények közlése (térfogatbecslés)
  • 10. Markerek elhelyezése 10 A metszeti képen meghatározott markerek: Kéregállomány KPN (velőállomány) KNA (velőállomány) Háttér (nem a szövetre eső metszéspont)
  • 11. A makró által nyújtott kiértékelés 11
  • 12. A kezelés eredményéből levonható következtetések A DM-kezelés hatására: • jelentős szerkezeti átalakulás • a szerv zsugorodik (akut involúció) • a kéreg elvékonyodik • a kéreg/velő arány megfordul • immunszupresszív hatás érvényesül Léptékvonal: 200 µm C C KNA KPN DM-kezelt állat
  • 13. Összegzés 13 • A makró gyors és hatékony térfogatbecslést tesz lehetővé • Felhasználóbarát (sok ponton automatikus működés) • Az eddig használt konvencionális szoftvernél gyorsabban végezhető el a mérés; a számolásokat a számítógép végzi el (kutatómunkát gyorsítja) • Széles körben elérhető (platformfüggetlen, nyílt forráskódú) • Vizsgálati kiértékelést megkönnyíti
  • 14. Köszönetnyilvánítás • Köszönöm témavezetőimnek, Dr. Herberth-Minkó Krisztinának és Dr. Dávid Csabának, hogy lehetőséget biztosítottak számomra a szakdolgozat megírásához az Intézetben • Szeretnék kiemelten köszönetet mondani Bódi Ildikónak és a Fejlődésbiológiai és Immunológiai Laboratórium (laborvezető: Dr. Nagy Nándor) további munkatársainak, hogy készségesen segítettek nekem elsajátítani a laboratóriumi vizsgálatok egyes lépéseit. • Az Anatómiai, Szövet- és Fejlődéstani Intézet Agykérgi Modularitás Kutató Csoportjának (laborvezető: Dr. Kántor Orsolya) köszönöm, hogy lehetőséget adtak a Neurolucida program megismerésére 14
  • 15. Hivatkozások [1] Röhlich Pál: Szövettan, Semmelweis Kiadó, 2006., ISBN: 963 9656 46 1 (3-4.dia) [2] Minkó Krisztina, Oláh Imre: Expression of Intermediate Filaments and N-cadherin Adhesion Molecule In The Thymus of Domesticated Birds, Acta Biologica Hungarica, 47, 323-340. old., 1996. (4. dia) [3] Dr. László Lajos: Szövettani és sejtbiológiai vizsgálómódszerek, http://elte.prompt.hu/sites/default/files/tananyagok/szovettan/book.pdf , 2014.08.13. (3., 4-5. dia) [4] Bódi Ildikó, Minkó Krisztina, Molnár Dávid, Nagy Nándor, Oláh Imre: A novel aspect of the structure of the avian thymic medulla, Cell and Tissue Research, doi: 10.1007/s00441-014-2027-1 (3., 13. dia) [5] R.W. Boyce: Design-based Stereology: Introduction to Basic Concepts and Practical Approaches for Estimation of Cell Number, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21030683 , 2014. 09. 10. (5-7. dia) [6] Zuhal Altunkaynak: A Brief Introduction to Stereology and Sampling Strategies: Basic Concepts of Stereology, http://www.neuroquantology.com/index.php/journal/article/view/427/472 , 2014.09.27. (5-7. dia) [7] A Fiji program hivatalos honlapja: http://fiji.sc/Fiji (8.dia) 15
  • 17. 17
  • 19. Kontroll állat thymus lebenyének metszete
  • 20. 20 Forrás: Röhlich Pál: Szövettan A (humán) thymus felépítése
  • 21. 21
  • 22. A becslés sajátosságai Elvárások a pontos becsléshez (torzítatlanság és precizitás): • 6-12 metszet mintavételezése • Tesztpontok számának ésszerű meghatározása • Vékony metszetek használata • Anatómiai határok ismerete (festési eljárás segítheti) • A mérés eredményének hiba együtthatója meghatározható (CE, coefficient of error) 22 0,155 0,092 0,065 0,042 0,032 0,026 0,019 0,016 0,015 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 11 22 36 64 93 136 247 545 962 Becsültössztérfogat(mm3) Találatok száma az összes metszeten A becsléshez tartozó CE (Coefficient of error) Szükséges tesztpontok számának meghatározása
  • 23.
  • 24.
  • 25. 25 𝑉 = 1 𝑠𝑠𝑓 × 𝑎 𝑝 × 𝑡 × 𝑖=1 𝑛 𝑃𝑖 , 𝑎 𝑝 = 𝑔2 𝑽: térfogat 𝒔𝒔𝒇: metszet mintavételi hányados 𝒂 𝒑: egy ponthoz tartozó terület, mely megegyezik egy négyzet területével (𝒈 𝟐 ) 𝒕 : (átlagos) metszetvastagság 𝑷𝒊: tesztpontokra elhelyezett markerek száma az i-edik metszeten 𝐴 = 𝑖=1 𝑛 𝑃𝑖 × 𝑃𝑖 ; 𝐵 = 𝑖=1 𝑛−1 𝑃𝑖 × 𝑃𝑖+1 ; 𝐶 = 𝑖=1 𝑛−2 𝑃𝑖 × 𝑃𝑖+2 𝒏: metszetek száma 𝑉𝐴𝑅 𝑧𝑎𝑗 = 0,0724 × 𝑏 𝑎 × 𝑛 × 𝑖=1 𝑛 𝑃𝑖 𝒃 𝒂 : az ún. shape factor, melyet a metszet kerülete és területének gyökéből képzett hányados ad meg 𝑛: metszetek száma 𝑉𝐴𝑅 𝑆𝑈𝑅𝑆 = 3 × 𝐴 − 𝑉𝑎𝑟𝑧𝑎𝑗 − 4 × 𝐵 + 𝐶 12 m = 0 esetén m: a shape factor indikátora, a vizsgált szövet anatómiája alapján választandó 𝑉𝐴𝑅 𝑆𝑈𝑅𝑆 = 3 × 𝐴 − 𝑉𝑎𝑟𝑧𝑎𝑗 − 4 × 𝐵 + 𝐶 240 m = 1 esetén m: a shape factor indikátora, a vizsgált szövet anatómiája alapján választandó 𝐶𝐸 = 𝑉𝐴𝑅ö𝑠𝑠𝑧 𝑛 𝑃 𝑉𝐴𝑅ö𝑠𝑠𝑧 = 𝑉𝐴𝑅 𝑆𝑈𝑅𝑆 + 𝑉𝐴𝑅 𝑧𝑎𝑗

Editor's Notes

  1. Bizonyos kritériumknak eleget kell tennünk ahhoz, hogy becslési eredményünkben megbízhassunk. Fontos legalább 6 metszetet bevonnunk, a kellő torzítatlanság eléréséhez. A precizitásunk attól függhet, hogy az egyes mintákon hány tesztpontot határozunk meg. Fontos hogy annyi mintavételezési pont kerüljön meghatározásra, amely mellett a becslés elfogadható értéket ad, miközben nem végzünk feleslegesen sok plusz munkát. Ennek szemléltetése látható az ábrán. A Cavalieri-becslés vastag metszetek esetén hajlamos túlbecsült értéket adni, így az általam használt 12 mikrométeres vastagságúak megfelelőnek számítanak. Ha egy szöveten belül is több kompartimentum térfogatát is szeretnénk megkapni, akkor különösen is fontos tisztában lennünk az anatómai határokkal. A sztereológiai metódusok lehetővé teszik, hogy az általuk becsült eredményének jóságát jelző értéket is kiszámítsunk.