Canlıların yapısına giren elementlerin cansız dünyadakinden daha az sayıda oldukları bir asırdan beri bilinmektedir. Canlı yapının % 99’undan fazlasını karbon, azot, oksijen, hidrojen ve fosfor oluşturur ve doğal sayısı 90’dan fazla olan elementten sadece 10-15 tanesi organizmalar için belli bir önem teşkil eder. Diğer bir deyimle, herhangi bir organizma (bitki, hayvan, mikroorganizma)’ nin kimyasal analizi yapıldığında, periyodik cetveldeki elementlerden çok azının bu canlıların temel yapısına girdikleri gözlenir. Bu 10-15 elementin çoğu düşük molekül ağırlığa (< 80) sahiptir. Canlı sistemde yüzde miktar olarak en çok bulunan dört element hidrojen, oksijen, azot ve karbon olup sırası ile bir, iki, uç ve dört bağ oluşturabilirler. Genel olarak, en hafif elementler en güçlü bağları kurarlar. İnsan vücudunda en çok bulunan 8 elementten (H, O, N, C, Ca, P, Cl, K) altısı (H, O, N, C, Ca, P) aynı zamanda deniz suyunda en bol bulunan 9 elementin (H, O, C, Ca, Cl, K, Na, Mg, S) içinde yer alırlar. Atmosferik içerikle vücudumuzdaki element içeriğini kıyaslayabilirsiniz.
Canlıların yapısına giren elementlerin cansız dünyadakinden daha az sayıda oldukları bir asırdan beri bilinmektedir. Canlı yapının % 99’undan fazlasını karbon, azot, oksijen, hidrojen ve fosfor oluşturur ve doğal sayısı 90’dan fazla olan elementten sadece 10-15 tanesi organizmalar için belli bir önem teşkil eder. Diğer bir deyimle, herhangi bir organizma (bitki, hayvan, mikroorganizma)’ nin kimyasal analizi yapıldığında, periyodik cetveldeki elementlerden çok azının bu canlıların temel yapısına girdikleri gözlenir. Bu 10-15 elementin çoğu düşük molekül ağırlığa (< 80) sahiptir. Canlı sistemde yüzde miktar olarak en çok bulunan dört element hidrojen, oksijen, azot ve karbon olup sırası ile bir, iki, uç ve dört bağ oluşturabilirler. Genel olarak, en hafif elementler en güçlü bağları kurarlar. İnsan vücudunda en çok bulunan 8 elementten (H, O, N, C, Ca, P, Cl, K) altısı (H, O, N, C, Ca, P) aynı zamanda deniz suyunda en bol bulunan 9 elementin (H, O, C, Ca, Cl, K, Na, Mg, S) içinde yer alırlar. Atmosferik içerikle vücudumuzdaki element içeriğini kıyaslayabilirsiniz.
The document discusses carbohydrates, including their definition, classification, properties, and forms. Carbohydrates are classified as monosaccharides, disaccharides, oligosaccharides, or polysaccharides depending on the number of monosaccharide units. Monosaccharides like glucose are the most basic units and important biologically. Glucose exists in both open-chain and cyclic forms, and can exhibit mutarotation between alpha and beta anomer configurations. Carbohydrates serve important structural and energy storage functions in living organisms.
Her ne kadar organik bir molekül olmasa da canlı hücrelerin en temel ve önemli miktarda olan bileşiği sudur. Canlıların yas ağırlığının % 65-95’i sudan oluşmuştur. Su sadece biyokimyasal olayların gerçekleşmesi için değil, aynı zamanda hücre zarından maddenin geçişi, vücut ısısının korunması gibi olaylar için de hayati önem taşır. Bitkiler için su en önemli besin kaynağıdır. Fotosentetik hücreler suyu oksidize ederek karbon dioksitin fiksasyonunu (bağlanımını) sağlar ve gezegenimizdeki moleküler oksijenin oluşumunu sağlarlar. Vücutta su dengesinin (su alınımı ve atılımı) korunması metabolizma için kritik önem taşır. Yetişkin bir insan günde yaklaşık 2 litre su alınımı ve atılımı yapar (vücuda alınan suyun 900 ml’si sıvı, 800 ml’si yiyeceklerden ve 300 ml’si yiyeceklerin oksidasyonundan yani metabolik sudan sağlanır). Aynı miktarda su (2 litre) idrar, solunum ve terleme yolu ile dışarı atılır.
Zarla çevrili bir yapı olan hücre, genetik bilgi ve diğer elemanları içerir (ör. protein, DNA, lipid, vd.) Örneğin, bu elemanlardan enzimler aracılığı ile maddeler metabolize edilirler. Bu sayede hücre büyür ve yeni hücrelere çoğalır. Tüm organizmalar hücrelerden yapılmışlardır. Bazıları tek hücreli (bakteri, amip, vs), bazıları çok hücrelidir (insan, hayvan, bitki). Bir kelebeğin zar gibi görünen kanadı ince bir hücre tabakasından oluşmuştur. Kısaca, göz bebeğimizin en diş zarından, dişimize, derimize tırnağımıza kadar her şey hücrelerden oluşmuştur. Yediğimiz hamburger bile hücrelerden oluşmuştur ve kısa sonra onun içeriği bizim hücre içeriğine dönüştürülecektir. Su anda elinizde tuttuğunuz kursun kalemin odun kısmi hücrelerden meydana gelmiştir, vs. Temel hücre teorisi’ne göre; yaşayan organizmaların yapısal ve işlevsel özelliklerinin temel biriminin hücre olduğu ve hücrenin tek başına canlılık özellikleri olan beslenme, üreme ve metabolizma işlevlerini yürütebildiği, ayrıca tüm canlıların da hücrelerden oluştuğu görüşü kabul edilmiştir.
Hormonlar nöroendokrin sistem (yani sinir hücresi olarak bilinen nöronlar ve çeşitli salgı bezleri) tarafından yapılırlar. Hormonlar özellikle yüksek yapılı hayvanlarda sinyal iletimi, davranış ve enerji metabolizmasında önemli roller üstlenmişlerdir ve kanla hedef dokulara taşınırlar
Sevgili öğrenciler,
İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü 3. sınıfında zorunlu bir ders olan Biyokimya (BIOL 301/302), iki dönem boyunca haftalık 3 saat olarak okutulan bir derstir. On yıldan beridir öğrencilerimize verile gelen bu notların içeriği her yıl yeniden gözden geçirilip uygun yenilemeler ve düzeltmelerle güncellenmektedir. Geçen yıl olduğu gibi bu yıl da kitap Biyokimya I ve Biyokimya II olmak üzere iki cilt halinde basılmıştır. Kitap baştan sona gözden geçirilerek her cildin sonuna kullanışlı tablo, grafik ve dizinler eklenmiştir. Ayrıca, her iki cilde “Biyokimya ve Moleküler Biyoloji”de yaygın kullanılan birçok terimi içeren bir “sözlük” eklenmiştir. Yapılmış olan çeşitli dil bilgisi ve yazım hatalarının yanında, geniş bir alanı kapsayan ve her gün gelişen biyokimya gibi bir bilim alanı için hazırlanmış olan bu notlarda, varsa bilimsel hataların da hoş görüleceğini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Geçkil Ekim 2010, Malatya
Enzimler biyokimyasal katalizörledir. Yani kendileri değişime uğramadan bir reaksiyonu hızlandıran katalist moleküllerdir. Enzimlerin hemen hepsi proteindir ve Globüler yapıdadırlar. Ancak, proteinlerin hepsi enzim değildirler. Enzimlerin katalitik özellikleri şaşırtıcıdır. Örneğin, kırmızı kan hücrelerimizde bulunan karbonik anhidraz karbon dioksiti karbonata çevirerek zararsız hale getirir
Biyolojik lipidler bir çok farkli kimyasal yapıda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin en yaygın bilinen özellikleri sudaki erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda erimeyen) özelliklerinden dolayı diğer biyolojik moleküllerden hem yapı ve hem de fonksiyonel farklar gösterirler. Lipidlerin fonksiyonları da, kimyasal yapıları gibi farklılıklar gösterir.
This document discusses various syndromes that can affect the periodontium. It begins by defining systemic conditions and syndromes. It then classifies syndromes affecting the periodontium into 10 categories based on their effects such as causing white lesions, red lesions, ulcers/erosions, pigmentation, lumps/swellings, bleeding, periodontal destruction, defects in the gingivolabial fold, and effects on the periodontal ligament. Several specific syndromes are discussed in detail for each category.
The objectives of root canal preparation are to remove remaining pulp tissue, eliminate microorganisms, remove debris, shape the root canal system, and clean and fill the root canal system. The requirements are that the prepared canal includes the original canal shape, maintains the apical constriction, tapers from crown to apex, and is undertaken with copious irrigation. There are different techniques for root canal preparation depending on whether they work from the apex to the crown or vice versa, and depending on the standardized versus more flexible approach used. Successful root canal preparation follows key steps including obtaining a clean pulp chamber, measuring working length, and widening canals with larger files to create an apical stop before filling the root canal system.
The document discusses carbohydrates, including their definition, classification, properties, and forms. Carbohydrates are classified as monosaccharides, disaccharides, oligosaccharides, or polysaccharides depending on the number of monosaccharide units. Monosaccharides like glucose are the most basic units and important biologically. Glucose exists in both open-chain and cyclic forms, and can exhibit mutarotation between alpha and beta anomer configurations. Carbohydrates serve important structural and energy storage functions in living organisms.
Her ne kadar organik bir molekül olmasa da canlı hücrelerin en temel ve önemli miktarda olan bileşiği sudur. Canlıların yas ağırlığının % 65-95’i sudan oluşmuştur. Su sadece biyokimyasal olayların gerçekleşmesi için değil, aynı zamanda hücre zarından maddenin geçişi, vücut ısısının korunması gibi olaylar için de hayati önem taşır. Bitkiler için su en önemli besin kaynağıdır. Fotosentetik hücreler suyu oksidize ederek karbon dioksitin fiksasyonunu (bağlanımını) sağlar ve gezegenimizdeki moleküler oksijenin oluşumunu sağlarlar. Vücutta su dengesinin (su alınımı ve atılımı) korunması metabolizma için kritik önem taşır. Yetişkin bir insan günde yaklaşık 2 litre su alınımı ve atılımı yapar (vücuda alınan suyun 900 ml’si sıvı, 800 ml’si yiyeceklerden ve 300 ml’si yiyeceklerin oksidasyonundan yani metabolik sudan sağlanır). Aynı miktarda su (2 litre) idrar, solunum ve terleme yolu ile dışarı atılır.
Zarla çevrili bir yapı olan hücre, genetik bilgi ve diğer elemanları içerir (ör. protein, DNA, lipid, vd.) Örneğin, bu elemanlardan enzimler aracılığı ile maddeler metabolize edilirler. Bu sayede hücre büyür ve yeni hücrelere çoğalır. Tüm organizmalar hücrelerden yapılmışlardır. Bazıları tek hücreli (bakteri, amip, vs), bazıları çok hücrelidir (insan, hayvan, bitki). Bir kelebeğin zar gibi görünen kanadı ince bir hücre tabakasından oluşmuştur. Kısaca, göz bebeğimizin en diş zarından, dişimize, derimize tırnağımıza kadar her şey hücrelerden oluşmuştur. Yediğimiz hamburger bile hücrelerden oluşmuştur ve kısa sonra onun içeriği bizim hücre içeriğine dönüştürülecektir. Su anda elinizde tuttuğunuz kursun kalemin odun kısmi hücrelerden meydana gelmiştir, vs. Temel hücre teorisi’ne göre; yaşayan organizmaların yapısal ve işlevsel özelliklerinin temel biriminin hücre olduğu ve hücrenin tek başına canlılık özellikleri olan beslenme, üreme ve metabolizma işlevlerini yürütebildiği, ayrıca tüm canlıların da hücrelerden oluştuğu görüşü kabul edilmiştir.
Hormonlar nöroendokrin sistem (yani sinir hücresi olarak bilinen nöronlar ve çeşitli salgı bezleri) tarafından yapılırlar. Hormonlar özellikle yüksek yapılı hayvanlarda sinyal iletimi, davranış ve enerji metabolizmasında önemli roller üstlenmişlerdir ve kanla hedef dokulara taşınırlar
Sevgili öğrenciler,
İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü 3. sınıfında zorunlu bir ders olan Biyokimya (BIOL 301/302), iki dönem boyunca haftalık 3 saat olarak okutulan bir derstir. On yıldan beridir öğrencilerimize verile gelen bu notların içeriği her yıl yeniden gözden geçirilip uygun yenilemeler ve düzeltmelerle güncellenmektedir. Geçen yıl olduğu gibi bu yıl da kitap Biyokimya I ve Biyokimya II olmak üzere iki cilt halinde basılmıştır. Kitap baştan sona gözden geçirilerek her cildin sonuna kullanışlı tablo, grafik ve dizinler eklenmiştir. Ayrıca, her iki cilde “Biyokimya ve Moleküler Biyoloji”de yaygın kullanılan birçok terimi içeren bir “sözlük” eklenmiştir. Yapılmış olan çeşitli dil bilgisi ve yazım hatalarının yanında, geniş bir alanı kapsayan ve her gün gelişen biyokimya gibi bir bilim alanı için hazırlanmış olan bu notlarda, varsa bilimsel hataların da hoş görüleceğini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Geçkil Ekim 2010, Malatya
Enzimler biyokimyasal katalizörledir. Yani kendileri değişime uğramadan bir reaksiyonu hızlandıran katalist moleküllerdir. Enzimlerin hemen hepsi proteindir ve Globüler yapıdadırlar. Ancak, proteinlerin hepsi enzim değildirler. Enzimlerin katalitik özellikleri şaşırtıcıdır. Örneğin, kırmızı kan hücrelerimizde bulunan karbonik anhidraz karbon dioksiti karbonata çevirerek zararsız hale getirir
Biyolojik lipidler bir çok farkli kimyasal yapıda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin en yaygın bilinen özellikleri sudaki erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda erimeyen) özelliklerinden dolayı diğer biyolojik moleküllerden hem yapı ve hem de fonksiyonel farklar gösterirler. Lipidlerin fonksiyonları da, kimyasal yapıları gibi farklılıklar gösterir.
This document discusses various syndromes that can affect the periodontium. It begins by defining systemic conditions and syndromes. It then classifies syndromes affecting the periodontium into 10 categories based on their effects such as causing white lesions, red lesions, ulcers/erosions, pigmentation, lumps/swellings, bleeding, periodontal destruction, defects in the gingivolabial fold, and effects on the periodontal ligament. Several specific syndromes are discussed in detail for each category.
The objectives of root canal preparation are to remove remaining pulp tissue, eliminate microorganisms, remove debris, shape the root canal system, and clean and fill the root canal system. The requirements are that the prepared canal includes the original canal shape, maintains the apical constriction, tapers from crown to apex, and is undertaken with copious irrigation. There are different techniques for root canal preparation depending on whether they work from the apex to the crown or vice versa, and depending on the standardized versus more flexible approach used. Successful root canal preparation follows key steps including obtaining a clean pulp chamber, measuring working length, and widening canals with larger files to create an apical stop before filling the root canal system.
The objectives of root canal preparation are to remove remaining pulp tissue, eliminate microorganisms, remove debris, shape the root canal, and clean and fill the root canal system. Requirements include preparing the original canal, maintaining the apical constriction, ending in an apical narrowing, tapering from crown to apex, and copious irrigation. Techniques include apical to coronal or coronal to apical preparation, and standardized, step-back, balanced forces, step-down, double flared, or crown-down pressureless techniques. Successful root canal preparation involves obtaining good pulp chamber cleaning, sufficient deroofing, widening orifices, measuring working length, widening canals to the measured
The document summarizes the major cardiovascular responses to exercise. It lists 14 responses, including an increase in heart rate due to increased sympathetic nerve activity and decreased parasympathetic activity. Stroke volume increases due to greater ventricular contractility from sympathetic nerve activity as well as increased end-diastolic volume and venous return. As a result, cardiac output increases from both a higher heart rate and larger stroke volume. Total peripheral resistance decreases in the heart and skeletal muscles but increases in other organs, resulting in an overall decrease. Mean arterial pressure and systolic pressure increase due to the higher cardiac output outweighing the lower total peripheral resistance. Diastolic pressure and end-diastolic volume typically remain unchanged. Blood flow increases to the
This document discusses new developments in dental adhesion. It summarizes that adhesion involves bonding two substrates together, like bonding a restoration to enamel or dentin in dentistry. There are two main strategies for dental adhesion - etch-and-rinse and self-etch. Etch-and-rinse removes the smear layer and demineralizes the surface before bonding, while self-etch adhesives make the smear layer permeable without completely removing it. Recent developments focus on simplifying and reducing application time with self-etch adhesives that condition, prime, and bond in a single step. However, etching with phosphoric acid is still considered the standard for bonding to enamel.
This document discusses synaptic transmission between neurons. It describes how neurons communicate through synapses, where neurotransmitters are released by the presynaptic neuron and bind to receptors on the postsynaptic neuron. This causes ion channels to open, resulting in an excitatory or inhibitory postsynaptic potential that influences whether an action potential is generated in the postsynaptic cell. The document covers different types of synapses and neurotransmitters, as well as processes like synaptic integration and long-term potentiation that are important for neural communication and functions like learning and memory.
This document summarizes key aspects of neurons and neural communication. It describes the basic anatomy of neurons including the cell body, dendrites, and axon. It also discusses the roles of glial cells like astrocytes, oligodendrocytes, microglia, and Schwann cells in supporting neuronal function. The document then explains action potential generation and propagation, synaptic transmission, the roles of neurotransmitters and neuropeptides, and electrical communication between neurons via gap junctions.
2. ∗İlk defa 1806 yılında kuş konmaz bitkisinden asparajin
1820 yılında glisin ve glutamik asit
∗1938 yılında threonin
∗Son olarakta 21. aminoasit selenosistein bulunmuştur.
3. Aminoasitlerin genel yapıları
∗ Aminoasitler
∗ Proteinlerin temel yapı
taşlarıdır.
∗ Tüm aminoasitler ortak
olan yapılarında
∗ C atomuna bağlı H
∗ Karboksil grup
∗ Amino grup ve 21
aminoasidi oluşturan yan
zincirler oluştururlar.
4. Doğada 300 kadar farklı amino asit bulunmaktadır.Amino
asitlerin standart amino asitler diye bilinen 20 tanesi, DNA
tarafından kodlanan ve proteinleri oluşturan birimlerdir.
Hormonlar ,enzimler,antikorlar ,kas,göz,lens proteinleri gibi
sayısız proteinlerin sentezinde rol alırlar.
5. 5
Standart aminoasitlerin hepsi vücutta metabolik ara
ürünlerden sentez edilememektedir. Vücutta
sentezlenemeyen ancak protein yapısı için besinlerle
alınması zorunlu olan amino asitlere esansiyel amino
asitler denir.
6. Esansiyel olmayan amino
asitlerin biyosentezi
6
Esansiyel olmayan amino asitlerin oluştuğu metabolik
ara ürünler üç gruba ayrılabilir:
-Glikolitik yoldaki ara ürünler
-Trikarboksilik asit döngüsünün (TCA döngüsü) ara
maddeleri
-Diğer amino asitler
7. 7
Bir standart amino asit polipeptit zinciri yapısına
girdikten sonra bir modifikasyona uğrarsa Nonstandart
amino asitler diye bilinen bazı amino asitler oluşabilir.
9. 9
Sistein, sistin diye adlandırılan bir kovalent bağlanmış
dimerik amino asit şekline okside olabilir.
Sistinde iki sistein molekülü bir disülfit köprüsü
vasıtasıyla birbirine bağlanmıştır.
10. 10
Sistindeki gibi disülfit köprüleri, birçok proteinde
meydana gelir ve proteinin yapısını stabilize ederler.
12. ∗ Nonpolar R gruplu amino asitler
∗ Polar R gruplu amino asitler
∗ Asidik R gruplu amino asitler
∗ Bazik R gruplu amino asitler
Standart amino asitler, R yan gruplarının özellikle polarite veya
biyolojik pH’da su ile etkileşmeye eğilim özelliklerine göre dört sınıfa
ayrılırlar.
13. 13
Nonpolar R gruplu
amino asitler:
alifatik yan zincirli;
Glisin, alanin, valin,
lösin, izolösin,
Metionin, kükürt
içeren;
aromatik yan zincirli;
Fenilalanin ,prolin ve
triptofan
14. 14
Polar R gruplu
amino asitler:
Asparajin ve
glutamin, sırasıyla
aspartik asit ve
glutamik asidin
amidi;
Serin, treonin ve
tirozin hidroksil
gruplu;
Sistein kükürt içeren
amino asittir.
17. Glisinden (Gly, G) başka bütün standart amino asitlerde
α-karbon atomu asimetriktir.
18. 18
Glisinden (Gly, G) başka bütün standart amino asitler
optikçe aktif iki stereoizomere veya enantiyomere
sahiptirler.
Protein moleküllerindeki amino asitler, L-
stereoizomerlerdir.
D-amino asitler, yalnızca bakteriyel hücre duvarlarının
küçük peptitlerinde ve bazı peptit antibiyotiklerde
bulunurlar.
19. ∗ Aminoasitler hem asit
hemde bazik özelliklerinden
dolayı amfolit bileşiklerdir.
∗ Çözeltilerinde elektriksel
yüklü moleküller
halindedirler.
∗ Amino asitlerin net
elektriksel yüklerinin sıfır
olduğu pH a izoelektrik
nokta adı verilir.
20. ∗ Amino asitler nötral pH da
Zwitterion iyonu şeklinde
bulunurlar.
21. 21
Bir amino asit, izoelektrik nokta değerinden yüksek pH
ortamında bazik anyon şeklinde; izoelektrik nokta
değerinden düşük pH ortamında asit katyon şeklinde
bulunur.
