1. Adanya tiga cara transport hidrokarbon ke dalam sel mikroba yaitu pertama
interaksi sel dengan hidrokarbon terlarut dalam case cair. Pada kasus ini rata-rata
kelarutan hidrokarbon oleh proses fisika sangat rendah sehingga mendukung
pertumbuhan mikroba.
Kedua, kontak langsung (pelekatan) sel dengan permukaan tetesan
hidrokarbon yang lebih besar daripada sel mikroba. Pada kasus yang kedua ini sel
mikroba melekat pada permukaan tetesan hidrokarbon yang lebih besar daripada sel
dan pengambilan substrat dilakukan dengan difusi atau transport aktif. Ketersediaan
substrat untuk penempelan sel adalah faktor yang membatasi pengambilan substrat.
Kontak langsung antara hidrokarbon dengan sel menunjukkan adanya mekanisme
yang penting dalam pengambilan substrat.
Ketiga, interaksi sel dengan tetesan hidrokarbon yang teremulsi atau
tersolubilisasi oleh mikroba, pada kasus ini sel mikroba berinteraksi dengan partikel
hidrokarbon yang lebih kecil daripada sel. Cara yang ketiga ini adalah kebalikan dari
kasus yang kedua. Dengan berkurangnya partikel substrat, maka daerah antar
permukaan antara hidrokarbon dengan air akan bertambah, sehingga dapat
meningkatkan pengambilan substrat oleh mikroba (Goswami dan Singh, 1990).
Degradasi naftalena diawali dengan pemasukan dua atom oksigen ke dalam
senyawa aromatik untuk membentuk cis 1,2 dihidroksi 1,2 dihidronaftalena.
Kemudian cis 1,2 dihidroksi dihidroksi 1,2 dihidronaftalena dikonversi menjadi 1,2
dihidrolsonaftalena yang dikatalis oleh naftalena (+) cis dihidrodiol dehidrogenase
dan NAD sebagai akseptor elektron untuk membentuk cis 2 dihidroksibenzenalpiruvat
yang selanjutnya diubah menjadi salisilat dan piruvat melalui pemecahan orto atau
meta (Dagley, 1971).